隨著胡宗憲的解到京師，現在整個京師的官場都關注著此案。
怎么審，誰來審，都是現在朝野關心的問題，內閣肯定是要介入此事，于是在內閣首輔徐階的組織下，六部、都察院和大理寺齊聚一堂，商量此案怎么辦。
首先就是誰來審的問題，刑部、大理寺的意思是由都察院審理此案，這也說得過去，畢竟都察院的職責就是糾劾百司、辯明冤枉、提督各道，而其中的糾劾百司，就是對官員的違法失職行為進行檢舉和控告，而且此次胡宗憲之所以事發，也是你都察院的巡按御史揭發的，案件交由你都察院的審理，也是應當的。
但是左都御史張永明顯然不這么想，胡宗憲一案確實是都察院的巡按御史揭發的，但是胡宗憲位高權重，豈是都察院一家就能夠審理的，本著要死一起死的想法，張永明提議圓審，圓審的規格勢必三法司會審還要高級一點，由大理寺、刑部、都察院三機關組成三法司，會審重大案件;遇有特大案件，則由三法司會同各部尚書、通政使進行圓審。
張永明這是準備把大家都都拉下馬啊，吏部尚書嚴訥當即拒絕圓審，開什么玩笑，圓審就把大家拉下水了，還好嚴閣老反應快，嚴訥當即說道：“首揆，若亭疑讞決,而囚有番異,則改調隔別衙門問擬。二次番異不服,則具奏,會九卿鞫之,謂之圓審。此案不當圓審，不合體例。”
因為圓審，或者叫九卿圓審，是復審制度，按照規定，凡是地方上報的重大疑難案件，罪犯經過二審后仍不服判決者，由三法司長官（刑部尚書、大理寺卿、都御史）會同吏、戶、禮、兵、工各部尚書和通政使組成會審機構共同審理，判決結果奏請皇帝審核批準。
而現在胡宗憲一案顯然不是復審，所以不能適用圓審制度，而是只能三法司會審，即在審判重大、疑難案件時，由刑部、大理寺和都察院三法司的長官刑部尚書、大理寺卿和左都御史審理本案，這算是大明最高級別的審判班子了。
既然決定了哪些人來審理本案，接下來就是怎么審理本案，御史們彈劾胡宗憲的罪名多了，貪污軍餉、濫征賦稅、黨庇嚴嵩等等，哪一條都是大罪，怎么審確實是個問題。
大家都看向徐階，希望徐階作為首輔，先來確認一下這些事情，徐階說道：“陛下已有明旨，就審理御史所彈劾的胡宗憲侵吞軍餉一事，他皆不問。”
既然如此，內閣就奏請嘉靖三法司會審胡宗憲，嘉靖當即御批同意。
朱載坖收到消息之后，趕緊通過陸繹將詳細情況告知胡宗憲，讓他提前有個準備，胡宗憲根本不以為意，照舊看話本雜劇，仿佛受審的不是他一樣。
經過張永明等人的商量之后，于嘉靖四十一年五月初一日在都察院正堂正式會審胡宗憲，左都御史張永明簽發牌票，派都察院差役到南鎮撫司提胡宗憲受審。
將胡宗憲帶來之后，張永明等人這才升堂，張永明頭戴烏紗，腰系犀角革帶，胸背繡獬豸補子，象征他的風憲官身份，革帶左側懸掛牙牌、牌穗及印綬。張永明坐上正堂，沉聲問道：“堂下罪員何人？”