嘉靖看了朱載坖的自辯奏疏，和李春芳、楊繼盛等人的說法是一致的，說明這個問題上，朱載坖并沒有騙嘉靖，海瑞很有可能是真的自己一個人做的此事，不過現在不管是不是海瑞一個人做的此事，嘉靖都要從嚴追究此事。
隨著裕王被禁足，海瑞下獄，朝廷上因為此事也是鬧得滿城風雨，科道言官們紛紛上疏，要求將海瑞移送三法司審理，而不是由錦衣衛審理。
對于御史們的要求，嘉靖御批道：海瑞置主毀君，不臣悖道，錦衣衛捕送該司嚴刑追究主使及同謀。
嘉靖給海瑞定的罪名是集中的，按照這個罪名，送海瑞上菜市口是妥妥的了。但是錦衣衛審訊半天，卻沒能得出結果。無論錦衣衛、東廠威逼利誘，如何訊問，海瑞咬死就是此事就是他一人所為，沒有其他人參與，朱希孝面對他一樣也是毫無辦法。
嘉靖不想理會此事，但是群臣們不能不理會啊，以首輔徐階為首，群臣上奏嘉靖，請求嘉靖將朱載坖的禁足解除，對于徐階的上疏，嘉靖根本不予理會，而是直接將奏疏留中不發。
見嘉靖不為所動，徐階等人只得請求嘉靖召見，嘉靖于是在無逸殿召見閣臣，雖然此事已經過去了一段時間了，但是嘉靖的身體一致沒能夠痊愈，盡管太醫院使徐偉盡心盡力的為嘉靖的調養，但是嘉靖的身體只是每況愈下，閣臣們見嘉靖的身體比之前幾日肉眼可見的差了。
徐階趕緊上前說道：“陛下千萬要保重龍體啊！”
嘉靖說道：“朕還沒被他們氣死，已經是僥天之幸了！”
徐階沒法接這個話，嘉靖接著問道：“內閣請見，是為了何事啊？”
徐階將今日的來意告訴了嘉靖，內閣輔臣們認為，現在仍舊禁足裕王于情于理都說不通了，之前可能是因為害怕海瑞上疏和裕王有關，現在錦衣衛審了這么久，也沒能伸出個什么來，而且都察院等調查之后也認為海瑞性格孤僻，這次的上疏應該就是他自己所為，此時再將裕王禁足，朝廷上會有非議的。
嘉靖聽完徐階的話之后，并沒有第一時間回答徐階，而是問道：“徐閣老，海瑞該當何罪啊？”
這話倒是令徐階一下子有些沒法說出來了，你說海瑞沒罪顯然是不可能的，但是徐階總不能說把海瑞弄死，徐階畢竟是清流領袖，這種事情是做不出來的。
徐階斟酌了一下用詞，然后說道：“陛下，臣以為海瑞邊鄙小臣，不識大體，妄言訕謗，其罪當誅，然究其本心，亦有一二分忠君之誠，陛下亦寬恩免死，以彰仁恕之道，如此法與情兩全也！”
嘉靖聽了徐階的話，并沒有回應徐階，而是說道：“朕近來多病，這些事情，就先放一放吧！內閣要多擔待一些。”