朱載坖隨即問閣臣們認為此事應當如何處理，內閣也認為張居正既然督師南京，此案還與華家的逆案有關聯，就應該由張居正將本案一并審理。
朱載坖于是同意了內閣的意見，不過朱載坖仔細翻閱了張居正和嚴紹庭的奏疏之后，說道：“無錫縣這個什么東林學舍，朕看是包庇逆黨，扇惑人心，令張居正嚴令地方州府將其鏟除，不準再興建類似的書院。”
朱載坖對于東林這兩個字都比較敏感，干脆先下手為強將其鏟除，免生后患，同時朱載坖以上諭的形式向張居正下令，嚴究此案，絕不姑息。同時朱載坖指令張居正與嚴紹庭、劉忠一道審理本案。
而在南京的張居正此事也承擔著巨大的壓力，南京都察院的御史們已經準備彈劾張居正，南京六部的官員們紛紛前來請求張居正對這些士子從輕處理，但是張居正根本不為所動。
嚴紹庭將華家的罪證以及華察解到南京之后，張居正隨即下令審理此案，為了表示公正，南京刑部、南京都察院也派人旁聽本案，張居正下令將華察解到督師行轅，親自問訊。
面對嚴紹庭從華家起獲的金磚、軍器等物，華察辯解稱，金磚是家中下人采購的，自己并不知情，而且金磚的形制與內廷所用并不一樣，不能管算作違制，至于軍器，則是為防備倭寇而購買打造了。
張居正對于華察的辯解并不認可，張居正認為，金磚乃是內廷所用，無論形制如何，非敕造不準用，只要使用就是違制，這點毋庸置疑，華察的辯解不能成立。
而華家所擁有的軍器數量龐大，也遠遠超過了防備倭寇所需要的限度，何況現在倭寇已經平息，華家還擁有這么多家丁和武器，其心殊不可問。
華察很清楚，張居正就是要辦華家，以報之前華家羞辱之仇，華察再次辯解稱，無錫緊鄰太湖，湖匪甚多，華府造園之事，傳遍鵝湖四周，也招來強盜多次搶劫，華父還差點當了人質，于是，華察便組織家兵守衛。這些軍器，都是為了保護華家而準備的。
張閣老表示，好家伙，你還豢養私兵，陰圖不軌，反心已經昭然若揭了啊！張居正隨即以華察擅用上供之物、私藏違禁軍器、豢養私兵陰圖謀逆三條大罪上奏朱載坖，請求圣裁。
張居正的奏疏還沒有到京師，各路御史彈劾張居正的奏疏就已經到了京師，朱載坖對這些奏疏一律不予理會，全部留中不發，對于其中言辭激烈的，還予以調外任、罰俸的處罰。朱載坖用實際行動表達了自己對于張居正的支持。
等到張居正的奏疏抵達，朱載坖第一時間召集內閣、三法司商議此案怎么處理，按照張居正的審理結果，將華家抄家滅族都是輕的，但是其實在場的諸人都知道，現在的證據實在是有些牽強，刑部尚書黃光昇說道：“陛下，華察擅用上供物罪證確鑿，私藏違禁軍器和豢養家丁也確有其事，但是以此推定其有謀反之意，尚顯不足。”
面對黃光昇的說法，馮天馭和葛守禮也是支持的，確實要以謀反大罪治華家的話，現在的證據還稍顯不足，朱載坖對此事則沒有那么好的耐心了，朱載坖毫不猶豫的指出，華家挑動士紳，對抗朝廷施政，煽動士子，阻撓錦衣親軍辦案，這些事情都是有據可查的，就以現在這些事情，華察包藏禍心已經是鐵板釘釘了，還要有什么證據？
朱載坖說道：“刑世輕世重，先朝對于東南，過于寬宥，以至于彼輩不知感恩，朕不得已以重典治之，方能懲前毖后，東南腹心之地，朝廷必須嚴控。”
在朱載坖的親自干涉下，三法司會審之后，還是定了華察及華家擅用上供器物、私藏違禁軍器和豢養家丁這三條大罪，最終經朱載坖御批，華察念其效勞先朝，著賜死，抄沒家產，其子孫發云南邊遠衛所充軍，其所豢養家丁著地方州縣會同巡按御史嚴審，有為非作歹，欺壓良善者，即行正法，田產沒官。
朱載坖以鐵腕處置了華家，使得東南士紳們明白了朱載坖不會對自己手軟，朱載坖和嘉靖不一樣，嘉靖畢竟地方藩王繼位的，為了鞏固自己的地位就花費了不少的精力，之后又是大禮議、南倭北虜，嘉靖確實是還沒空的出手來收拾東南這幫士紳。
而朱載坖畢竟是正常即位，而且在嘉靖的支持下有了自己的班底，尤其是在軍中有自己的力量，使得朱載坖說話硬氣了不少面對士紳們朱載坖可以選擇直接翻臉。士紳們慣常套路對于朱載坖來說根本不起作用，言官的彈劾他直接留中不發。
朱載坖的上諭抵達南京之后，張居正隨即奉上諭賜死華察，沒收華家的土地十六萬畝，將涉案人犯該充軍的充軍，該正法的正法。
隨后張居正再次下達命令，要求東南州縣官府執行上諭，催征欠糧、清退投獻田地、清丈田畝，核實稅源，這次東南士紳們不敢再把張居正的命令當耳旁風了，而且州縣官府也硬氣起來了，開始直接向士紳們催督欠糧，要求他們如數繳納欠糧。
士紳們這次不敢硬頂張居正，要知道張居正雖然處置了華家，可是南京內亂一案還尚未結案，當日大批的士子現在還被關押在南京錦衣衛，要是他們和張閣老硬頂，張閣老找個士子弄份口供，就說你是當日南京內亂案的幕后主使，華家的前車之鑒就在眼前，那可真是要抄家滅族的。
但是要想士紳們這么痛快的將欠糧繳納了，也是不現實的，雖然他們不敢硬頂張居正，但是拖還是可以的，盡管一些士紳們出于畏懼，繳納了部分欠糧，但是整體繳納的數量還遠遠不足，而且退還投獻的田產就更是沒有動作了。
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