朱載坖為此專門召見了東閣大學士、翰林院掌院學士殷士儋，和他商量詔書的事情，朱載坖對于這份詔書還是很重視的，要求殷士儋親自主抓此事，弄出一篇令朱載坖滿意的詔書來，朱載坖要舉行隆重的拜將出師儀式，以振奮軍心。
朱載坖甚至對于詔書的內容有明確的指示，要有大明出兵討伐的正義性，還有大明對女真用兵的緣由，這些都要說清楚，務必要是一篇雄文。
在朱載坖的親自干預下，殷士儋督促翰林院拿出以一份朱載坖還算滿意的詔書。
同時在處理隆慶四年的一應禮儀活動后，朱載坖和內閣以及禮部尚書高儀、兵部尚書霍冀商量組織命將出師的儀式，因為大明自仁宣之后就很少大規模出擊了，所以這種儀式很久都不組織了，所以朱載坖猛的問起此事，連高儀都很陌生。
但是既然是朱載坖問起此事，一眾臣子們也趕緊將成祖時的命將出征儀式找來，加以改動，用以適應現在大明。
朱載坖原本準備親赴三屯營，送大軍出征，但是這個想法被大臣們堅決勸阻了，他們認為朱載坖是皇帝，是君上，哪有君上親自前往去送麾下的士卒出征的呢？應該將出征的大軍調至京師，朱載坖就在京師為大軍送行即可，之前校閱京營的校場正好可以用來使用。
朱載坖在重臣們勸說之下，才放棄了這種想法，傳令汪道昆、戚繼光將參戰部隊帶到京師來，準備誓師出征。
同時汪道昆在接到朱載坖命令之后，也和王兀堂取得了聯系，汪道昆在給王兀堂的信中表示，自己已經知道了相關的情況，大明皇帝也知道了相關的情況，只要王兀堂肯定謹守本分，自己抵達遼東，剿滅覺昌安之后，就會重新在寬甸六堡開市，以滿足王兀堂部的各種需求。
汪道昆還暗示王兀堂，只要王兀堂愿意忠于大明，那么在剿滅覺昌安之后，汪道昆可以扶持王兀堂做女真之主。為了穩住王兀堂，汪道昆向朱載坖上疏，請求先給王兀堂一點甜頭，穩住他，然后才好對覺昌安用兵。
朱載坖經過與內閣商量之后，下達旨意，升王兀堂為都督僉事建州左衛指揮使，成為所謂的女真都督，同時加王兀堂為龍虎將軍，從地位上顯示大明對于王兀堂的關系，而且將原來由覺昌安擔任的建州左衛指揮使給了王兀堂，也有挑撥他們二人關系的意圖。
當然，光有這些頭銜是遠遠不夠的，朱載坖很清楚，對于這些蠻夷首領，還是實際的好處最有用，所以不僅有地位的提升，還有實際的利益才行，經過朱載坖與內閣、汪道昆等人商量，決定給王兀堂敕書五百道，這些敕書就是可以到大明在邊境的馬市交易的憑證，有了敕書，才能夠到大明的馬市中去交易。
這些敕書對于王兀堂來說還是有實際作用的，只要他還不想反叛，這些敕書就能夠在日后發揮巨大的作用，這樣做既可以避免直接給王兀堂物資從而導致資敵。
不僅是汪道昆給王兀堂做工作，遼東總兵黑春還利用自己出身于建州部的身份，積極的勸說王兀堂，希望他和大明站到一起，在汪道昆、黑春的勸說和威脅之下，王兀堂終于再次上疏大明，重申自己不敢背叛大明。
雖然現在天氣嚴寒，海運無法進行，但是在朱載坖的嚴令之下，各項有關于東征的準備工作已經開始了。
大量的糧秣、軍器、彈藥等物，通過山海關向向廣寧轉運，在沈陽中衛，官軍也修復了沈陽中衛的城防設施和倉庫，準備儲存從內地解運來的各種物資。
除了軍糧、彈藥之外，朱載坖另外一個關心的就是醫療情況，雖然大明官軍中也有軍醫，但是數量實在是太少，質量也是十分的堪憂，以大明最精銳的京營來說，神機營、三千營、五軍營各營有一名醫官，兩到四名醫士，算下來一萬名士卒中也沒有一名醫生。
雖然按照制度，邊關衛所及人聚處，各設醫生、醫士或醫官，俱由本院（太醫院）試遣。歲終，會察其功過而殿最之，以憑黜陟。但是實際上大部分的軍營中是根本沒有軍醫的，這也導致官軍士卒身體狀況堪憂，軍營屢發疫病，影響官軍的戰斗力，同時由于缺乏軍醫和藥材，也導致很多傷病士卒得不到及時的救治，影響軍隊的士氣。
朱載坖之前就命太醫院招考天下的醫學生和命令地方舉薦良醫，現在太醫院有經過徐偉、萬密齋、李時珍的考核通過的地方良醫近百人，醫學生一千余人。
朱載坖命令太醫院抽調善于治療外傷的良醫和醫學生，隨軍出征，救治傷病士卒，同時還從內承運庫撥銀五萬兩采購藥材，制成金瘡藥等治療外傷所急需的藥物，先期運抵遼東，就在沈陽中衛開設醫院，將前線的傷病士卒在戰時同意后送到沈陽中衛予以救治。
同時命令戚繼光等人，從每隊士卒中選拔一名聰明伶俐的士卒，到太醫院接受簡單的培訓，學會簡單的包扎等方法，在戰時將傷員緊急處理，便于后面搶救傷員，朱載坖很清楚，對于傷員的救治關乎士氣，輕忽不得。
所以朱載坖重申了太祖時期制定的軍律：凡報傷病者，不論大小衙門，啟閉冗暇，即時投入。如有把門人阻攔，及將官施行遲誤者，罪坐所由。報病遲過一日者，罪在報遲之官；若因遲報致病兵身死者，究其遲誤之人以軍法。
而且對于野戰醫療救護和戰傷平定，朱載坖也和楊博、霍冀、萬密齋、徐偉等人商量了一套詳細的辦法：凡弓箭傷系致命處為一等，雖重不開超等，被中三箭以上，雖輕亦開一等；中二箭者，雖輕不開三等。凡在手足間為二等，箭入不深，再輕者為三等，再輕者四等。致其刀傷當面者為超等；傷手是重者為一等，輕者為二等、三等止。
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