除了在遼東設立布按二司和府州縣衙門之外，朱載坖還調整了薊鎮和遼東鎮的防區建制。
對于遼東鎮來說，現在是大明爆發戰事可能性最高的地區了，同時面對土蠻和女真的威脅，遼東鎮的邊防壓力無疑是最為沉重的，而且隨著王臺的老邁，對于女真人的約束力恐怕會越來越低，朱載坖認為，對于朵顏三衛和土蠻，恐怕大明又要準備對土蠻用兵了。
不過這些都是后話了，在經過與提督薊遼軍務戚繼光、薊遼總督兵部尚書汪道昆等人商議之后，朱載坖決定調整了薊鎮與遼東鎮的防區，將原屬遼東鎮的山海關劃給薊鎮，而原駐防于此的山海關參將率本部兵馬成為遼東鎮機兵，同時將遼東總兵從廣寧中衛移駐定遼中衛。
吏部很快選出了遼東布按二司和府州縣的官員名單，經朱載坖圣裁之后下旨，同時由于遼東布政使司是新設的布政使司，所需要的吏員也參加考選，同時考慮到遼東苦寒，凡是愿意去遼東的，直接授予流外一等吏員，提升遼東吏員的待遇。
而直隸、山東等州府在經過統計之后，也向朱載坖上報了自己轄區內的流民數量，據北直隸上報，直隸諸州縣，流民在十萬之數，山東要稍微少一些，也有八萬之數，在京師也有不少的流民。
于是朱載坖向河南、山東、直隸派出御史，招撫流民，準備正式開始移民。
朱載坖和內閣輔臣、六部堂官，還有遼東的方面之臣，經過商量之后認為，主要還是以大連府為中點，因為遼東半島上氣候溫和，是整個遼東最濕潤溫暖的地方，對于這些的百姓來說相對好適應一些，同時也更加安全，朱載坖在和戶部商議之后。
由于今年已經太晚，現在遷移百姓，這些百姓們就會面臨遼東的寒冬，這是極為不利的，最好還是等到明年開春之后再動身相對比較合適。
同時朱載坖從內承運庫撥銀，與太倉一道給遼東的官府和遼東鎮，命令遼東鎮的官軍士卒在今年修建房舍，為這些百姓提供起碼的遮身之所，遵化鐵廠也要準備相應的農具。
而衣物棉花之內，朱載坖盡管到處搜羅，布匹倒是能夠給百姓支給一匹，但是棉花現在確實是不足，在朱載坖動用內庫的儲存并請在松江的徐階幫忙之后，勉強能夠保證每人二十兩棉花。
還要支給百姓一年的口糧和種子，在種子方面，朱載坖主要是令戶部準備的玉米和大豆、高粱等作物的種子，遼東現在還不適宜種植稻麥等糧食，但是種植玉米、大豆、高粱卻是十分適合的，這些作物不但可以作為糧食，也可以戰馬的飼料，大豆還可以榨油、做豆腐，有很大的用處，而且他們都是比較耐寒的作物，能夠在遼東生存的。
除了這些之外，朱載坖給愿意去遼東的百姓銀一兩，錢一貫，作為他們的啟動資金，同時命令向遼東加大海運糧秣的力度，朝廷要做好多養這些百姓一年的準備，畢竟有備無患了。
愿意去遼東的百姓，成年男子給田五十畝，成年女子給三十畝，孩童給十五畝，同時舉家遷移的，再多給布一匹。
朱載坖很清楚，百姓都是安土重遷，對于大明的百姓就更是如此了，這些愿意遷移到遼東去的，大多是真的在本地活不下去的流民，他們沒有任何的家底，需要朝廷的幫助，其實可以算是朝廷的投資，一旦他們在開墾成功，就會為大明提供更多的賦稅。
尤其是他們繳納的糧食，可以支應整個遼東鎮的軍事行動，所節省的錢糧是十分龐大的，對于朱載坖來說，是穩賺不賠的生意。日后他可以利用遼東出產的糧食，遼東地下的煤炭、鐵礦支撐他的大軍征討土蠻、女真，乃至于倭國，所以現在的投入朱載坖認為是接受的。
在朱載坖安排好了這些事情之后，禮部尚書高儀向朱載坖上奏，稱經過禮部確認，這次紅夷所遣使者，確系由其國王所派，并非冒名之輩，紅夷國王向朱載坖進獻了望遠鏡、火銃、火炮、戰船模型等禮物。
請求和大明通商貿易，建立正式的外交關系，并允許他們的傳教士在大明傳教、設立教堂等。他們同時請求向朱載坖遞交正式的國書。
對于他們的請求，朱載坖決定答應，正式在皇極殿召見紅夷使節。現在這幫紅夷使節，沒有后來那么腦子不靈光，他們深諳入鄉隨俗的道理，對于禮部教授了行跪拜禮等并沒有什么排斥。
為了顯示大明國威，朱載坖下令輔臣、六部九卿和在京四品以上官員俱朝服上殿，同時命令京衛都指揮使陸繹和錦衣親軍都指揮使朱希孝嚴整軍容，以壯國威。
在禮部官員的引導之下，紅夷使者進入大殿，向著朱載坖行禮之后，遞交國書。朱載坖翻閱了國書之后，對他們說道：“爾等所請，朕會召集重臣商議的，爾等還有什么要陳奏的嗎？”
紅夷使團中的翻譯，傳教士羅明堅說道：“大明皇帝陛下，我等請求皇帝陛下向天主打開國門，天主必會對皇帝陛下有所報答的。”
一聽有所報答，朱載坖就來勁了，朱載坖這人就是這么不利不起早，雞蛋一送,信仰啟動,雞蛋一停,信仰歸零，這就是朱載坖對于什么天主的態度。
朱載坖問道：“朕富有四海，萬方奉養，爾等偏居一隅，能有什么報答？”
對于他們所說的報答，在場的臣子也認為不太現實，這些蠻夷固然是有些奇技淫巧，但是朱載坖和群臣們都不認為他們能夠可以拿出什么使得朱載坖心動的東西來，畢竟朱載坖好歹是大明的皇帝，什么沒見過。
羅明堅向朱載坖介紹了他們此行帶來的各色禮物，對于這些東西，朱載坖興致缺缺，雖然這些軍器、戰艦模型很精巧，但是大明并非不能制造，所以朱載坖并不感興趣。</p>