朱載坖要求吏部和刑部行文地方，要各府州縣嚴查轄區的寺院庵觀，有不法事者，立即查辦，若有遷延推諉者，責成巡按御史嚴參，其次就是對于寺院兼并土地問題，之前朱載坖對于寺院的土地是采取清丈的行為，但是經過此事，朱載坖認為這些所謂的寺院庵觀，最好是不要擁有土地的好。
朱載坖對閣臣們說道：“諸位，這些寺院庵觀，既不從事工農之業，也不教化百姓，彼輩坐擁田土，以地租為食，與蠡蟲何異？”
對于朱載坖的這個看法，閣臣們也是認可的，但是驟然沒收這些寺院庵觀的土地，會讓人詬病的，人們會認為朱載坖是為了斂財才這么辦的。
朱載坖不以為意的說道：“背地里罵朕的人多了去了，朕要是擔心這個，還當什么皇帝。”
朱載坖要求除了御賜土地之外，各寺院庵觀的土地一律沒官，按照度牒上的人數，人給五十畝耕種，多余的土地一律入官，按律起科，這些其實對于大部分的小寺院來說是有好處的，一些只有幾人、十幾人的寺院，反而可以獲得更多的土地，朱載坖真正打擊的就是那些大肆兼并土地的大寺院。
同時對于朱載坖來說，眼下最關心的就是禁絕所謂武僧這樣的東西，朱載坖對諸位閣臣說道：“儒以文亂法，俠以武犯禁，此常理也。彼輩武僧，倚仗武力，對抗王法，豈有此理，天下寺院，自即日起不得豢養武僧，違者以謀反論處。”
對于這點，內閣輔臣們還是同意了，寺院擁有武力，這本就是很離譜的事情，天下的武力都要朝廷的手中，斷無什么僧兵、武僧之說，若是向武當山這樣習武強身健體，自無不可，但是組織僧兵，豢養武僧，充當打手這種行為決不能允許。
按照朱載坖的要求，內閣和翰林院起草了詔書，朱載坖看過之后用印發出，昭告天下。
而三法司也將會審的結果上奏朱載坖了，了塵等一干罪大惡極的惡僧，予以凌遲，悟通、正道等其余僧人，依照罪行的不同，從腰斬到絞立決不等，而涉案的河南通省官吏，卻被三法司有意無意的避開了，三法司認為這些官吏們事涉貪墨、枉法等罪，要另案處理。
朱載坖當即將三法司的奏疏給打了回去，并且御批道：“三法司欺朕無知乎？所斷朦朧不明，涉案官吏，各照條法，從嚴處斷。爾等若不能斷，朕自為之！”
同時朱載坖派人暗示刑部尚書趙文華，要是不行的話就趕緊把位置讓出來，想當刑部尚書的人多了去了。
在朱載坖的軟硬兼施下，三法司終于再次擬定判決，原河南巡撫、河南布政使、按察使、按察副使、按察僉事、開封知府、登封知縣以及收受少林寺賄賂的各衙門吏員等，依貪墨、枉法等罪名，從斬立決到流三千里不等的刑罰。
朱載坖這才御批同意，令海瑞等人將一干人犯立即正法。</p>