朱載坖認為，還要對朱翊釴的講官們進行調整，朱載坖認為，現在朱翊釴的講官完全以翰林官們充任，對于朱翊釴來說并不合適，作為皇帝，朱翊釴日后是要治理國家的，僅僅依靠經義是顯然不現實的，朱載坖要求充實朱翊釴的講官隊伍。
除了現有的講官之外，內閣首輔高拱、次輔張居正還有閣臣陳以勤，吏部尚書楊博、兵部尚書霍冀、禮部尚書趙貞吉都要抽出時間去給朱翊釴上課，尤其是霍冀和楊博，對于兵法、大明面臨的威脅，北虜、東虜的情況，都要向朱翊釴作一介紹。
同時朱載坖還要求錦衣衛將搜集的大明境內土司、鄰國，西夷、倭寇的相關情報整理成冊，向朱翊釴進呈，幫助朱翊釴了解大明現在的所面臨的情況，朱載坖當著閣臣們對朱翊釴說道：“太子，為君者，當心懷天下，包舉宇內，眼光所至，不要僅僅是大明，對于四夷之情，也要做到心中有數，要早有準備。”
朱翊釴趕緊領旨，朱載坖對高拱說道：“要和海瑞說，盡快推進大計，尤其是對于地方州縣和六部衙門，要嚴格大計，切實刷新吏治。”
隨即朱載坖在海瑞的奏疏御批道：“卿所言甚是，下內閣詳議！”同時朱載坖下令對詹翰官加以申斥，這下使得京師的官員們大為吃驚，沒想到海瑞的圣眷之深，已經達到這種地步了，連詹翰官都要被申斥，他一個舉人出身，上疏討論皇太子的圣學問題，居然能夠得以被采納。
可見海瑞的圣眷，連詹翰官都要避其鋒芒，那其他官員就更不用說了。這對于大計的推行，有極大的好處。在內閣和朱載坖的催促下，海瑞首先對京師部院衙門和直隸的州縣官員加以大計。
對于直隸的州縣官員，海瑞還是很了解的，畢竟海瑞擔任過多年的順天巡撫，河間知府等職務，在海瑞的審查之下，一批官員被大計彈劾，甚至因為貪墨被移送法司嚴懲的州縣官員也有幾個。
而趙貞吉也在對科道的大計中黜退了一批御史，因為他們在任上專恃欺隱，彈劾盡為不實之詞，所以趙貞吉奏請朱載坖，對這批御史予以黜退，得旨，凡御史不能據實劾奏，為黨亂政者，俱黜退！
對于這些放肆妄言的言官，朱載坖早就不滿了，朱載坖給與言官這么大的權力，準許他們審查所監察部門的賬目，就是為了為大明除去貪官污吏，但是言官們還是積習不改，風聞言事成了習慣，這次朱載坖可不慣著他們，對凡是一貫風聞言事，拿不出真憑實據的言官，朱載坖明旨要求海瑞、趙貞吉等人予以黜退，重新考選御史。
同時對于吏部、戶部、兵部予以從嚴大計，因為朱載坖很清楚，這三個部門是貓膩最多的，吏部主官全國文官的考選升遷，尤其是吏部文選司和考功司，沒有問題才是怪事，還有戶部和兵部，都是有大量錢糧經手的衙門，出現貪官污吏，是一點也不稀奇。
所以朱載坖要求海瑞等人從嚴審核，對一時無法核實清楚的，將之交錦衣都司，由錦衣親軍負責查實。
而在大計的時候，左都御史葛守禮奏請朱載坖，請求由都察院在大計之后進行拾遺，這其實是之前京察和外察時的舊制，有不公者許令科道官指實劾奏，南京各衙門照例考察，有不公者令南京科道劾奏。拾遺對于科道來說是非常重要的權力。
按照葛守禮早奏疏中所稱：“科道之設將以補闕拾遺、舉正欺蔽，是以每當考察之后，例必糾正。”
而且之前科道拾遺的力度之非常之大的，葛守禮在奏疏中稱：“舊制，京察之歲，大臣自陳。去留既定，而居官有遺行者，給事、御史糾劾，謂之拾遺。拾遺所攻擊，無獲免者。凡部院所考屬官有遺未處者及自陳未處之大臣，科道官皆可以拾遺糾劾之。”
凡是被科道拾遺彈劾的，幾乎沒有不被罷免的，可見科道拾遺的威力，而且科道拾遺之后，決定權在皇帝手上，科道官糾拾自陳大臣時，被糾劾者的處置亦由皇帝直接負責裁定。
葛守禮在奏疏中認為，由科道行使拾遺權，可以使司考察者畏清議而不敢不公，被考察者仗公論而不患不當，是保證大計公正的重要的手段。
而內閣的御批也是贊同科道行使拾遺的，朱載坖思考了一陣之后，認為科道的拾遺也確實是重要的監察手段，不是每一次的大計都有海瑞這樣的人，一旦所托非人，那科道拾遺的威力就可以發揮出來了，由科道拾遺的威懾在，使得主持大計的重臣不敢包庇同黨。
朱載坖隨即同意了葛守禮的意見，準允吏科和都察院在大計之后行使拾遺的權力，但是不準風聞言事，必須要確有證據才行，同時監察御史和給事中在大計完成之后可以查閱審核大計的各種材料，發現有問題的，可以直接向朱載坖陳奏。
而對于被大計黜退的官員，依照京察和外察的舊例，永不敘用，同時朱載坖命令吏部尚書楊博，對空缺的職務立即選拔官員補缺，不拘出身，不管是進士舉人這樣的科舉正途出身，還是吏員考選而來的，只要符合條件，都可以選任。
而正在朱載坖與內閣推動大計，準備刷新吏治的時候，從陜西三邊和薊鎮發來的塘報使得朱載坖不得不重視起來了，提督陜西三邊軍務、豐州伯馬芳向朱載坖上奏，稱套虜最近蠢蠢欲動，眼下陜西三邊軍儲已足，請求朱載坖準允馬芳先發制人，打擊套虜。
而汪道昆和戚繼光也聯名向朱載坖陳奏，土蠻部和朵顏三衛再次襲擾薊遼，請求朱載坖準允薊遼兩鎮反擊。
事關軍國大事，朱載坖立即召集閣臣和兵部、戶部堂官商量此事。</p>