在朱載坖的上諭之下，不管是海瑞、楊繼盛等督撫大員，還是地方州縣官吏，還是督冊道葉春及等人，都迅速進入狀態，開始對于蘇松兩府的黃冊進行修訂，同時按照計里畫方的測繪方式，對蘇松兩府的輿圖重新進行測繪。
朱載坖對于這次的輿圖測繪，要求就是務必要真實、準備，不僅要對山川地理加以精確的測繪，還要對兵要地志、道路交通、水陸驛站加以精確的測繪，作為日后繪制軍用交通圖等地圖的來源。
除此之外就是對于此事的經費保障了，朱載坖很清楚，沒有銀子是萬萬不能的，除了抽調國子監算學的生員和考選小吏之外，朱載坖和海瑞商量之后，從南直隸的留存錢糧中撥出三萬兩，朱載坖從內承運庫撥出五萬兩，用作這次修訂黃冊的經費，除了紙張等物資的采買之外，就是給參加黃冊修訂的所有官員加工資。
黃冊修訂、輿圖的測繪都屬于野外作業，所以朱載坖特旨凡是野外作業的官吏，每月加一兩銀兩的補助，同時本色米也增加五斗，作為朝廷對他們工作的嘉獎，地方州縣要保障他們衣食，朱載坖有嚴旨，不準朝廷官吏向百姓索要財物，違者立馬送哈密或者緬甸悟道去。
朱載坖雖然想在南京看著此事的推行，但是時間已經來不及了，不管是張居正還是在京師的高拱，都在催促朱載坖趕緊回京，因為一旦到了冬天，運河封凍，太后舟車勞頓，有所不便，所以高拱接連給朱載坖上疏，請求朱載坖回鑾。朱載坖考慮到時間問題，還是決定回鑾，在東南也待了快半年了，朱載坖也該回京了。
在召見海瑞等人，要求蘇松等地有結果了之后立即通過驛站向朱載坖匯報之后，隆慶九年九月二十三日，朱載坖和杜太后的車駕啟程，返回京師，對于南京的官員們來說，朱載坖的離開使得他們終于可以繼續之前的摸魚生活了。
回程就比來的時候要慢多了，在歷經一個半月的行程之后，朱載坖的鑾駕終于回到京師，入宮之后，皇太子朱翊釴趕緊向杜太后和朱載坖問安，朱載坖笑著問道：“監國感覺如何？”
朱翊釴說道：“父皇，這奏疏批答，多是無用之言。”
朱載坖笑笑說道：“這就對了，我們大明朝的官員，就喜歡無事生非，他們要是哪一天不無事生非的話，朕還有些不習慣了。”
朱翊釴監國最大的感受就是大明官員的無聊，每日的奏疏有不少都是破事，互相之間的攻訐，真正談正事的奏疏不到十分之三，朱載坖早就習以為常了，這些奏疏朱載坖一向的態度就是置之不理，朱載坖還繼續向朱翊釴詢問監國期間有什么大事沒有。
現在九邊大體安定，不管是俺答還是打來孫都比較消停，九邊并沒有什么戰事，唯一戰事比較多的地方就是西域，李成梁在西域重拳出擊，頻頻對哈密以西的西番部落用兵，幾乎每月都有斬獲上報，但是朱翊釴覺得李成梁過于殘暴了，他認為朝廷已經占領了哈密，就應該和西番和睦相處，像李成梁這樣頻繁的對西番用兵，恐怕會激起西番的反抗，到時候西番和瓦剌聯手與大明作對就麻煩了。
對于朱翊釴的擔心，朱載坖認為是有些道理的，李成梁這個人，好大喜功是一貫的，他也不甘居于人下，功名心極重，現在馬芳、俞大猷等人都已經封了侯，只有他李成梁封伯，朱載坖很清楚，這位肯定是心有不甘的，也想封侯，但是封侯是需要軍功的，要首級的，那就只有向西番百姓借一借了。
不僅李成梁如此，現在很多大明官軍的軍官們都有些蠢蠢欲動了，朱載坖即位之后，對于軍功封爵放松了，凡是能夠為大明開疆拓土的將領，都能夠封爵，軍功升賞也比以前更加豐厚了，所以很多軍官們都有些躍躍欲試，想要撈取軍功，但是現在大明九邊就相對安寧，只有小規模的沖突，所以有些官員擔心這些軍官們認為制造事端。
朱翊釴也是受他們的影響，才認為李成梁過于輕佻，在西邊屢屢生事，朱載坖對此倒并不介意，想要功名爵位，那是好事，大明就是需要一幫虎狼之師才行，不過朱載坖也很清楚，李成梁確實不是什么省油的燈，這樣搞下去是會影響朱載坖的大棋的，朱載坖現在還不想再西域大動干戈，現在西域的目的就是穩定，大明要在哈密扎下根來才行，不要將西番的矛盾激化。
朱載坖于是命令召李成梁進京陛見，同時處理這六個月以來的各種文書，對于朱翊釴所做的決定，朱載坖都予以承認，同時再次發布上諭，在大明貫徹豁賤為良的法令，不僅僅是東南，北方地主一樣有蓄奴的問題，朱載坖要求各地的官府予以嚴查，同時各地巡檢司詳細登記、清查戶口。
在和內閣輔臣、左都御史葛守禮商量之后，朱載坖決定從都察院派出御史五十人，分赴各布政司督促巡檢司對人口進行登記，同時天下衛所的戶籍也要予以整頓了。
朱載坖命令五軍都督府、衛尉寺負責衛所軍籍的整理登記，命令五軍都督府領導各都指揮使司，對天下衛所的戶籍予以整理登記，不僅要登記在籍軍士的戶籍，所有見在人員都要全部登記，從小旗一直匯總到五軍都督府，有玩忽懈怠的，令錦衣親軍和衛尉寺究問，同時各衛鎮撫等負責軍紀的軍官專門監察，不允許隱瞞人丁，不僅是正軍，軍余子弟、見在人口都要統計。
朱載坖想知道，大明的二十一各都司、行都司，四百九十三個衛所，守御屯田群牧千戶所三百五十九個，還有京營、親軍諸衛到底有多少軍士，多少軍余舍人，朱載坖要做到心中有數，同時就是逐漸給五軍都督府恢復權力。</p>