除了水利之外，朱載坖比較重視的就是水師戰艦的制造和燧發火銃的批量裝備。
隨著大明的工匠還有文思院對于從西洋來的各種機械吃透了之后，大明自己的工匠也發明了大量的機械用于軍器、船只的修造中來，朱載坖對于這些能夠發明機械或者改進軍器的工匠都兌現承諾，不僅給予官職，也不吝賞賜，現在大明生產的三、四斤熟鐵炮在射程和精度上已經青銅炮相差無幾了。
這樣的話就可以將大量的銅料節省下來，用于鑄造制錢和鑄造海軍艦炮。
同時文思院和軍器局聽取了戚繼光等前線將領的意見，對于燧發火銃進行了改進，長度增加到五尺三寸，刺刀的長度也增加到一尺五寸，這樣的話士卒在白刃戰中就能夠取得更大的優勢，同時將燧發火銃的彈丸重量增加到九錢，以增加火銃的殺傷力。
經過改進的火銃被朱載坖命名為隆慶十年式燧發火銃，朱載坖要求嚴世蕃督促各工場增加產量，現在沒有僅僅一萬支的產量遠遠不足供應大明官軍使用。
朱載坖要求嚴世蕃將產量想辦法提高到三萬支每年，同時將成本壓縮到三兩以下，同時應嚴世蕃的奏請，朱載坖在北直隸設立了更多的工場，將工場專業化，以應對朝廷和百姓對于軍器和各種機械的需求。
嚴世蕃還奏請朱載坖，現在天津造船廠有空余的船塢，因為水師主要需要的是大型戰艦，中小型的戰艦大連、松江、南京、廣州等地都可以制造，但是現在民間對于船只的需求是很大，嚴世蕃請求朱載坖準允朝廷的各官營船廠承接民間的訂單，這樣一來可以增加工匠的收入，提高他們的積極性，同時可以增加收入，補充為朝廷造艦的費用，節省開支。
朱載坖同意了嚴世蕃的奏請，但是要求各船廠首先要保證水師的戰船按期交付，并且保證質量。
南洋水師提督俞咨皋也向朱載坖上奏兩事，第一是之前朱載坖派遣去西洋出使的羅萬化等人已經從尼德蘭返回，抵達廣州，正在修整，準備返回天津，俞咨皋提前奏報朱載坖，請示是否派遣戰艦護送。
第二件事情就是隨著大明和南洋的交往增加，海盜又重新在南洋等地出現了，俞咨皋奏請朱載坖，請求率領水師，肅清海盜，借機鍛煉水師。
朱載坖同意了俞咨皋的請求，同時命令禮部準備儀式，迎接羅萬化等人歸來，這是大明第一次遣使西洋，朱載坖想知道羅萬化從西洋帶回了什么東西。
除了興修水利之外，朱載坖還要大興倉儲，在北方興建多個大型的倉庫，用于儲存糧食，以備不時之需，同時擴建京通倉，在天津興建大型倉庫，擴建之后的京通倉，要能夠儲存一千五百萬石糧食，在天津也要建成能夠收儲一千萬萬石糧食的倉庫，以備災荒和朝廷用兵。
重臣們對于朱載坖的這些做法已經是習以為常了，戶部尚書劉體乾上疏，請求朱載坖將一些大型工程暫緩，水師戰艦等耗資巨大的軍器修造也要減少，朝廷要儲備一些銀子，以備不時之需。
按照朱載坖這個用法，明年就是沒有災荒也不用兵，朝廷的收入還是要被花的干干凈凈，朱載坖則是予以拒絕，這些事情都是必須要做的，不管是水利的興修，戰艦的修造，都是朝廷現在要用做的事情，必須立即動工，就算是有不足的，朱載坖動支內帑也要支持下去。
朱翊釴看到這種情況，也向朱載坖委婉的勸諫，不必過于心急，朱載坖于是問道：“那太子認為，什么事情是重要的，什么事情是不重要的？”
朱翊釴說道：“陛下，眼下沒有戰事，水師戰艦和大量制造軍器，需要大量的銀錢，可否暫緩一下，等到朝廷充裕了再說。”
朱載坖看了朱翊釴一眼，朱翊釴趕緊請罪，朱載坖擺擺手說道：“你我父子不必如此，不過太子你知道朕為什么要大造軍器，修建戰艦嗎？”
朱翊釴說道：“父皇是要防患于未然。”
朱載坖笑了笑，防患于未然，不不不，現在人家都已經在家門口，朱載坖起身，和太子一道在文華殿外散步，朱載坖說道：“太子知道一艘戰艦從制造到下水到交付水師需要多久嗎？訓練一名合格的水兵都需要多久嗎？”
這些顯然已經超過了朱翊釴的知識范圍，朱載坖耐心的給朱翊釴解釋其中的關竅，和陸軍不同，水師需要長期的訓練才能夠形成戰斗力，戰艦的制造更是需要很漫長的時間，而現在大明面臨的是什么情況？
嘉靖朝的倭寇雖然看似平息了，但是倭國始終是大明東南的大患，佛郎機占據呂宋，直接威脅大明在南洋的利益，朱載坖認為，大明和佛郎機遲早會有一戰，如果不早做準備，臨戰不利，這就麻煩了。
而大造軍器，提高大明官軍的火器裝備率，不僅僅是為了提高官軍的戰斗力，更有朱載坖長遠的思考。朱載坖問道：“太子覺得，朕為什么要將各種工場置于北直隸？”
朱載坖將朝廷的各種官營工場都設置在北直隸，除了因為北直隸資源豐富，具備發展這些工業的條件之外，更重要的就是將這些工場牢牢掌握在朝廷的手中，用后勤來控制軍隊，防止出現尾大不掉的情況，朝廷只要能保持對于軍事工業的絕對掌握，就可以用軍器彈藥的供應來控制軍隊。
火器可不同于冷兵器，彈藥和各種零配件都是很重要的，這些不是大街上隨便拉個鐵匠就能夠干的，為什么朱載坖首先做的就是度量衡的標準化，就是要通過標準化將朝廷的軍器也予以標準化生產，提高軍器質量和門檻，杜絕仿制的可能性，這樣一來，大將們即便是有反意，也得思量一下后果了，所以朱載坖一直致力于提升官軍的火器比例。</p>