朱載坖認為，不僅要重懲這些涉案官吏，追繳贓物贓款，更重要的是要建立一套完整的倉儲管理系統，就倉儲管理而言，兩宋的制度是最為完備的，朱載坖認為，取法于兩宋，在大明建立起完備的倉儲管理制度，不僅是朝廷的銀庫、軍儲、軍需、軍械軍器等倉庫，更加重要的是要對于應急備荒的倉庫建設。
大明的荒政一向很爛，一旦發生大的災荒，朝廷除了減免賦稅、撥銀賑濟之外基本上沒有任何辦法，但是其實災區最需要的是大量的糧食、藥品等物，同時需要朝廷組織災民恢復生產自救，這些都是朝廷和地方官府需要做的，但是由于大明地方缺乏倉儲，導致荒政無法推行，朱載坖要借由重建倉儲體統，重振大明的荒政。
朱載坖要求內閣與吏部、戶部、都察院等商量出一個完整的倉儲系統，從地方到朝廷中樞，以備邊應急為倉儲建立的主要目的。
當初，此次倉儲發生的弊案也是朱載坖要嚴懲的地方，朱載坖命令都察院、戶部詳細計算各倉的損失，嚴厲征繳贓物，同時將大批倒賣朝廷物資的奸商予以抄沒，除了主犯正法之外，舉家流放緬甸、哈密和遼東，充實當地的人口，加強朝廷對于這些地方的控制。
在陸繹和馮保的指揮下，廠衛在京師抓捕案犯，抄沒家產，不管是錦衣校尉還是東廠番子，都發了一筆橫財，對于這些事情，朱載坖當然是心知肚明的，但是朱載坖很清楚，要給這些人一點甜頭，否則的話廠衛怎么是天子鷹犬呢？
對于廠衛做大，朱載坖到沒有這個擔心，現在的廠衛已經不是嘉靖年間那么和諧了，馮保想要重振東廠的聲望，陸繹也要重振錦衣親軍在陸炳時的威風，東廠和錦衣親軍像兩只斗雞一樣，這幾天朱載坖就收到了不少東廠密報錦衣校尉在抄家過程中私吞財產的事情，陸繹也向朱載坖奏報東廠買放嫌犯的事情，朱載坖沒有讓他們來處理，而是命令領侍衛內大臣嚴紹庭督率親軍諸衛將這些嫌犯抓獲，同時對一些私吞案犯財產數額大的錦衣親軍軍官，由親軍拿捕，直接送衛尉寺嚴辦。
朱載坖的行為很清楚，就是告訴馮保和陸繹，除了廠衛之外，朱載坖還有其他的眼睛盯著他們呢，朱載坖命令嚴紹庭提督五城兵馬司，也確實由這個意思，五城兵馬司是大明在南北兩京設立的專司負責治安的機構，五城兵馬司的職能是：巡捕盜賊，疏理街道溝渠及囚犯、火禁之事。凡京城內外，各畫境而分領之，境內有游民、奸民，則逮治。若車駕親郊，則率夫里供事。
看起來五城兵馬司干的活都是一些雜活，說實話，五城兵馬司在京師各衙門中的地位也確實是不高，不是是都察院的巡城御史、順天府這樣的該管衙門，還有廠衛、兵部這樣的實權衙門，反正都能指使一下五城兵馬司，但是正是因為五城兵馬司在底層，使得他們的耳目頗為靈動，不管是京師地面上的大事小情，還是各種消息，五城兵馬司打探的速度并不比廠衛慢。
朱載坖所以將五城兵馬司劃歸嚴紹庭指揮，同時將京營、親軍諸衛中的退伍老卒安排補充進五城兵馬司里面，加強五城兵馬司的戰斗力，還撥給五城兵馬司一些軍中不用的火銃，對京師地面加以偵查，加強對于京師的控制。
朱載坖交給嚴紹庭的任務就是詳細偵查京師的各種情況，尤其通過五城兵馬司這些城狐社鼠，打探還有哪些漏網之魚，還有他們倒賣物資的路徑什么的，這些可都是朝廷的物資，他們不可能大張旗鼓的去轉運這些物資，而且這些物資不同于銀兩，他們需要將這些物資運走，賣掉之后變現。
這不是一兩個奸商就能夠辦成的事情，甚至不是京師的奸商能夠辦成的事情，肯定是內外勾結，上下游分工的一個銷贓網絡，朱載坖就是要查清楚，看看是哪些人膽子這么大，連朱載坖兜里的錢都敢動。
同時朱載坖下令給陸繹和馮保，各級涉案官員可以檢舉，檢舉一經查實，減罪一等，誣陷株連，朱載坖要借此機會，狠狠的收拾這幫官吏們，讓他們一袋米多扛幾樓，感受一下什么他媽的叫做洪武遺風。
在錦衣親軍的耐心勸說和政策攻心之下，這些官吏們紛紛交代和他們同流合污的官員，不僅有戶部管庫官員，他們甚至上下打點，連鈔關也買通了，御史更是被他們拉下水，還有順天府、太仆寺等各個衙門的官吏，均有涉及到此案的官員，朱載坖對此的態度是很明確的，查實就詔獄大酒店有請。
除此之外，嚴紹庭呈遞上來的奏報和陸繹偵查的結果也基本上是吻合的，除了太倉的官銀被盜竊、調換之外，大量朝廷的物資被盜，通過各級官員和這些奸商的運作，大量的物資從京師各個倉庫被運往了山西，下一步的去處就不言自明了。
朱載坖得報之后，當即將太子朱翊釴叫回來，同時將神機營調入京師，府軍前衛、旗手衛和羽林左衛、羽林右衛調入宮禁，加強防備，同時發內帑賞賜入衛親軍，命令鴻臚寺賞賜宿衛軍士酒肉，羽林左衛和羽林右衛視朱載坖招募的九邊殉國烈士遺孤組成的，也是朱載坖最信任的兩衛親軍，朱載坖突然將太子召回，并且加強宮禁，顯然使得很多臣子都嗅到了不一樣的空氣。
嚴紹庭和陸繹的奏報，不得不使得朱載坖重視起來，大量的物資從京師去了山西，然后到了何處去，朱載坖不用想也知道，難道這么多的布匹、絲綢，都是賣給了山西人嗎？山西又不是人人都是財主，僅僅是布匹絲綢，倒還不可怕，可怕的是出了布匹絲綢呢？還有沒有其他的東西？尤其是朝廷的禁榷的物資。</p>