朱載坖這么做的主要目的削弱巡撫、總督的軍權，加強朝廷對于邊鎮軍隊的控制能力。
按照朱載坖準備在宣大山西實行的新軍制，巡撫直接領導都指揮使，是守土有責的封疆大吏，巡撫的主要職責是守衛疆土、平息叛亂，領導布政使司、按察使司和都指揮使司推行朝廷政策，安靖地方，而總督的職責是御敵于國門之外，總督和提督的職能在這次改革中獲得了明確的劃分。
總督作為朝廷派出的欽差，主要的任務就是監督提督、總兵和都指揮使等各級軍官，核實軍籍，清查軍儲，監督提督、總兵等各級軍官按照朝廷的指令用兵，同時負責后勤保障，轉運糧秣等事情，在戰時負責整肅軍紀、核實軍功等事情，同時對于邊鎮大規模的軍事行動，總督有獨立建議權，可以通過密疏直接向皇帝建議。
同時對于和戰問題還有邊鎮臨時出現的來不及請示的戰事，總督有專斷之權，提督必須接受總督的方略，但是提督才是本轄區最高軍事長官，獨立行使指揮權，總督只能參劾但是不能越過提督指揮總兵，臨敵應變是提督、總兵的權柄，與巡撫、總督無涉，同時提督還有直接向皇帝上密疏的權力，提督、總兵主要是接受練兵軍務處的指揮而非是總督和巡撫的指揮。
這點是朱載坖早就要做的，也就是朱載坖一直提的重將權，將行政權力和軍事權力分開，巡撫負有守土之責，而總督更多的是對地方行政的監督，同時保障大軍后勤，監督大軍行動，作為朝廷的欽差，核實軍籍、軍功，與提督一道制定作戰方略。
而提督則是作為朝廷派駐一個地域的軍事長官，領帶下轄的所有總兵和都指揮使，對于轄區的安全負有責任，朱載坖給總兵、提督的責任是詳查敵情，先敵而動，御敵于國門之外，殲敵于曠野之間。同時明確各級軍官的任免權限，一棚的小旗官由游擊將軍負責任命，報兵部備案即可，一排總旗官由游擊將軍報參將批準之后，向兵部報備即可。
而一隊的百戶官，則要由參將上報副將，經總兵官審核之后，由總督和提督向兵部報備，一營的千戶，則由總兵官提請提督、總督審核之后，報兵部批準，而千戶以上軍官，由提督、總督向兵部提交名單，由兵部向練兵軍務處提報，經朱載坖御批之后，方可任命，對于軍官的任免權，要牢牢的控制在朝廷手中，決不能假手他人，杜絕藩鎮之弊。
朱載坖命令練兵軍務處將這個山西三鎮整軍方略以密旨的形式下達給山西三鎮的總督、巡撫總兵和提督，聽取他們的意見，他們認為騎兵還是也要以協為單位，一標騎兵還是太少了，同時他們的認為將大量的邊堡士卒劃給了都指揮使司之后，都指揮使司和巡撫也要組建自己的機兵，用以邊堡之間的互相呼應和鎮壓盜賊和各種反叛活動。
總之，要是實行新軍制之后，三鎮官軍主要就是野戰官軍，而地方都指揮使司則是負責邊堡的防御和內衛事宜，和地方的關系更加緊密，直接受總督、巡撫的指揮和五軍都督府的管理，而三鎮官軍則是更多的野戰和出塞迎敵。
按照山西官員們的建議，朱載坖再次和練兵軍務處的參贊軍務大臣還有部院大臣商量了之后，認為確實應該增加各都司的機兵，以應對地方可能出現的各種的情況，因為在實行新軍制之后，三鎮官軍是基本不會參與地方事務，直接接受朝廷指揮了，所以在朱載坖和練兵軍務處的參贊軍務大臣們商量之后，決定以山西都司、山西行都司、萬全都司所轄的三十余衛，除了在邊堡之外，還要整編出四協機兵。
一協駐太原，兼巡撫標營，負責協防太原，彈壓山西全境，一協駐老營堡，負責支援從河曲到磨兒山的邊堡，一協駐陽和，負責從威遠衛到鎮虜衛的邊堡，一協駐宣府鎮，負責從懷安衛到萬全右衛的邊堡，同時編練精騎一協，駐太原，有巡撫直接掌握。
這樣一來，駐防沿邊堡壘和各都司的機兵一共是十萬七千余人，他們主要負責守衛邊堡，彈壓叛亂。
而三鎮官軍則是統一整編為十五個步騎炮協和五個騎兵協，一共十一萬二千五百人，再加上專門給這三鎮大軍增加的輜重營等，總計人數為十二萬七千五百人，其中精騎二萬五千余，計劃裝備火炮一千余門，隆慶十年式燧發火銃六萬余支。
整編之后的宣大山西三鎮官軍加上三都司官軍，一共是二十三萬四千五百人，比之原本的宣大山西三鎮，還是瘦身了不少，根據之前的清查，山西鎮實有軍士五萬五千二百九十五人，宣府鎮是十五萬一千四百五十二人，大同鎮是十三萬五千七百七十八人。
根據這個新的編制計劃，可以裁減軍額十萬八千二十五人，瘦身的比例不可謂不低啊，朱載坖這樣做，就是將官軍的空餉和水分給擠出來，同時裁汰一些老弱病殘的士卒，而這些被裁汰的士卒，也要安置在山西的各衙門和巡檢司中，加強朝廷對于地方惡控制。
根據馬芳等人的回報，三鎮官軍中的空餉仍舊存在，大概在一到兩成成左右，朱載坖這次就是要將這協空餉的水分妃擠出來，朱載坖派遣清軍御史、衛尉寺評事，在欽差的監督下，測試士卒，要達到朝廷設置的標準才能留下在三鎮官軍中。
因為減少了軍額，朱載坖還要在山西諸鎮實行新的軍餉制度，簡而言之就是加工資，將原本大明一直實行的月糧行糧制度改為軍餉加實物供給制度。
大明原本都是實行的月糧和行糧制度，平時月糧，戰時支給行糧，主要是實物軍餉，這對于朝廷和士卒來說，都是很不方便的，朝廷苦于轉運，士卒苦于克扣，都很痛苦。</p>