既然任命了經略和提督，朱載坖于是召集閣部重臣、參贊軍務大臣和此次出征倭國的文武將帥一道，商量方略。
朱載坖這次召集臣子們，主要是商量征倭的方略，同時也讓太子朱翊釴一道參與到軍國大事的君策中來，朱載坖選擇的這些人，徐渭、吳惟忠、李言恭都是熟悉倭情的人，李如松也是朱載坖著力培養的下一代大將，朱載坖今日就是想聽聽他們對于此次作戰的看法。
首先發表意見的是經略徐渭，這位對于倭人可謂是十分的了解了，徐渭向朱載坖和重臣們介紹了自己的想法，他認為，這次要分為兩個目的，第一是奪取并且占有佐渡島，第二就是駐軍越后，然后控制上杉景虎。
徐渭毫不掩飾自己的想法，他說道：“陛下，殿下，倭國雖然貧瘠，但是所產金銀、銅料、硫磺，皆我大明之所必須也，天予不取，反受其咎，此天賜之機，豈可輕縱？且倭人謀犯中華非一世也，當先發制人，永絕后患，勿遺后世之禍也！”
朱載坖對于徐渭的話深以為然，小矮子長得丑但是想得美，現在倭國大亂，正是大明介入的好時機，朱載坖讓徐渭詳細介紹自己的方略，徐渭的看法是先去佐渡島，作為大明介入倭國事務的跳板，然后在駐軍越后，介入倭國事務，將佐渡島納入大明的管轄之內。
對于應該怎么在佐渡島上建立大明的統治，徐渭的方式是很簡單粗暴的，徐渭建議，將島上的所有倭國領主、武士等全部誅殺，不留后患，只留下島上的百姓，同時將島上的耕地直接分給百姓們耕種，照大明律法起科就行了，然后從大明遷移百姓和衛所軍士，分給土地耕種。
因為徐渭很了解倭國的賦稅制度，和倭國比起來，大明的地主都算有良心的，倭國基本上沒有自耕農，所有的田地都屬于各級的貴族，而他們是怎么征稅的呢？一般來說，倭國實行三公二民的征收辦法，也就是農民要將自己土地產出的五分之三上繳作為賦稅，同時還要承擔各種徭役和其他雜稅，而且由于現在倭國出于混戰之中，各大名混戰，為了維持龐大的軍隊，更加要對手下的百姓橫征暴斂了。
由于對農民的征稅是按照各個大名自行制定的標準來的,七公三民,也就是繳納七成的收獲物在倭國也不算什么稀奇的事情，而且倭國的苛捐雜稅比之大明是一點也不少，比如段錢，領主行事及寺社營造用、以石高計，一般征收十分之一的收獲物，還有棟別錢，就是修城、筑居用、以屋脊數計算。通常每間50～100文，一些窮兵黷武的大名甚至征收到200文一間，還有徭役、兵役等。
徐渭認為，要想使得大明迅速將佐渡島控制起來，對于這些倭國的什么貴族、武士、僧人等，只有一個辦法，就是殺，殺干凈之后將土地分配給島上的百姓，計丁授田，同時從大明遷來軍戶，設置衛所、學校等，對島上的百姓加以同化，沒有這些舊貴族、武士的帶頭，就沒人組織反抗大明，同時下層的百姓都得到了實惠，自然不會反抗大明，這樣可以使得大明最快在佐渡島建立起穩定的統治。
將佐渡島作為大明征討倭國的跳板，徐渭的方略就是速定佐渡島，緩進越后，先讓上杉景虎和上杉景勝拼一下，消耗掉他的實力，大明官軍再出手，可以最大程度的控制住上杉景虎，將其作為大明的傀儡，對于徐渭的這個方略，朱載坖認為還是可行的。
朱載坖的看法就是朝廷對于倭國的經略不能急，因為現在朝廷不會在倭國方向投入大量的資源，還有就是戰略目標要清楚，占領倭國并不是一個好辦法，倭國值錢的就是他的金銀銅等礦產資源，大明要的這些東西，而不是為了去將倭國占領，朱載坖沒這個興趣干這個事情，只需要控制一些關鍵的地方就行了。
朱載坖認為徐渭的這個方略相對是比較穩妥的，官軍的穩扎穩打，緩步推進，同時投入也要收獲回報，不能無限制的投入下去，否則的話朝廷是吃不消長期在海外大規模駐軍的開支的。
除了方略之外，徐渭和吳惟忠等人還商量了具體的行軍計劃，水陸并進，水師先行，官軍步卒、騎兵從大明出發，趕赴朝鮮，從朝鮮奔赴佐渡島，同時朝廷水師和王直的船隊先行一步，首先控制對馬海峽制海權，然后轉運糧秣到朝鮮囤積，官軍大軍從朝鮮出發，第一批由五千步卒組成，吳惟忠親自指揮，目的是奪取兵占有佐渡島，然后再以佐渡島為攻擊出發陣地，將官軍大軍和所需的糧秣給養從朝鮮轉運到佐渡島，然后再發兵越后。
對于徐渭和吳惟忠所擬定的計劃，重臣們都沒有什么意見，朱載坖也表示同意，朝廷已經傳令朝鮮，為官軍營建倉庫，方便官軍征討倭國，這次是大明首度以水師為主的跨海作戰，不僅官軍的水師、王直的船隊要參與進來，為了轉運大軍以及隨軍的戰馬、糧秣、軍器等物，朝廷還要雇傭大量的民間海船為朝廷服務，所以朱載坖將上杉景虎進貢來的金三萬兩，銀三十五萬兩拿出來，鑄成銀錢共七十二萬，充作軍費。
同時官軍也不能閑著，在倭國作戰，要進行針對性的訓練，戚繼光、俞大猷等人要對赴倭作戰的官軍進行臨戰訓練，戚繼光主要負責陣法，以鴛鴦陣、三才陣等為主，而俞大猷則主要負責官軍的單兵武藝，針對倭軍的特點，有目的的進行訓練。
還有甲胄、強弩、燧發火銃等軍器的裝備，這次官軍不但攜帶正常裝備的三斤、四斤、六斤火炮，天津鑄炮廠的最新力作，十二斤青銅炮爺攜行十二門，給倭國矮子們長長見識，這也是官軍能夠攜帶的最重的火炮了。</p>