對于徐渭取得的戰果，大明重臣們都有些震驚，在他們的心目中，倭國不過彈丸小國，肯定是窮困不堪，否則也不會這么窮兇極惡的到大明來劫掠了。
沒想到倭國雖然偏在一隅，但是富有金銀，這點是群臣們沒有想到了，大明打了這么多年仗，終于看到回頭錢了，對于大明來說，這還真是頭一回，以往大明用兵，不管勝敗，朝廷都是要窮搜府庫以支應大軍，沒想到征討倭國還能夠掙這么多銀子，尤其是黃金，在大明可是十分之貴重的。
面對徐渭的奏請，朝堂上的爭論還是存在的，徐渭要求最少增兵一萬，對于增兵倭國，其實大明的臣子們還是沒有什么意見了，畢竟倭國能夠給大明帶來這么多的金銀，很多臣子們都認為，必須派兵將這些金銀礦控制住，這點在大明朝廷還是沒有什么意見了，沒人和金銀過不去，尤其是這么大量的金銀。
但是有不少臣子認為，倭國和大明距離遙遠，徐渭率兵在外，有控制著這么多的金銀礦，必須予以嚴厲的控制，以防出現藩鎮割據的問題，這點得到了很多臣子們的同意，首輔李春芳也上疏，要求控制徐渭，而且李春芳的想法更加具體。
李春芳在密疏中認為，現在看來，大明是要長期在倭國駐軍了，而經略并非是一個長期職務，現在既然已經確定朝廷要在倭國長期駐軍，那么對于朝廷來說，就應該設立長期的管理機構，還有與之相配套的監管衙門，軍鎮等機關，加強監察，以保證朝廷對于倭國的控制。
李春芳建議，在倭國設立都護府或者都督府，同時對駐倭官軍實施更戍法，加以輪換，防止出現藩鎮的可能性，這點還是得到了朱載坖的支持，雖然朱載坖很信任徐渭，但是必須要在制度上形成防范，防止真的出現藩鎮。
經過內閣和部院的商量，決定效仿前唐，設立安東都護府，安東都護兼任經略朝鮮、倭國軍務事，以兵部尚書兼右都御史領安東都護兼經略朝鮮、倭國軍務事，下設兩位副都護，分別是提督備倭軍務和提督備倭水師軍務事，分管水陸兩軍，還有安東都護府長史，秩正三品，和內地布政使的職權一致。
同時，由都察院專門派出御史，分別負責清軍、記功、巡按等事情。
同時安東都護府的后勤保障有朝廷專門派員負責，要設立駐朝大臣，以禮部右侍郎兼戶部右侍郎擔任，負責從朝鮮、天津等處通過海路補給安東都護府，并且負責和朝鮮交涉。
根據廷議的結果，安東都護府下轄陸軍二萬五千余，分別屯駐于佐渡島、越后、信濃、甲斐等處，安東都護府駐節佐渡島。
同時在安東都護實行更戍法，安東都護的駐軍以三年為期，三年輪換一次，防止出現藩鎮割據的情形，同時還要派遣錦衣親軍等也駐安東都護府。
至于徐渭要求的援兵，從親軍諸衛中抽調一衛，再從班操京軍中挑選五千人，前往倭國，凡是鎮守倭國的，軍餉翻倍，內承運庫加五兩賞銀，以壯行色。
而對于上杉景虎、武田勝賴等人，大明群臣商量之后認為，可以答應武田勝賴的要求，但是必須控制甲斐和信濃的金礦，同時對于這些倭酋，也要加以防范，要求這些倭酋提供安東都護府的糧秣，減少朝廷轉運的壓力。
至于徐渭和越后、甲斐簽訂的條約，要大明幫助甲斐、越后訓練軍隊的事情，大臣們經過商討之后，認為是可以的，但是甲斐、越后的軍隊不能對大明造成威脅，這點由練兵軍務處的參贊軍務大臣們負責解決。
朱載坖于是召開軍務會議，商討對于倭國的軍事援助問題，大明是需要武裝甲斐和越后，但是倭人都是些豺狼，絕對是要加以防范的，不能養虎為患，這點戚繼光、俞大猷等人都是深有體會，經過參贊軍務大臣們的會商，認為戰馬、火銃、火藥、火炮等軍器和技術是絕對不能交給倭人的。
還有甲胄等，也是不能賣給倭人，倭國軍隊不能擁有火炮等軍器，只能有各種冷兵器，不向倭人傳授任何有關騎兵和對抗騎兵的戰術，不準倭人組建騎兵，所需要的武器，由大明朝廷統一生產之后轉運到倭國，至于價格，由安東都護根據倭國的實際情況予以確定，還有就是人數問題。
經過商量之后，練兵軍務處認為，越后準練五千之兵，甲斐由于四面臨敵，同時還要控制信濃等地，準練兵一萬。
而后朱載坖和駐朝廷的少府少卿王直商討了一下，向倭國傾銷大明的各種商品，同時命令王直和徐渭商量，還要和甲斐、越后簽訂貿易條約，規定大明貨物輸往甲斐、越后，關稅值百抽五，大明需要的貨物要求上杉景虎和武田勝賴禁榷之后專供大明，由大明直接給甲斐、越后銀錢或者等值的物資，同時要求在甲斐和越后通行大明銀錢和制錢。
而在大明商討怎么解決甲斐和越后之事時，大明在倭國的舉動已經震撼了整個倭國，尤其是現在名義上倭國的強人織田信長，這廝一向以天下布武為志向，沒想到這次大明悍然出兵越后，并且以雷霆之勢控制了甲斐和越后兩國，使得織田信長如鯁在喉，極為不爽。
尤其是武田勝賴，織田信長原本是必欲置之于死地的，正準備和德川家康聯手將其除掉，沒想到武田勝賴參與越后之事被大明擊敗之后，轉頭就投靠了大明，現在大明在甲斐和越后兩地駐軍，使得織田信長必須慎重了，這個時候一旦再討伐武田勝賴，就是直接和大明開戰了。
據在倭國流傳的消息，大明軍中裝備有威力巨大的國崩，還有比蒙古人還厲害的騎兵，這些都使得織田信長不敢輕舉妄動，并且派出自己的親信丹羽長秀前往越后，面見大明的經略徐渭，查看大明官軍的虛實。
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