對于這些事情，大明并非毫不知情，只有有些時候迫于各種情況，選擇暫時穩定下來罷了。如足利義滿時期，當時大明剛剛靖難，需要這些番邦的承認來彰顯成祖的合法性，所以成祖在明明知道足利義滿并非倭國國王的情況下，還是將其冊封為倭國國王。
但是倭國的這一態度使得他對于大明的政策可以相對比較靈活，足利義滿死后，其子就不承認和大明的宗藩關系了，其給大明解釋則是“本國開辟以來，百事皆聽諸神”、“靈神托人謂曰：我國自古不向外國稱臣”，并且聲稱要改變義滿的外交政策，“今后無受外國使命，因垂戒子孫，固守勿墜”。
可見倭人之陰險狡詐，所以這次朱載坖趁倭國處于內亂之中和徐渭已經在倭國穩定下來，向倭國派遣使臣，就是想要將倭國和大明的宗藩、君臣關系確定下來，不是和倭國的什么將軍、關白，而是要和倭國的朝廷、天皇，不僅僅是倭國要向大明稱臣，倭國所謂的偽天皇必須自去僭號，向大明稱臣，這才是朱載坖所要。
只有這樣，才能夠把宗藩、君臣關系給穩定的固定下來，使倭國成為大明的家犬而不是到處亂跑的野狗。
在得到倭國朝廷的回復之后，徐渭趕緊連同自己請求調集軍戶充實安東衛、安東前衛的奏疏一道呈遞的京師去了。
在大明京師，歷經了近兩個月的轉運之后，從倭國回來的第一批金銀已經抵達天津港，朱載坖立馬派出錦衣親軍前往護送，直接解運到內承運庫去，白銀送少府監鑄造銀錢，黃金在內廷鑄造成金條，送內承運庫作為壓庫之用。
戶部尚書鄢懋卿隨即上疏，稱現在戶部老庫壓庫銀錢僅有二百萬元，請求朱載坖從內承運庫向太倉銀庫調撥壓庫的銀錢和黃金，最好達到五百萬元比較好，朱載坖認為鄢懋卿要的太多了，五百萬實在是太多了，經過和鄢懋卿以及內閣的一番拉扯，朱載坖決定，從內承運庫發銀錢一百萬元，充實太倉老庫，同時這次從倭國運回來的白銀在鑄造銀錢之后，也直接調撥給太倉支用。
有了這些金銀，朱載坖的底氣當然是足了不少，在和戶部商量之后，增加朝廷在水利工程和倉儲建設上的投資，加快建設各級常平倉和備荒倉，以提高大明抵御災荒的能力，同時在河南、陜西、寧夏、山西等地增加水利的投資，興建各種灌溉水渠，提高寧夏的糧食產量。
收儲大量的糧食，保證糧食價格相對穩定，軍儲充足，同時推廣大明的醫療體系，在京師和南京的醫院基礎上，擴大兩京太醫院招收醫學生員的規模，在南直隸的蘇松常鎮四府，北直隸的河間、保定、天津、真定四府也開設醫院，以優惠的價格保障百姓的身體，進行防疫研究。
為了體現朱載坖對于醫學的重視，朱載坖下詔，仿前宋之制，升太醫院為翰林醫官院，太醫院使也升為翰林醫官使，秩正三品，與軍器監平級。
而倭國朝廷的回復奏疏和徐渭的奏疏也抵達了京師，對于倭國朝廷的回復奏疏，朱載坖御批了四個字，避重就輕，倭國朝廷的這份奏疏，看似態度溫順，向盜賣那個低頭認錯，但是對于大明所關心的問題，實則是避而不談，他雖然在極力解釋倭國偽天皇名號的來源，聲稱是倭國一直以來相沿承襲的稱號，但是對于應該怎么解決這個問題，倭國朝廷是采取了避而不談的態度，這就令朱載坖極為憤怒了。
朱載坖將倭國的奏疏和徐渭的奏疏都下部議，同時要求翰林院批駁倭國朝廷的奏疏，尤其是其有關僭越的事情，一定要坐實其僭越。
很快翰林院就回奏朱載坖，翰林院經過詳細的考證之后，證明了倭國所謂最早出現天皇稱謂的天武天皇制定的《飛鳥凈御原令》實際是是在唐高宗天皇大圣大弘孝皇帝咸亨四年所發布了，可見倭國分明就是僭越，絕不是所謂倭國自古以來的稱號，而是其有意僭越唐高宗的稱號。
朱載坖將翰林院的結論也下部議，同時召集部院大臣、參贊軍務大臣等一道商量有關倭國的事情，對于徐渭的奏疏，大臣們都表示要盡快安排，畢竟佐渡島上有數以千萬兩計的金銀，必須要迅速予以開發，以解大明朝廷的財政問題。
但是要遷移大量的百姓，還有保障他們的生產，同時還要增調援軍，轉運糧秣、軍械等事，對于大明現在的海運能力來說，實在是太過于困難了，雖然朝廷已經緊急命令各個船廠為朝廷生產大型運輸船，但是現在朝廷的運力仍然是非常緊張的，大量的官軍還在朝鮮等待運往倭國呢。
還有組建倭國新軍所需的軍械，駐倭官軍的糧秣后勤等等，肯定都是最優先的事情，所以總理海軍衙門大臣順寧侯俞大猷上奏，現在官軍運力不足，在保證援軍和所需的各種物資轉運之后，今年能夠完成將一千五百戶的軍戶轉運到佐渡島上去，剩余的準備來年再轉運。
朱載坖要求再次雇傭民間船只，加大轉運安東衛和安東前衛的軍戶們，加強對于佐渡島的控制，盡快大規模的開發佐渡島的金銀礦。
而對于倭國朝廷的奏疏，朱載坖直接說道：“朕聞天子之職莫大于禮，禮莫大于分，分莫大于名。何謂禮？紀綱是也。何謂分？君、臣是也。何謂名？公、侯、卿、大夫是也。倭王僭越，實不可忍，是使大明無動于衷，綱紀何在？法度何在？”
對于朱載坖的憤怒，大將們都表示要增加援兵，討伐不臣，倭國都敢僭越天子名號了，形同謀逆，不能坐視不管。
而內閣和部院則是建議朱載坖還是先采取外交手段，不要急于動兵，畢竟現在朝廷在倭國的兵力不足，要先控制甲斐、越后，把這些地方的金銀礦先拿到手，然后再對倭國用兵不遲。
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