對于滿朝紛紛的討論，朱載坖并沒有立即作出決定，而是召集了內閣輔臣、戶部尚書鄢懋卿、戶部尚書總督倉場王國光、兵部尚書汪道昆、工部尚書嚴世蕃，一道商量有關漕運的問題。
朱載坖首先讓臣子們闡述一些漕運現在所存在各種弊端，對于漕運存在弊端，各位閣部重臣都從自己的角度闡述了漕運的弊端，鄢懋卿、王國光主要是認為漕運的成本太高，一石米從東南運到京師，所花的費用已經是四石了，而海運四百萬石米，加上損耗和可能出現的事故，運費不過一百六十萬石，遠遠低于漕運的費用。
而兵部尚書汪道昆則是認為為了維持漕運，朝廷不得已每年投入大量的軍隊人力，還負責保障漕運，除了十余萬的運軍是直接用在漕運身上的之外，還有為了保障運河而設置的各種雜役，這些絕大部分都要由沿途的衛所來負責，對于沿途的衛所來說，已經是形成了一個非常沉重的負擔。
同時汪道昆還說明了另外一個問題，就是運河上的事故問題，運河上行船,要用纖繩拉拽。過閘時耽擱很久,閘的出、入口經常有船只傾翻,水手們很少能幸免于難，如在淮安的天妃閘，就經常出現各種事故。同時使得這些河道的上面的纖夫可以隨意勒索運軍。
在漕船聚集的時候，由于天妃閘的纖夫、閘夫們均是熟知水性的陳年地棍,開閘閉閘,一舉手就能決定人船的生死存亡。因此,從天妃閘經過,即便是官方漕船也要按石交銀,每石8厘至1分。
汪道昆說道：“陛下，閘夫勒索運軍，已成陋規，彼輩稍不遂意,絞關左右,繩纜松緊,閘棍略顯神通,磕撞立時粉碎。漕糧、白糧,每年每幫定損數只。水手搶救,剝船撈運,盡是閘棍一黨,獲利更多。而軍民之性命身家,遂斷送于此矣。”
由此還引申出來另一個嚴重的問題的，就是所謂的漕幫，天順四年定例，定漕船11770艘,官軍12萬人，用于運送漕糧，但是這些運軍在常年的運送漕糧的過程中形成了大大小小的漕幫一百多個，這些漕幫為害運河，形同劫匪，不僅沿途的商人百姓頗受其害，就是為朝廷運送漕糧的運軍也要受其挾制，向他們繳納保護費，稍不注意，他們就明火執仗、公然搶劫，運丁越法,多因貧窮不堪,人數眾多,成分復雜,魚目混珠。
而這些漕幫所謂的老大，被稱為好老，這個詞在蘇松等地的俚語中可不是什么好詞，他們結交官場,勾結匪類,使自己成為兼通官、匪兩道的“好老”，在朝廷嚴厲整頓鹽政之后，大明仍舊存在大量的私鹽，這些私鹽從哪里來的，絕大部分都是通過這些好老們用朝廷的漕船轉運的。
嚴世蕃對此總結的很到位，他說道：“陛下，自京、通視之,則運軍為魚肉;自州縣視之,則運軍為刀俎。漕船行二千余里之運河,層層有費,丁不得不索之官,官不得不索之民,致官與丁相持,民與官相持,已成百年痼疾。”
除了這些陋規之外，嚴世蕃還提出了一個問題，就是漕船的制造占用了朝廷大量船廠的生產能力，影響了水師戰艦的制造，現在大明不管是官方還是民間都急需大量的海船，水師更是需要大量的戰艦，尤其是主力艦，但是朝廷的官營船廠不僅僅要承擔為朝廷水師制造戰艦的職能，每年還有為漕運修造大量的漕船，這些都嚴重擠占了戰艦的產能，影響了朱載坖擴充水師的計劃。
漕運的弊端臣子們已經是說的很清楚了，不過漕運的干系實在是太大了，即便是朱載坖也不得不謹慎對待，對于大明來說，漕運弊端已經到了必須解決的地步了，朱載坖命令內閣和相關的部院討論改進漕運的辦法，朱載坖明確支持對于漕運進行改革。
朱載坖很清楚，改革漕運必然會得罪一大批人的利益，而對于這些從漕運中會獲取利益的人來說，他們肯定會瘋狂反撲，以此來要挾朝廷的，對于這點，朱載坖是很清楚的，朱載坖也有所準備。
朝廷要對漕運進行改革的風聲迅速從京師傳到了東南，對于東南的士紳百姓們來說，他們當然是對漕運苦之久矣，現在朝廷終于決定要對漕運進行改革了，他們當然是極為高興了，不僅僅是東南的百姓士紳，連東南的地方官也紛紛要上疏，請求朝廷從速改革，速定章程。
在朝中的東南出身的官員也迅速行動起來，紛紛上疏催促朝廷盡快定下漕運改革的方向，同時對于漕運的弊端也紛紛上疏指責，他們主要提出來的是漕運對于沿途百姓的傷害，以纖夫為例，他們在奏疏中稱：“一日就役,則其家一日無從覓食矣。一月就役,則其家一月無從覓食矣。纖夫之苦,傷心慘目,數日前預閉一室,其疲且餒己八九分。及至上纖,而些微裹糧旋為兵廝奪去矣。急以趕纖錢奉上,庶可免于捶楚,否則,刀背鞭稍拉雜而下。夫其枵腹而往,枵腹而回,兩日間約有二百里之程,疾驅其后者,如雷電風火之不可以少息也。且又在積疲積餒之后,是以一番兵過,纖夫死者累累。”
雖然東南積極支持朝廷對于朝廷的改革，但是以總督漕運衙門和山東等地的地方官府的堅決反對朝廷對于漕運的改革，他們認為漕運是干系到朝廷的大事，對于朝廷來說肯定是極為重要的，而且現在的漕運辦法乃是祖宗所定，輕易不能夠更改的，不管怎么說，漕運是能夠保證漕糧順利抵達京通倉的。
為此，朱載坖召開大朝會，命在京四品以上官員參與，各抒己見，放狗出籠，這些官員們痛切陳詞，或者支持對于漕運的改革，痛陳漕運的弊端，或者闡述漕運的重要性，認為祖宗之法不能輕易變動。
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