在朱載坖的支持下，張居正以漕運為抓手，開啟了改革的大幕。
同時張居正還奏請朱載坖，提前舉行大計，而且張居正這次奏請的大計和以往的大計是有所針對的，張居正向朱載坖詳細陳述了自己的策略，張居正這次奏請的大計，是專門對于大明各布政使司的賬目進行清查，厘清布政使司的詳細開支，同時對于大明的財政進行第一步的改革。
張居正認為，以往大明的財政收支過于籠統，大明的賦稅，由地方州縣征收而來，除了由朝廷直接管理的海關、鹽稅、鈔關等收入之外，其余地方的田賦、各種土產、上供等，都是由州縣解運至太倉，這部分被稱為起運錢糧，而剩余的留在地方供地方官府日常開支的，被稱為留存錢糧，是固定比例的，三成留存，七成起運。
這樣顯然是不合理，存留是指一部分賦稅留于地方，用作常規支出。該項錢糧分別儲存于司、府、州縣、衛所倉庫。用于地方官府的日常開支，而這也就是造成地方官府困頓的一個主要原因。
朝廷將將大部分賦稅定為起運，并且不許拖欠，其支出也由戶部親自把關，而地方官府能夠支配的錢糧就極為有限了，而朝廷對于地方官府也大部分時候處于一種被嚴厲控制的情況下。
這些留存錢糧，由司、府、州、縣長官具體主管。此外，賑濟、營建、水利等非常規支出，若動支存留錢糧要事先請示朝廷，地方官府不得擅支。存留雖用于地方支出，但朝廷也實行必要的控制。常規支出要按朝廷的規定進行非常規支出則事先奏請，事后層層報戶部，接受審核。
朝廷對于地方官府控制的太嚴、太死，直接導致的后果就是地方官府采取種種手段，增加額外收入，加派，甚至于橫征暴斂，從百姓手上刮地皮，搞上有政策，下有對策那一套嘛，被稱為羨余引，這是地方官府獨立支配的小金庫，是各地起運以外的、諸項收人用于常規支出后的結余，主要是正額稅外的賦斂。
朝廷對于這些收入的來源、去處，其實是很難掌握的，據左都御史海瑞、總督倉場戶部尚書王國光等人的奏報，地方官府的羨余來源主要有幾個部分構成。
其一，存留田賦加耗。地方官府為了保證起運錢糧能夠足數交解到戶部，在朝廷的正項賦稅之外，還會增加一部分額外的賦稅，稱之為加耗，名義上是為了運輸這些錢糧而征收的運輸，實則是地方官府的斂財之道，遠多于儲、運之損耗。甚至比朝廷的正項賦稅都要高出很多。
其二，就是贓罰銀，也就是地方官府在審理案件過程中，依照大明律可以贖刑的，予以收納錢糧贖刑，但是實際上官吏們往往借由案件，敲詐勒索，贓罰之征雖有法律上的規定，事實上地方官往往多征。
其三就是地方的商稅，這個也是屬于朝廷默許的范圍。
其四，就是徭役折色之后的羨余銀，現在徭役多征銀差，在雇役之后都有剩余，稱搖羨銀，數目頗為可觀此外各種“無名之征”也是在搖役的旗號下進行的，一縣之中，僅里甲歲節供應一項動輒幾千百計也。
其五，各種的其他雜項收支。
這些所謂的羨余銀，是地方官府開支的主要來源了，這些銀子收多少，怎么收，怎么用，很大程度上取決于州縣官員的良心，平時朝廷是很難予以監察的，司、府、州、縣官員往往以羨余銀討好監察官員，或者干脆予以貪污。
據左都御史海瑞的奏報，僅僅這兩年以來，經審計或者巡按御史參劾查實的州縣官員貪污羨余銀的案子就達數十起，官員以羨余銀兩養家、中飽私囊已是司空見慣。其貪污的方式很多，諸如入京時捎當輸之稅利其羨，有的府不下數百兩上下瓜分，如饒州府可供瓜分的銀兩歲不下數千金，上海縣令每年可收受數百金、卸任之際將贓罰銀席卷一空，還有接受庫吏饋送等。
羨余銀已經成為了州縣官員貪污的重點，所以張居正上疏請求大計，就是要將州縣的羨余銀也納入朝廷的管理之中，杜絕貪墨和橫征暴斂，同時對于朝廷的起運和留存實施動態管理，不再粗暴的進行三七分了。
張居正的辦法是，以省為單位，將通省來年的開支表列計劃，如官吏俸祿、兵馬錢糧等固定開支，還有要興修水利、道路等非固定開支，都要編列計劃，在年底上報戶部，經批準之后以通省實際開支，作為留存錢糧，剩余的一概予以起運。
同時對于地方的羨余銀，也全部納入藩庫之中，接受戶部和都察院的審計，納入朝廷的收入中來，尤其是對于加耗，不再有地方官府隨意確定，而是有朝廷查路程之遠近、損耗之多少，予以確定，不準隨意加耗，加耗一旦確定，要更改必須上報戶部批準，如果再有法外加征的，一律嚴懲。
張居正之所以決定今年舉行大計，一來是摸清楚地方州縣的固定開支有多少，另一方面是將地方的羨余銀予以審計，將多余的準備解運太倉，為推行耗羨歸公和地方預算創造條件。
張居正在奏疏中認為，隆慶十三年年底大計摸底，十四年預備執行，州縣官吏熟悉相關的預算編列，十五年正式施行，下至于縣、鄉、里，上至于府、道、省，都要編列詳細的預算，各級官府每年要干什么事情，都要說清楚，你編列了預算，朝廷就要考成，沒有完成的，就要接受處罰，以此督促各級官員實心用事。
張居正認為，考成法、耗羨歸公法、地方預算法三法推行之后，不僅僅可以刷新吏治，整頓地方官府，還可以使得朝廷財政收入增加，各種重大工程有序推行，不管是地方的興修水利還是道路橋梁、倉儲設施等，都是要納入考成的。
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