朱載坖的詔書下達后，嚴世蕃以最快的速度南下去處理此事，臨行之前，朱載坖單獨召對了嚴世蕃。
朱載坖問道：“德球此去，可有什么方略？”
嚴世蕃說道：“臣惟陛下命！”
朱載坖對嚴世蕃說道：“卿既有王命旗牌，就當為朕橫掃魑隗魍魎，以靖天下！”
嚴世蕃趕緊領旨說道：“臣謹領圣諭！”
隨后，朱載坖發布上諭，對于漕運以及東南方面大員予以嚴厲斥責：漕渠乃國之要害，漕運乃國之要務，爾等敷衍塞責，以至于奸人亂法，不能盡行緝拿，漕船傾覆，倉庾失火，爾輩豈能高臥？朕特遣欽差，前往查察要案，若仍抗拒天威，怙惡不悛者，朕必戮其三族，以彰國法！
朱載坖首先嚴厲震懾東南和漕運的官員們，隨后在和勞堪的密疏批答之中，朱載坖一方面對于勞堪失誤導致大量證人被滅口的事情予以嚴厲斥責，這確實是極大的疏漏，明明這些水次倉官員也是屬于漕運系統內部的官員，這些糧長豪強們既然會將這些水次倉的官吏們都買通，難道就不會將勞堪漕運總督衙署的官吏們予以收買？勞堪不管是出于什么原因，這都是造成了重大的失誤，使得朝廷在處理此事上極為被動，朱載坖對此極為不滿，對于勞堪進行的嚴厲的斥責。
但是勞堪敢于對這些官員們動刑這點，朱載坖反而是很贊賞的，雖然現在科道因為此事瘋狂彈劾勞堪，但是朱載坖在御批中反而說道：“非常之事，必有非常之法，卿不必拘束，務使元兇就擒，其余細枝末節之事，不必太過紛擾。”朱載坖的態度已經是非常之明確了，就是對于勞堪動刑一事予以默許，甚至是鼓勵，只要能夠盡快破案，用刑什么都不是問題，朱載坖很清楚，以勞堪的個性，對朝廷命官尚且敢于動刑，對于那些士紳豪強們就更加不會手軟了，現在朱載坖就是需要這樣的酷吏來幫朱載坖鎮壓這些豪強。
得到了朱載坖御批的勞堪當然明白了朱載坖的意思，同時張居正也通過書信告知勞堪，朱載坖對于這幫東南的糧長已經是忍無可忍了，這次是決心收拾這些人了，勞堪要充分體會圣意，好好給朱載坖當刀，才能夠得到重用。
而有關科道對于此事的議論，朱載坖一律留中不發，同時應勞堪、張學顏等人的要求，朱載坖命令南京錦衣親軍配合欽差辦案，現在勞堪已經不敢再信任這些當地的官吏了，勞堪命令將這些涉嫌滅口的漕運總督衙署官吏全部押解到南京錦衣衛的詔獄中羈押起來，要是在南京錦衣親軍的詔獄中還出了事情的話，那就別怪朱載坖動怒了，朱載坖為此還專門給南京守備豐城侯李儒下旨，要他嚴密南京城防，同時命令陸繹給南京錦衣親軍下令要嚴密看押這些欽犯，要是出了什么差錯，涉事官校一律流放緬甸。
而奉朱載坖上諭的欽差浙直觀察使嚴世蕃抵達南京之后，首先去拜會了督師南京大學士呂調陽，這位大學士相對比較溫和，不似張居正和殷士儋在南京的時候，督促實施朝廷法令，絕對不留情面，他是有些和光同塵的，但是眼下出了這么大的事情，作為朝廷派駐的督師大學士，呂調陽的壓力也很大，已經有不少言官上疏彈劾于他了，只不過因為現在大家的火力主要集中在勞堪的身上，在加上張居正一直在保他，所以現在還沒有出事，但是他很清楚，要是此案再這么拖下去，自己這個督師大學士也沒有好果子吃。
所以得知嚴世蕃來訪，呂調陽趕緊親自出來迎接，呂調陽對嚴世蕃執晚輩禮，問候道：“東樓公親赴南都，此案不日即明矣！”
嚴世蕃并沒有理會呂調陽的恭維，而是問道：“以呂閣老之見，此案可有端倪了？”
見嚴世蕃這么問他，呂調陽屏退下人，對嚴世蕃說道：“東樓公，以仆之愚見，雖不中，亦不遠矣！”
雖然呂調陽沒有明說，但是他和嚴世蕃都很清楚，這其中和東南的這些巨室豪門脫不了干系的，朱載坖這次特地命嚴世蕃來，也就是存了這個心思，經過朱載坖的幾輪打擊，東南的地主豪強勢力已經遠遠大不如前了，從遷都以來幾句膨脹的士紳地主階層也被朱載坖嚴厲的打擊了，但是他們在一些特殊的領域仍舊有很大的影響力，這次嚴世蕃來也就是為了此事。
嚴世蕃向呂調陽了解的情況之后，就以欽差大令召勞堪、張學顏赴南京商討辦案。
而在京師，自從朱載坖任命嚴世蕃為欽差浙直觀察使之后，各級官員們的上疏就沒有斷過，對于朱載坖任命嚴世蕃為欽差，不管是科道官員還是出身東南的官員，甚至是部分清流，都感覺到無法容忍了，嚴世蕃又不是科甲出身，官拜工部尚書就已經是非常之離譜了，朱載坖還派他擔任欽差，查察如此大案，大明朝是找不出人了嗎？要嚴世蕃一個蔭官出身的人擔任欽差。
對于這些奏疏，朱載坖一概留中，不予理會，沒想到他們上疏越發的肆無忌憚，不僅僅因為此事彈劾左都御史海瑞，甚至首輔張居正也被牽連進來，尤其是御史江東之、羊可立等人，上疏言辭激烈，朱載坖認為，不給他們一點顏色看看，很久沒有庭杖，他們可能又忘了午門不僅可以開朝會，還能庭杖是吧。
朱載坖當即吩咐錦衣親軍都指揮使陸繹，拿捕上疏言辭激烈的官員，送詔獄關押嚴審，請他們吃吃詔獄的特色菜，在朱載坖采取的斷然措施之下，這些官員的議論才被壓制下去，朱載坖隨即命令將張居正之前的陳六事疏刊印下各部院衙門和地方州縣，讓他們明白朝廷的意思，不要一天想著上疏言事，那是要付出代價的。</p>