將此事交給了太子等人去辦理了之后，朱載坖召見了錦衣親軍都指揮使陸繹，詢問對于江東之、顧憲成、魏允貞等人的審訊情況，陸繹如實向朱載坖匯報了相關的情況，經過錦衣親軍的調查，確實沒有發現他們有明確的結黨亂政的行為，不過顧憲成等人確實是經常聚集一幫進士、官員，聚眾講學，言辭之間對于朝政也多有抨擊之詞。
朱載坖笑笑說道：“那就是欲結黨而未遂嘛！”在朱載坖看來，顧憲成的這種行為，就是以講學為名，聚眾結黨，只不過其事未成，就被朱載坖所拿獲了罷了，朱載坖當即給刑部尚書洪朝選下了個上諭，詢問結黨亂政未遂應當怎么處理，洪朝選很快上奏，按照大明律，應當以奸黨論處。
大明律所規定的奸黨罪，主要有三個方面，若在朝官員，交結朋黨，紊亂朝政者，若犯罪，律該處死，其大臣小官巧言諫免，暗邀人心者，若刑部及大小各衙門官吏不執行法律，聽從上司主使，出人人罪者。以上都構成奸黨罪，要受到嚴厲懲治：本人處死，妻子為奴，財產入官。
洪朝選認為未遂的話，可以比照既遂減罪三等，留三千里，追毀出身以來文字，平心而論，洪朝選這個建議意見是非常之重了，畢竟現在大明講學成風，官員士子以講學機會為名，抨擊朝廷行政，這些事情，已經是司空見慣了，很多人也不以為意，朱載坖現在要嚴懲此事，甚至祭出了大明律中的奸黨一罪，擺明了就是要嚴懲這些人的，所以洪朝選已經是從重擬了。
沒想到朱載坖顯然是不滿意了，當即御筆草詔道：“彼等聚眾，名為講學，實則暗結奸黨，抨擊朝政，構陷大臣，罪在不赦。朕懷仁慈，不欲輕言殺戮，亦不欲市曹刑戮，賜令彼等詔獄自盡，追毀出身以來文字，妻子流放哈密，永不放還，從者削籍、追毀出身以來文字，于皇莊編管！”
朱載坖親自擬定了對于這些的懲處，使得百官震驚，朱載坖已經很長一段時間沒有輕易殺戮臣子了，這次對于顧憲成等人，朱載坖不僅要予以殺戮，甚至祭出了當年大明律中最可怕的奸黨一條，對于這些大臣們來說，還是很有殺傷力的，至少朝廷安靜了不少，也沒有人敢于上疏求情，牽連道奸黨一案，可不是開玩笑的，那是要族誅的。
朱載坖還戒諭群臣，以顧憲成為戒，敢有妄結奸黨、為鄉黨張目者，類同此例，朕必嚴懲之，朱載坖采取強硬手段狠狠震懾了朝廷上的這幫臣子之后，對于東南的地方官員也予以了嚴厲的訓斥，朱載坖認為他們因循茍且，袒護奸黨，致令漕渠釀禍，爾等能安坐于堂上乎？若再姑息奸黨，爾等首領不保也！
朱載坖的嚴厲訓斥使得這些官員們也趕緊把頭縮回去了，他們很清楚朱載坖警告可不是開玩笑，那是真的要殺人的，而朱載坖也隨即發布詔令，以南京守備豐城侯李儒僉書南京中軍都督府，提督浙直水陸軍務事，領靖逆將軍印，同時賜欽差浙直觀察使嚴世蕃令箭符節，準予節制浙直官軍，令豐城侯李儒也暫歸嚴世蕃節制。
這下天下的臣子們只要不瞎不傻，也都明白了朱載坖的意思，朱載坖也明擺著要對這些東南豪強們動手了，朱載坖的上諭抵達南京的當日，領受上諭的欽差浙直觀察使嚴世蕃當即來到南京中軍都督府守備官廳，命令南京守備、靖逆將軍豐城侯李儒擂鼓聚將。
嚴世蕃當即出示了朱載坖賜予的令箭符節，由都督府斷事官查驗無誤之后，嚴世蕃命令李儒調動浙直兩省的官軍，接管各府州縣城防，在錦衣親軍的帶領下抓捕各處的人犯，同時抄沒其家產，然后命令浙直兩省水師以及操江水師暫時中斷長江和各處江防要道的航運，除了和朝廷聯系的驛船之外，其他所有傳旨不得通行。
隨后嚴世蕃以欽差浙直觀察使的名義行文浙直總督楊繼盛、南直隸巡撫蔡國熙和浙江巡撫、漕運總督、漕運總兵等官員，以王命旗牌命令他們調動駐扎于浙直的衛所官軍和巡檢司，于各處交通要道設卡，不準放跑一名人犯，同時各地方官府會同錦衣親軍查抄人犯家產，等待朝廷接收。
隨后嚴世蕃就向朝廷奏明，天妃閘覆船與徐州水次倉失火兩岸，均系東南地方豪強盜賣漕糧之后，為了防止事情敗露，而勾結漕幫、以及漕運、倉場貪官污吏們一起制造的驚天大案，同時幸賴朱載坖天威，在欽差觀察使嚴世蕃的指揮下，勞堪、張學顏、劉守有等諸臣用命，將彼等奸謀揭發。
嚴世蕃向朱載坖上疏陳奏東南豪強盜賣漕糧、擅自加耗，荼毒百姓、利用漕船夾帶貨物，逃避朝廷稅收、與漕幫、鹽政漕運官吏勾結，販賣私鹽、私藏軍器，豢養家丁私兵、暗結匪類，陰圖不軌等事，指控這些豪強們犯有奸黨、謀逆等大罪六款，小罪十七款，而東南的州縣官吏、漕運官吏、鹽政官吏也都有與之同謀的，被嚴世蕃一道參劾，現在各人犯已經就擒，嚴世蕃奏請朱載坖圣裁此事。
朱載坖攬奏之后當即御批道：“攬奏何其憤恨！其非大明之臣民也！其地非大明之疆域也！彼等謀逆之意，昭然若揭，而東南官員，竟不能發其奸謀，是何道理？朝廷上下，無人知其奸謀乎？彼等既不以大明臣民自居，則朕亦不以彼等為人也！著法司從重擬來詳勘，若有上疏瀆擾者，與之同罪！”
朱載坖同時再次下達命令，加欽差浙直觀察使嚴世蕃巡視鹽政，對于涉案的鹽政官吏，也一體緝拿問罪，同時錦衣親軍也將此案的詳細經過以及相關口供、證據呈遞京師，朱載坖命令下三法司嚴審。</p>