不過朱載坖還是要求練兵軍務處做好用兵的準備，才能夠臨事不亂，對于楊應龍，朱載坖實在是沒有信心，同時朱載坖認為對內改革的重要內容之一就是改土歸流，不能夠將此事再拖延下去了，否則的話此事就會拖延下去，而朱載坖很清楚，改土歸流需要朝廷擁有強大的武力才是。
而現在大明官軍的主力主要集中的北方，下一步要在精簡九邊官軍的基礎上，增加朝廷在南方的軍力，朱載坖對參贊軍務大臣們說道：“土司世代為官，獨霸一方，更有甚至土司專橫不法，殘害生靈、橫行不法，土司之間為爭權奪利挑起械斗或戰爭，導致生靈涂炭，對朝廷也叛服無常。朕早有意制之，行改土歸流之法，奈何北虜勢大，現在北虜賓服，朝廷要趁此機會，積蓄力量，一朝蕩平此輩，永絕后患，不能遺禍子孫也！”
所以朱載坖要求練兵軍務處制定在南方增設官軍的整體方案，加強官軍在南方的存在，尤其是對湖廣、四川、云南、貴州、廣西這五個土司勢力較大，而且時常發生叛亂的省份，要增強朝廷的軍力，加大鎮壓的力度，保證朝廷日后實行改土歸流的時候，有足夠的軍力制服這些土司們。
處理完了這些事情，朱載坖決定不再等待了，現在馬上要熱起來了，就不再適合出巡了，朱載坖立馬下詔，自己要親自祭祀長陵和永陵，然后再巡視北直隸，同時命令太子監國，首輔張居正輔政。
朱載坖本人在京衛都指揮使嚴紹庭和蓬萊侯戚繼光、武定侯郭大乾、寧陽侯陳繼祖等人和勇士營、三千營馬隊的護衛下，出巡北直隸，這次朱載坖沒有選擇乘車駕出巡，而是和一眾勛臣們一道騎馬率軍出巡，戚繼光等人選拔了四千余精騎護衛，在祭祀完長陵、永陵之后，就將車駕仍在后面，首先趕赴的是三屯營。
這里是大明在京師附近最重要的指揮中樞，薊遼總督、提督薊遼軍務、薊鎮總兵官都駐節于此，朱載坖圣駕抵達之后，早就收到消息的兵部尚書總督薊遼譚綸，提督薊遼軍務曹國公李庭竹已經麾下文武官員早就在三屯營外迎接了，朱載坖下馬之后說道：“諸位不必多禮！”
朱載坖和一眾大臣們來到三屯營的薊遼總督衙署，朱載坖就駐蹕于此，對于朱載坖來說，這次第一步就是這里，對于朱載坖來說，薊遼的防御仍然是非常重要的事情，也是朱載坖很關心的事情，所以朱載坖第一站就趕到三屯營，查看大明薊遼大寧等鎮的邊防情況。
朱載坖直接說道：“譚制軍，現在大明在三鎮的防御情況如何？”
譚綸當然知道朱載坖關心的是什么事情，一應輿圖都已經準備好了，譚綸為朱載坖和隨行的臣子們介紹了現在大明北部邊防的情況，現在薊鎮、遼東鎮、大寧鎮三鎮中，遼東、大寧兩鎮是外邊，薊鎮是內邊，遼東鎮主要負責東北的防御，負責對付土蠻部和女真人，以開平衛、沈陽中衛、遼陽衛為大明東北部邊防的防御支撐點，廣寧衛作為大明在東北的防御集結地和后勤糧秣轉運中心。
而在大寧，則是徹底恢復了洪武年間的防御格局，在北方以全寧衛、開平衛、開平左屯衛、開平右屯衛、開平后屯衛為防御一線，大寧衛、開平中屯衛、開平前屯衛為大明在大寧鎮的第二線防御，同時大寧鎮的主力和預備隊也都部署在此。
而西邊的興和千戶所則是與宣府諸衛、萬全都司、山西行都司的防御結合點，同時薊鎮通過薊州、密云、遵化、永平等衛與大寧鎮的興和諸衛聲勢相連，薊鎮北倚大寧，東靠遼東，護衛京師，支援兩鎮，守衛內邊，大體上形成了一個梯次配置，縱深部署的防御體系。
朱載坖仔細查看輿圖，然后和諸將一起計劃距離，朱載坖問道：“若是遼東有事的話，僅靠薊鎮馳援，恐怕力有未逮，薊鎮的兵力部署是不是過于靠后了？遼東畢竟是京師左臂，還是要重視的！”
現在薊鎮的兵力配置，在朱載坖看來有些過于靠近京師，這也是正常的，對于薊鎮來說，保障京師才是薊鎮最重要的任務，而對于現在的大明來說，最重要的敵人自然就是北虜了，所以薊鎮絕大部分兵力的都是擺在大寧鎮的正南方，準備時刻支援大寧，將北虜擋在邊墻之外，要不然就是在遵化附近，準備時刻勤王。
這就導致了薊鎮的東部，也就是遵化以東永平、山海關等處的防御是較為空虛的，朱載坖認為，薊鎮之兵不必向京師靠攏，現在京師由京營、親軍諸衛等部隊，自保還是完全有余的，薊鎮應當把主力東移，朱載坖說道：“諸位，應當以薊鎮為大寧、遼東之后勁，京師為薊鎮之后勁。”
同時朱載坖還認為現在大寧鎮的一線部隊過于單薄，應該予以增強，大寧鎮的北部正面，一共就部署了全寧衛和開平衛等五衛，加上鎮協官軍，也不過三萬人，而主力還都在開平衛方向，東北方的全寧衛力量單薄，而這里又是一個敵情錯綜復雜的地方，土蠻部、土默特部、兀良哈部都有可能在此地活動，又是大寧和遼東兩鎮的防御結合部，還是要加以重視。
對于朱載坖指出的問題，譚綸也做了解釋，現在外邊一線的防御確實不能充分，主要是后勤還是相對比較困難，尤其是全寧衛方向，本來在全寧衛和開平衛之前，還應當有一個應昌衛的，但是由于兵力不足，而且后勤實在是過于困難，所以還沒有恢復。
現在制約大寧鎮的主要問題就是糧秣后勤，軍屯現在還沒有見到起色，道路還沒有完全修通無論是從遼東還是從薊鎮補給，都十分困難，所以現在要想在大寧鎮外邊維持大軍，是很困難的。</p>