在敲打了馮保之后，朱載坖又派內侍去請張居正出來視事，同時警告這些言官們，自己只是在整肅內廷，不要東拉西扯的，在朱載坖的安撫之下，張居正終于出來視事了，但是這些即便是張居正到文華殿召對，馮保也是目不斜視，和張居正保持距離，張居正當然明白這是什么意思，朱載坖對于內外廷的勾結是很防范了，即便朱載坖可以信重張居正，但是龍有逆鱗，觸之必死，朱載坖這是在向內外的重臣們宣告，哪些是不能觸碰的。
朱載坖召見內閣輔臣，是為了楊應龍的事情，之前朝廷派遣邢階、葉夢熊兩人分別巡撫貴州、四川，整頓當地官軍，同時查看楊應龍的情況，現在川、貴官員對于怎么處理楊應龍有巨大的分歧，邢階等貴州官員主張迅速剿滅楊應龍，但是四川方面的官員則是主張加以安撫，先穩住楊應龍再說。
邢階認為，播州宣慰使楊應龍生而雄猜，陰狠嗜殺，自恃播州財富兵強，又累從征調，熟知川兵勢弱，遂生虎踞全蜀之異志。楊應龍以殺人立威，小有睚眥，即行殺戮。其所轄五司七姓民眾不堪其苦，遂向貴州撫按告變，稱其欲叛，請求征剿，所以朝廷應該速調兵馬剿除楊賊。
但是四川巡撫葉夢熊則持反對意見，葉夢熊在奏疏中稱：“抗法犯順敢負固者應龍一人，播民環居何啻億萬，其間依附村落、流寓寄住者十常八九，天兵所至，即紀律嚴明，誓不妄殺，能使玉石之盡分乎？”
葉夢熊主要是擔心朝廷征剿楊應龍，殺傷過重，會導致西南的土司對朝廷不信任，同時楊應龍畢竟是沒有明面上造反作亂，朝廷這樣的急于用兵，恐怕會適得其反。
而兵部的上疏則是有些模棱兩可，汪道昆向朱載坖陳奏：“應龍初本效順，后乃暴虐，四川以功故而緩之，貴州以罪故而窘之。本犯有可寬之條，朝廷無必誅之意，只緣再提結案，遂爾計出無聊，將謂負險，可幸脫樊，不思行賂，反塞解綱，王師既抗，剪滅何疑。并論土司安疆臣等共效忠猷，如應龍父子悔禍，許自縛請罪，即與奏聞定奪，否則罔赦。”
兵部大體上是主張剿滅楊應龍的，但是態度并不是很堅決，所以朱載坖準備先和張居正商量好之后，再召集重臣們商量此事。
張居正對于此事也有些為難，從內心來說，張居正不愿現在用兵，因為朝廷正在大規模推行改革的過程當中，一旦大舉用兵，勢必影響到朝廷的各項改革措施，但是楊應龍現在反心畢露，要是再聽之任之的話，日后必成大亂，在權衡再三之后，張居正還是主張先剿除楊應龍，以免其做大，但是張居正也請求朱載坖要控制用兵的規模，不要因此影響到朝廷推行新政。
在和首輔達成了一致之后，朱載坖于是召集六部九卿和參贊軍務大臣，共商播州之事，朱載坖命令緹帥陸繹也參加會議，將錦衣親軍所打探到的情報向重臣們出示。
就是錦衣親軍現在所掌握的情況來看，楊應龍是不得不剿了，這廝內則僭越王章，無復人臣之禮；外則矜詡物力，有輕中國之心，不早加剿除，必成后患。
楊應龍在播州，奢淫無度，穿飾用龍鳳的服裝，使用皇帝御用之物，違制建宮室，用黃金裝飾門扇，睡象牙床。而且在言語行為之中也頗為傲慢，楊應龍于海龍囤題有對聯曰：“養馬城中，百萬雄兵擎日月；海龍囤上，半朝天子鎮乾坤。”又匾其門曰“半朝天子”，可見楊應龍妄自尊大，無視朝廷權威。
錦衣親軍密探在奏疏中稱：“應龍所居飾以龍鳳僭擬至尊，令州人稱己為千歲，子朝棟為后主。益選州人子女為繡女、閹人，間有女十三歲以上皆獻之，謂之‘呈身’，須不用乃嫁之。不呈身而嫁者，罪至死。嘗一日而閹割三十二人，其兇殘不道類如此。”
這些行為無疑是在挑釁大明朝廷，現在大明屢獲大勝，使得臣子們的心氣也高了不少，重臣們當然無法容忍楊應龍的這種行為，堅決要求對其用兵。
朝廷對于用兵基本上是沒有異議的，只是具體要怎么辦，尚且沒有準確的方案，畢竟楊應龍世代在播州，再加上當地地形復雜，朝廷的控制力不足，要想用兵，還要慎重思量。
朱載坖再和重臣們商量之后，決定先準備，而不是立即用兵，朝廷密令貴州巡撫邢階整頓兵馬，同時和當地不滿楊應龍的土司接觸，爭取他們的支持，同時用云南、四川抽調援兵，從四川運輸糧秣，囤積糧草，以備官軍征伐。
征戰大事，當然是要慎擇良將，領兵作戰，朱載坖之前是任命的黔國公沐昌祚為提督云貴軍務事，但是沐昌祚主要是要坐鎮云南，為殷正茂穩定緬甸的后方，肯定是要選擇一位能征慣戰，善于在南方尤其是在這種山岳叢林作戰的將領。
但是這個貴州總兵的人選還真不好確定，畢竟是要去用兵剿除楊應龍的，所以一眾勛臣自然是首先被排除在外了，北方的這一幫名將顯然也不合適，但是現在大明善于在南方作戰的一幫將領，都有要職在身，俞咨皋要鎮守兩鎮，防備安南，劉顯要鎮守緬甸，處理當地土司和大明的沖突。
鄧子龍率領水師也要駐守緬甸，以防備南洋上的西夷，嘉靖年間的一幫宿將如盧鏜、湯克寬等人不是已經老邁就是不堪上陣了，所以這個貴州總兵的人選還真不好確定。
兵部尚書汪道昆向朱載坖推薦了現任福建總兵張元勛，他也是嘉靖年間的抗倭名將，自幼習武，體魄健壯。15歲中秀才。16歲時，倭寇侵犯臺州，父張愷散資聚眾，力戰陣亡，元勛因此立誓殺萬賊以報父仇。17歲襲世職海門衛新河所百戶，從譚綸、戚繼光征倭，轉戰浙江，升把總。一路積功升任總兵，也算是經驗豐富的老將了。</p>