而在禮部，經過禮部尚書徐學謨等人于索南加措的談判，大明和格魯派終于算是達成了協議，大明冊封索南加措為向化法王，將靠近烏斯藏的一些地方直接賜予向化法王，由法王進行管理，作為回報，索南加措會幫助朝廷安定青海，同時不管是活佛還是法王，都必須經過朝廷的冊封才能夠得以繼承。
對于格魯派的勢力，朝廷也做了一定程度的限制，在非向化法王轄地內，格魯派寺院不得超過三百僧人，不準私藏武器，不準干涉地方行政，不準私藏朝廷通緝的逃犯等，在這些地方仍舊實行度牒制度，要想出家也需要法王考核同意之后報請禮部僧錄司發給度牒才行。
同時經過吏部兵部的商議，在西寧衛設置西寧府，同時重設西寧兵備，調廣東按察副使趙可懷為西寧知府兼西寧兵備道，負責西寧地區的防務，同時在青海建立官府，由太地方官府，與當地的牧民的確定相關的賦稅征收等事項，同時青海最大的意義就是為朝廷提供優良的戰馬，由太仆寺劃定官馬場，雇傭當地的牧民為朝廷牧養戰馬。
同時太仆寺還要直接在青海收購戰馬，用茶葉、布匹瓷器等與當地的牧民交換馬匹，朝廷要在青海屯駐重兵，尤其是騎兵，朱載坖命令五軍都督府設立青海都司，同時設立青海鎮，在青海鎮，主要以騎兵為主，一來是利用騎兵機動力來彈壓青海的反抗力量，還有利用青海的地形和馬匹訓練騎兵，在青海維持一支強大的戰略預備隊。
按照朱載坖的規劃，朝廷以青海、河套和大寧遼河套為三個主要的馬場，同時訓練騎兵，在青海、寧夏、大寧、遼東維持一支龐大而有戰斗力的騎兵部隊，作為朝廷的戰略預備隊使用。
青海的騎兵主要用于安定青海，在經略西藏時將會發揮主要的作用，同時策應對于西域的經略，而屯駐在寧夏、甘肅的騎兵，則是負責隔斷蒙古和青海、西藏的聯系，準備用于經略西域。
而大寧、遼東的騎兵則是用于拱衛京師，震懾蒙古人，三支戰略預備隊各有的用處，還要將京營和親軍諸衛中的騎兵輪流調到這三地訓練，以保障這些騎兵的戰斗力。
朱載坖認為青海地位重要，雖然實行改土歸流，但是畢竟青海的其他內陸省份不同，由大量的少數民族，所以朱載坖命令設置欽差總理青海蒙古番子事務大臣，管理蒙古族、藏族事務，以兵部尚書銜坐鎮，專門負責處理青海事務，要選用精通軍務的重臣，經首輔張居正推薦，調原南京兵部左侍郎曾省吾加兵部尚書銜欽差總理青海蒙古番子事務大臣兼總督青海軍務督理糧餉，駐節西寧。
在朱載坖處理青海善后事務的時候，提督薊遼軍務黑春也統帥官軍與土默特部、女真諸部的聯軍，征討土蠻，圖們汗見勢不妙立即北撤，官軍追逐五百余里，斬首四百七十級，大勝而歸，朱載坖命令賞賜參戰的各蒙古部落首領和女真酋長們，同時再次從女真征兵調往安東都護府，以增強徐渭的實力。
而在征討圖們汗的過程中，黑春獲得了一些有關土蠻部的信息，使得朱載坖對于圖們汗有些警惕了，按照黑春的奏報，圖們汗對蒙古社會實行多年的納貢兼攤派的賦稅徭役制度進行了改革，決定向歸附土蠻部的女真部珠爾奇特、額里古特、達吉忽爾（達斡爾）三個部落征收賦稅。
還在遼東地區征召漢族農民種地，解決糧食問題。汗廷還頒布了《圖們汗法典》，其內容廣泛：一、使者、官差事；二、出征、戰陣事；三、追捕、逃亡事；四、打架、斗毆、人身傷害、人命事；五、婚姻嫁娶、治奸事；六、埋葬、治盜事；七、遺產分配、財產繼承事；八、牧養、涉獵事；九、諾延與平民關系事；十、敬上、禁忌事；十一、聽訟、判刑事；十二、證人、設誓、服法事；等等。這是繼《成吉思汗大法典》后的又一部重要的法律文件，對規范土蠻部蒙古社會的行為準則和穩定社會秩序起到了重要的作用。法典頒布后，下達蒙古各部遵照執行。
朱載坖認為，這說明圖們汗其志不小，要予以嚴加征討才行，朱載坖立即命令提督薊遼軍務黑春和遼東總兵嚴紹庭，對于投靠土蠻部的女真部落，要予以嚴厲打擊，大明絕對不會放任這些事情發生，對于這些女真部落，要予以嚴厲打擊，防止其作亂，同時加強對于土蠻部的情報收集，囤積糧秣，準備大舉征討土蠻。
而奉命與佛郎機談判的欽差正副使嚴世蕃、王直也已經趕到了廣州，首先了解的相關的情況，同時尼德蘭使節也帶來了消息，佛郎機通過尼德蘭向大明表示愿意談判，但是希望大明能夠將被俘的尼德蘭人的船只先行歸還，這個請求遭到了嚴世蕃的嚴詞拒絕，開什么玩笑，這些都是大明在談判桌上的牌，怎么可能輕易就讓給佛郎機，嚴世蕃可沒有這么傻，朱載坖可是有嚴旨的，得從佛郎機人身上榨出銀子來。
嚴世蕃通過尼德蘭人向佛郎機使臣表示，大明會保證這些佛郎機商人和他們的船只安全，但是是否釋放，得取決于兩國的談判結果，大明不可能現在就釋放這些人和船只的，其實嚴世蕃的言外之意已經是很清楚了，能否釋放這些佛郎機商人和船只，得取決于佛郎機給大明什么條件，只要條件合適，大明是可以答應佛郎機的條件的。
嚴世蕃還趁佛郎機使臣沒有到廣州的空檔，廣泛的接見廣州的西洋商人，了解西洋的風俗習慣，尤其是關于戰爭的規矩和談判的條件，做到知己知彼，百戰不殆，同時和王直等擬定相關的談判條件和方法。</p>