在處理了這些事情之后，朱載坖關注的仍舊是海關關稅的問題，在很長一段時間，海關關稅都是大明財政的重要來源，朱載坖不得不重視此事。
海關關稅主要有兩部分構成，第一就是船鈔，也就是針對商船征收的賦稅，是依據商船的大小等級而征收的關稅，按照規定所有類型的商船都要征收船鈔。按照船只的大小，分為三等，第一等船征銀三千五百兩，第二等船征銀三千兩，第三等船征銀二千五百兩。
第二就是對于貨物征稅，主要是出口關稅和進口關稅，對于大明來說，進口關稅顯然是更多的，按照大明現在征繳原則，主要是實施比例征繳，即估算進出口貨物的價值之后，按照這個價值乘以相應的稅率，作為商人應交的稅款，以大明出口的大宗產品來看，茶葉大概是十分之一，棉布、瓷器稅率為百分之十五，絲綢稅率為百分之二十。
除了這些有明確稅率的貨物之外，還有就是一些朝廷并沒有規定稅率的貨物，統稱為雜貨，對于這些雜貨，則采取估值課稅的辦法，統一稅率為十分之一。除此之外，還有一些免稅項目，比如因貢而來者，稅應免則免之，專以市而來者，貨應征則征之，此海外諸番所以畏懷也。
對于海外貢使的船只，照例是免征各種賦稅的，還有就是運米免稅的政策，專運糧食的船只，免征一切賦稅，運米五千石者，減十分之五，運米兩千石的，減十分之二，還有一些特殊商品也可以享受稅收的減免，主要是朝廷所急需的藥材、硝石、硫磺等軍需物品，都可享受賦稅的減免的。
對于大明現行的海關制度，朱載坖還是基本上滿意的，現在的賦稅征繳還是比較得力的，不過也有一些問題，就如船鈔來說，只分三等，顯然是有過于兒戲了，而且大明船只和西洋船只在載重上是有區別的，要細化船鈔的征收則例，除此之外就是行商和雜項賦稅的管理問題了。
雜項賦稅，其實就是規費，這種東西在大明是一點也不稀奇的，海關的雜項賦稅門類一樣很多，主要包括平余、漏稅罰科、員役截曠、載貨規銀、車轎銀、水手把港錢還有大頭火耗，這些銀子之前歸海關總署支配，雖然也有賬目上繳戶部，但是朝廷對于這些的監管還是不強的，朱載坖決定加強對于這些規費的監管，除了用于海關的辦公和給海關各級官吏的加俸之外，也要上繳太倉。
還有就是行商的管理，這些外國商人到大明來經商，既不了解大明的市場，也不了解大明的各項法度，語言也多不通，所以就有了行商，行商是一門極有利潤的生意，他們承擔了外貿的重要環節，協助海關估算進口貨物的價值，與外商溝通，收買外商貨物，同時負責為外商購買所需要的貨物，絕對是非常有利可圖的生意。
按照朝廷的規定：“如有身家殷實之人愿充洋貨行者，或呈明地方官承充，或改換招牌，各具呈認明給帖。”行商是經過朝廷許可才能夠充當的，承充行商者不僅需要“身家殷實”，而且還需要經過官府的批準“各具呈認明給帖”，是在朝廷許可下的壟斷商人，利潤非常之豐厚。
但是行商壟斷也存在著很多的不利因素，他們壟斷了對外貿易的巨額利潤，使得自己實力大增，是否會對朝他構成威脅，朱載坖還尚不知曉，而且這些包商制本來就存在種種弊端，不利于大明海外貿易的發展，這些行商承銷進口洋貨，采辦出口絲茶，為外商提供倉庫住房，代雇通商工役。行商對于承保的外國商船貨物因享有優先的權利，在其他分銷貨物的行商交不出進口貨稅時，必須先行墊付。凡外商有向官府交涉稟報的事，責令行商通事代為轉遞，并負責約束外商不法行為。
很多時候，這些行商實際上在履行朝廷海關的相應職能，最重要的就是定價權，因為價格就直接關系到朝廷的海關關稅，尤其是這種大宗貨物的貿易，失之毫厘差之千里，這是非常重要的，而海關在核定關稅的時候，重要的依據就是行商們對于商品的估價。
這些行商是官方特許的壟斷性商業組織，其主要職能是協定出口貨價及代中外商人納稅。除了做生意之外，十三行還要與來華洋商打交道，從貨物買賣到日常起居，事無巨細，都必須通過十三行。
朱載坖很清楚，這些行商們在其中所攫取的利潤是十分之豐厚的，但是朝廷一時半會兒確實真是離不開他們，因為在海關關稅的征收當時，行商充當了極為重要的作用，洋商到港，未必會攜帶金銀，往往是攜帶各種貨物，想要將貨物賣掉之后再繳納關稅并且采購回程的商品，而在這個階段，就是行商們發揮的時候了。
他們首先是要估算貨物價值，呈請海關復核之后，開具關稅清單，然后行商代為繳納關稅，并且總包貨物，將其發賣之后，扣除關稅和自己的規費，在按照洋商的需求，采取相應的出口貨物，然后幫其辦理出口，繳納關稅，在朝廷關稅的征繳過程中，行商起了極為重要的作用。行商可以保障朝廷能夠及時收到關稅。
這點朱載坖是很清楚的，但是行商的缺點也是很明顯的，首先就是行商的權力過大，他們擁有核定價格的大權，而無論是行商自己還是洋商，肯定都是希望將征稅價格核定越低越好，以逃避、減少朝廷的關稅，但是朝廷肯定是希望能夠足夠征繳關稅的。
其次就是行商利用自己的特權，兩頭壓榨，上下通吃，不僅僅是敲詐外商，也敲詐大明商人，好從中謀取巨額利潤，行商賺的越多，朝廷的關稅就越少，這點是毫無疑問的。</p>