順義王不他失禮很快就回復朝廷，愿意配合朝廷穩住蒙古諸部的局勢，其實三娘子和不他失禮很清楚，朝廷收回活佛繼承的權力，對于像順義王這樣的世系蒙古王公來說是很好的，這樣可以有效的抑制宗教勢力的過度膨脹，使得這些王公們的權力更加穩固，這點他們還是很清楚的，所以他們當即上疏朝廷，表示愿意配合朝廷。
這點朱載坖也是很清楚的，在穩住了蒙古之后，朱載坖的重心就在青藏的這些土司和活佛身上了，尤其是哲蚌寺這樣在藏區有很大影響力的寺院，都是朱載坖非常重視的，朱載坖首先以上諭的形式明確了大明和西藏的關系，朱載坖在上諭中明確說道：“番人也是朕之赤子，番人地方都是祖宗開拓的封疆。”
也就是肯定烏斯藏乃是大明的領土這個不容辯駁的事實，對于這點，朱載坖是極為重視的，這點是大明經略烏斯藏的核心，雖然現在大明可以以羈縻的方式承認烏斯藏地方政權的合法性，但是在涉及到朝廷根本利益的問題上，大明是不容挑釁的，這點朱載坖希望烏斯藏的頭人、活佛要清楚。
同時朱載坖也明白，烏斯藏的這些活佛和大明皇室的關系其實也是很親近的，格魯派創始人宗喀巴大師曾上書成祖皇帝一封書信，在書信中將明朝皇權置于其教權之上，稱頌成祖皇帝“政令嚴明，為各邦所悅服”。他所意指的各邦就是烏斯藏內部各政教勢力，顯然身居雪域中土的格魯派也屬其中一支，并欣然接受大明管轄。
武宗皇帝還曾經召集了很多的番僧，這些都說明了大明和這些烏斯藏地方勢力的關系，同時在經濟上的往來也是很重要的，同時朱載坖還和重臣們一道回顧了大明對于烏斯藏的治理方式，其實這個治理方式是從太祖時就確定下來的，就是多封眾建，羅萬化就說道：“陛下，太祖以西番地廣，人獷悍，欲分其勢而殺其力，使不為邊患，故來者輒授官。”
成祖也繼承了太祖皇帝的這個措施并加以調整，成祖主要是建立了僧官制度，諸衛僧戒行精勤者，多授喇嘛、禪師、灌頂國師之號，有加至大國師、西天佛子者，悉給以印誥，許之世襲。可以說現在在烏斯藏有頭有臉的所謂法王、活佛，基本上都是太祖、成祖、武宗三朝所冊封的，這樣的大規模冊封，使得烏斯藏的各種勢力極多，無法形成對中原有威脅的力量，同時在各方政教勢力的斗爭中，不可避免的的要與外來的勢力相勾結才能夠使得自己的教派得以發展。
這點在格魯派身上就很明顯，原本格魯派并不是烏斯藏的大教派，格魯派的第一代活佛宗喀巴大師規定僧人必須斷絕與世俗社會的聯系，嚴守戒律，不可逾矩，需在寺院中清凈修行。這些舉措得到了烏斯藏地方政權的支持，格魯派才得以壯大，但是面對其他教派的打壓，格魯派也必須尋找盟友。
索南加措等人最開始是希望取得蒙古人的支持，俺答汗也確實對于青藏頗為想法，試圖染指青海，進而向烏斯藏發展，但是朱載坖顯然比之俺答更加強勢，在俺答死后，朱載坖果斷出兵剿除了海虜，消滅了蒙古在青海的殘余勢力，同時將蒙古和青海隔斷，使得蒙古雖然信奉格魯派，但是卻無法對雪域高原產生影響。
而真正能夠直接影響到雪域高原的，很明顯是大明，所索南加措晚年，他就認識到了這點，大明控制了青海之后，對于烏斯藏肯定是要加強控制的，這點索南加措是很清楚的，只不過由于雪域高原的地理特性，使得大明還一時無法直接控制烏斯藏，但是朱載坖也需要通過其他方式對烏斯藏加強控制。
支持格魯派對于朱載坖來說是一個不錯的選擇，格魯派也希望順應時勢成為大明在烏斯藏的代理人，以保全他們在烏斯藏的權力和地位。同時和格魯派的政治盟友帕竹政權也愿意和大明合作，因為現在帕木竹巴政權在烏斯藏的統治已經是岌岌可危的，帕木竹巴家族內部分裂，屬下貴族之間相互強取豪奪的斗爭也愈演愈烈，擁有土地和農奴的各派寺院，自然也要牽扯這樣一個斗爭的巨大漩渦之中。于是就形成了僧俗結合的幾個集團，相互之間明爭暗斗，兵戎相見。
為了維護自己的教派利益，消滅和自己不同的教派，格魯派必須要和大明合作才行，現在噶舉派勢大，噶瑪噶舉和止貢噶舉直接使用暴力等手段脅迫格魯派寺院和僧人改宗，規定格魯派僧人必須向他們所遇到的任何噶瑪派僧人致敬，并強取豪奪哲蚌、色拉兩寺的部分土地、牲畜等財產。在噶瑪噶舉紅帽系第四世活佛曲扎益西慫恿下，仁蚌巴聯合雅郊等地的地方頭人進軍拉薩地區，率萬人大軍驅逐格魯派的靠山內鄔宗宗本，并占領拉薩地區。大有推翻帕木竹巴政權之勢，在這種情況下，格魯派是需要大明的。
所以朱載坖在索南加措去世之后，果斷采取措施，要干涉活佛的選任，就是因為現在格魯派對大明有所求，大明能夠通過各種方式影響到烏斯藏的政局，不管是直接冊封還是經濟上的支持，這些對于大明來說都是很容易的，所以朱載坖命令鄭洛和格魯派的長老們商量活佛的選拔儀式。
活佛的擇立必須在大明的控制之下完成，同時也要經過大明皇帝的冊封才能夠行使活佛的權力，教權只能在皇權之下，這點是毋庸置疑的，普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣，在格魯派答應這些條件的情況之下，大明可以在政治承認格魯派和帕木竹巴政權的合法性，經濟上給予特殊支持，讓其壟斷和大明和朝貢貿易，甚至可以直接派兵予以支持。</p>