于是沒過多久，安德魯便找了個理由，將那位“瓦爾密的勝利者”與“共和國的捍衛者”的克勒曼老將軍調回了巴黎。在授意國民公會給予對方一個榮譽元帥頭銜后，便將其扔到了元老院里養老。之前，安德魯承諾給克勒曼的萊茵蘭總督職務也被擼掉了。
1795年10月，已晉升少將軍銜的拿破侖離開巴黎，來到干里之外的意大利軍團大本營，尼斯。
因為眾人的反對，安德魯一開始并沒有任命拿破侖擔當意大利軍團的司令官，而是令其作為軍團下屬一個精銳混編師團的指揮官。至于軍團總指揮則是安德魯的老朋友，一心想著提前退休養老的康克洛將軍。
上任伊始，康克洛就依照安德魯執政官的授意，將拿破侖-波拿巴視為下一任的軍團司令官，他極少干涉已實際成為軍團副總指揮的拿破侖的行動自由。因此，年齡相差近30歲的兩位將軍的關系顯得十分融洽。
從1795年10月到1796年4月，正式卸任總指揮職務的這半年時期內，康克洛就一直留守尼斯大本營，包養情婦，夜夜歌舞升平，而將前線指揮的任務交付給了27歲的拿破侖-波拿巴。
偶爾的，康克洛也會履行一下軍團總指揮的職責，前往里昂、瓦朗斯、尚貝里、尼姆、馬賽與土倫等地，督促南方各地，落實督政-府劃撥給意大利軍團的兵源補充、槍支彈藥與軍需補給。
正如安德魯預料的那般，拿破侖在成為軍團的實際總指揮后，并沒有匆匆忙忙的向撒丁-奧地利聯軍發動全面進攻，而是非常謹慎的詳細研究了梅里波斯元帥于1744年至1745年在那里進行戰役的經驗，特別是認真探討過梅里波斯的參謀長包爾色特將軍擬制的進攻皮埃蒙特的作戰計劃。
不僅如此，拿破侖還走遍了濱海阿爾卑斯山南段面向法國一邊的幾乎所有隘口，反復熟悉法國至熱那亞海濱地段的險要道路，并且不止一次地為意大利軍團制定與修改作戰計劃。
在另一方面，拿破侖還聯合軍情局收集與甄別聯軍的相關情況，配合憲兵隊大力整頓軍團內部的軍風軍紀，他還親自訓練步兵隊列，提升炮兵的作戰技能，第一時間為軍中士兵補發之前的欠餉，不停的樹立他本人在軍中的絕對權威。
順便的，拿破侖借助軟硬兼施的手腕，成功修理了“不守軍紀”的馬塞納和“土匪”一般的奧熱羅，這樣的軍中刺頭的同時，也贏得了格魯希、塞呂里耶、拉哈普、儒貝爾等，一群師旅級優秀指揮官的支持。
似乎是折服于格魯希的學識，拿破侖居然與其一見如故，視為知己。等到今年2月，康克洛將軍如愿以償的從意大利軍團病退，帶上兩個漂亮情婦，回到他朝夕夢想的巴黎，開始在元老院里養老。
與此同時，一直都擔當副職的拿破侖-波拿巴，也順理成章的成為意大利軍團的代理司令官，在等到安德魯下達任命的第二天，拿破侖就上書督政-府和總參謀部，請求格魯希擔當自己的參謀長。
1795年10月，當拿破侖從巴黎來到意大利軍團的時候，他身邊只有4個朋友：繆拉、朱諾、馬爾蒙，以及拿破侖17歲的弟弟路易。
作為意大利貴族的后裔，拿破侖大致了解意大利的歷史與現狀。在他離開巴黎之前，無所不知的穿越者，還是以第一執政的身份，給予拿破侖上了一節長達3個小時的，涉及意大利11國的政治課程。
處于分裂狀況中的意大利，長期以來都是波旁王室和哈布斯堡王室互相角逐的戰場。
這兩個王室（國家）之間的種種敵對行動，再加上市民與貴族間的相互糾紛，使得這個昔日曾經為歐洲制定法律與規則的民族，現在卻淪于十分軟弱無力的狀態。
在過去，歐洲曾經是羅馬人馳騁的戰場。而到如今，孕育過強大羅馬帝國的意大利，卻成了歐洲列強爭奪霸權的戰場。
奧地利的哈布斯堡王室統治著這地區的北部：他們在那里占領了富饒的米蘭公國和曼圖亞這個大要塞，以及一些零星的王室封地。