1797年9月9日，匆匆忙忙從前線趕回克拉科夫的東布羅夫斯基將軍，得到了中-央執委會晉升他為波蘭陸軍少將的任命。
不僅如此，東布羅夫斯基還從臨時執政官巴爾斯伯爵手中，接過了17世紀的波蘭民族英雄，名將斯特凡·恰爾涅茨基的指揮杖，正式擔當波蘭起義軍的總司令。
歷史上的恰爾涅茨基，被視為波蘭有史以來最有能力的指揮官之一。而他對撤到波美拉尼亞與丹麥的瑞典人的追擊（1658年-1659年），尤其是他與他的整支軍隊渡過丹麥的阿爾斯島的事跡，被寫入了后世的波蘭國歌《波蘭沒有滅亡》中……
很快，作為起義軍主要軍事負責人的東布羅夫斯基將軍，一方面是在繼續指揮前線部隊，向那些盤踞于波蘭南部，負隅頑抗的少量奧軍發動進攻；
另一方面，東布羅夫斯基將軍必須趕在兩三周之后，也就是哈布斯堡王朝從多瑙河前線調集了主力軍隊，對波蘭起義軍實施大反撲之前，大刀闊斧的擴充與整編軍隊。
當下光復區的波蘭軍隊，主要分為正規軍與自衛軍（民兵）兩種。正規軍就是剛剛成立的克拉科夫師團，該師團的骨干就是波蘭自由軍團下派來的5千先遣隊官兵。
此外，還有從各個政治監獄里釋放出來的數千革-命者，以及響應了波蘭起義委員會的號召，從奧地利軍隊中反正的匈牙利、捷克、克羅地亞與斯洛伐克等民族的雇傭兵（軍警）。
整個克拉科夫師團的作戰單位，下轄3個步兵旅，分別由阿克薩米托夫斯基將軍，費瑟將軍與克拉辛斯基將軍擔當旅長。
此外，師團還擁有12個騎兵中隊，3個炮兵連，少量的工兵與輜重部隊。其總兵力達到了1.6萬人，差不多相當于兩個法國師團。其中，約瑟夫·扎賈澤科將軍擔當騎兵部隊的指揮官。
事實上，在中-央執委會內部，曾有人提出直接組建一個南方大兵團，召集出3萬兵力的一線作戰部隊，但這份提案立刻遭到東布羅夫斯基與維比茨基等人的堅決反對。
除了基于兵源素質不高，還有武器數量嚴重不足的考慮外，將軍們更多的反對原因，是基于克拉科夫師的作戰方式，并非要與奧地利軍隊進行硬碰硬的作戰，而是會隨時率領正規軍主動跳出內線，在森林、山區等外線，與奧地利軍隊開展游擊戰。
為此，在建設正規軍的同時，東布羅夫斯基將軍還需要各省與各市鎮都要建立一支自衛軍，配合主力部隊作戰。
其中，每十個家庭中調出一人，并于9月5日開始全民動員為正規軍的輔助人員（自衛軍），保證每個省的自衛軍數量不低于8千人。
這些非正規的游擊部隊大約有4萬左右，他們當下主要任務，除了衛戍地方，還需要配合克拉科夫師團，清掃小波蘭地區（南部波蘭五省）剩余的奧地利軍警。
9月15日，殘留于小波蘭地區的奧地利軍警基本被肅清，五省全部光復。不僅如此，波蘭南部的大起義也逐漸向東波西米亞（捷克），以及斯洛伐克北部山區蔓延。
等到9月中下旬的時候，波蘭起義軍成功控制了進出東喀爾巴阡山脈與西喀爾巴阡山脈的好幾座城堡要塞。