就在朱由檢處理涂文輔等人的時候，錦衣衛高層官員，已經奉他的命令進宮，在乾清宮外等候。
朱由檢正想把他們召進來，先前被他派出去審問客氏的王文政回來了，帶來一個消息，讓他勃然大怒：
“‘宮人姙身者八人’，八個懷孕宮女！”
“客氏想做什么？想學李園故事嗎？”
“把她立刻處死，兒子侯國興下獄，家人流放海外。”
想到這件事情，他就有些后怕。幸虧登極后不久就把客氏趕出宮門，否則時間久了，真的可能生亂。
這是能坐實魏忠賢和客氏謀逆的證據，但是朱由檢根本不敢公布。
在這個沒有親子鑒定的年代，誰是誰的兒子，幾乎全憑話說。新建伯爭襲案鬧了兩年，就是無法確定這一點。
所以朱由檢立刻命令王文政收拾首尾，把客氏和八個宮女處理掉。免得事情傳出去，民間亂傳之下，以后冒出什么“天啟遺腹子”，和自己爭奪皇位。
還派劉若愚跟隨，監視王文政處理這件事。客氏全家也要盡數監禁，確認沒有隱患后流放。
對此憤怒之極，朱由檢甚至想把給魏忠賢親族的世職收回來，但是想想宮內宮外不知有多少魏忠賢的黨羽，自己想重用的徐應元等人又剛剛被處理。只能把這股憤怒壓下去，沒有給魏忠賢加罪，免得他的黨羽不安。
不過對客氏家人，朱由檢就沒有客氣了。也不給什么世職，直接流放海外。
至于那八個宮女，朱由檢也囑咐王文政從客氏家產中分出專門款項，把她們混在被客氏害死的人之中，每人發一千兩補償。
這一千兩銀子要存在順天銀行賬戶上，讓她們的家人每月領取一兩。這樣就能夠監視她們家人，避免這些可能知道情況的人走漏風聲、以后被人利用。
處理了這件事情，朱由檢余怒未消，喚來田爾耕、許顯純等錦衣衛高層，對他們破口大罵。怪這些人沒有當好耳目，沒發現魏忠賢謀逆。
這些錦衣衛高層感到有些委屈，相比能待在皇帝身邊的東廠太監來說，他們很難見到皇帝。又因為受到東廠監督，只能依附東廠。
除了嘉靖朝的陸炳之外，錦衣衛面對東廠的時候基本都在下風。在魏忠賢權傾朝野的時候，完全淪為附庸。
所以對皇帝指責他們不能發現魏忠賢的逆謀，他們根本不接受。畢竟魏忠賢是他們的上司，又是他們溝通皇帝的渠道，他們怎么發現魏忠賢的逆謀、再告發給皇帝？
不過皇帝發怒，他們也只能聽著。直到朱由檢將火氣發出來，才有一位錦衣衛指揮方弘瓚道：
“陛下，前錦衣衛指揮同知、署北鎮撫司劉僑，因為不肯殺人媚珰，被魏逆削籍為民。”
“臣請召回此人。”
朱由檢發了通火，聽到錦衣衛還有這樣的人，當即便下令道：
“準了！”
“把劉僑召回來，讓他繼續掌管北鎮撫司。”
“現在的北鎮撫司，是誰在掌司事？”
許顯純小心翼翼上前，回道：
“陛下，臣許顯純，天啟四年五月掌管北鎮撫司。”
朱由檢見到許顯純，怒火又升了起來，對這個人尤為憤恨，大罵道：
“虧你還是皇親國戚，竟然跟魏忠賢謀逆？”
“你是怎么想的，對得起嘉善公主嗎？”
許顯純撲通一聲跪在地上，辯解道：
“陛下，臣沒有跟魏忠賢謀逆。”
“只是聽他從宮里傳來的命令，審訊他人而已！”
“臣的祖母是公主，怎么會跟著一個太監謀逆呢？”
朱由檢怒火未消，責問道：
“那你和田爾耕二人，為何成了魏忠賢的義子？”
“虧伱還是嘉善公主的孫子，竟然認一個太監當義父，也不覺得害臊！”
這話說得太重，還涉及到先人，許顯純只能跪著，向皇帝不住請罪。
田爾耕也急忙跪下，同樣向皇帝請罪。
朱由檢罵了一通，又讓眾人檢舉，把同屬“五彪”的提督西司房官旗管事楊寰、錦衣衛堂上僉書理刑孫云鶴、北鎮撫司理刑崔應元辨認出來。
這三人除了西司房提督楊寰之外，孫云鶴、崔應元兩個理刑本來沒有資格前來。但是魏忠賢濫發官階，給他們加了正一品右都督，此時一并在場。
被朱由檢當場命人拿下，等待以后問罪。
三人同樣辯解是聽宮里旨意，所以不敢違逆。朱由檢冷笑反問：
“宮里的旨意？”