錦衣衛調整的事情頗為機密，朱由檢還特意下令封嘴，甚至把文書房記錄的起居注留了下來，沒有把詳細內容傳給起居編修。
但是拿下閹黨五彪這么大的動作，還是讓許多人受到震動，知道錦衣衛內部有了大變。
尤其是兵部尚書袁可立，在田爾耕被拿下之后，想要按照慣例推選錦衣衛掌印時，卻發現鄭士毅不知什么時候成了掌印。
這讓袁可立大為氣惱，認為皇帝是用中旨任命官員，極大地違反朝堂規矩：
『當年我就能抗中旨，現在就沒有那個勇氣嗎？』
『陛下如今年幼，需要老臣匡正！』
當即在處理兵部事務的常參會議上提出，應該按嘉靖以來的慣例，由兵部推選錦衣衛掌印。
知道袁可立一定會對錦衣衛的事情提出異議，朱由檢把話題引向刑部，詢問刑部侍郎、署理刑部尚書的李若珪道：
“李卿，你覺得錦衣衛的事情，是該歸屬兵部，還是歸屬刑部？”
李若珪抱過年幼時的天啟皇帝，因此被天啟皇帝稱為“金胳膊老李”，在天啟年間極其劇烈的黨爭中，得以保住自身。
他一向信奉的是明哲保身，甚至在天啟皇帝駕崩后想過離職，避開朝堂紛爭。
聽到皇帝發問，秉承著兩不得罪的想法，李若珪道：
“錦衣衛是衛所，按照常理是該歸屬兵部。”
“但是緝拿不法、緝捕盜賊又是刑部事務，由刑部管轄也未嘗不可。”
“陛下可問問兵科給事中，要不要代替刑科僉批。”
把事情推到給事中頭上，在場的兵科都給事中許可徵屬于閹黨，還沒審核過關，當然不敢違逆皇帝的意思，說道：
“錦衣衛的事情，向來需要刑科僉批。”
“兵科不敢越權。”
這樣一來，事情就好玩了。
錦衣衛的人事權在兵部，業務上卻又分屬刑部，所以錦衣衛的駕帖，一向由刑科僉批。
人事和業務不統一，兵部和刑科都能制約錦衣衛，但又沒有完全制約的權力。最終把錦衣衛廢了，在萬歷皇帝怠政后，“獄中至生青草”。
天啟年間田爾耕、許顯純等人跟隨魏忠賢害人，可以看作是錦衣衛的一次反撲。除了劉僑公開反對魏忠賢之外，錦衣衛其他人大多是默認態度。
這也是朱由檢不能重懲五彪的原因，否則他以后命令錦衣衛做事時，那些人只要想到五彪的下場，就會自己退縮。
如今朱由檢把事情擺到臺面上，兵部和刑科頓時產生爭端。早已投靠他的吏部侍郎楊景辰也來插一腳，順著皇帝的意思道：
“錦衣衛的事情既然歸屬刑部，應該像其他刑部官員一樣，由吏部任命。”
“兵部推選錦衣衛掌印，是侵奪吏部權力。”
這下就更亂了，袁可立想要推選錦衣衛掌印，需要先和吏部爭。
朱由檢聽他們吵吵嚷嚷，又把話題引向戶部，詢問郭允厚道：
“郭卿以為，錦衣衛的錢糧應該如何撥付？”
“是按兵部管轄的衛所，還是按吏部負責的部門？”
郭允厚知道自己前段時間惡了皇帝，如今雖然原職留任，其實卻沒有審核過關。
既不敢違逆皇帝的意思，也不敢把文官辛苦奪來的權力讓出去，模棱兩可地道：
“怎么撥付都行，能省些錢糧更好。”
朱由檢聞言擊掌，大叫聲“好”，向郭允厚道：
“郭卿所言極是，果然在用心理財。”
“朕決定錦衣衛今后改為錦衣衛監，錢糧由內廷撥付，不再經過戶部。”