確定了西南、西北負責人選，剩下的就是東北了。朱由檢道：
“遼東的事也議議吧！”
“先前遼東督師王之臣上疏，說遼東有三督師、四大將，各個都有尚方劍。‘權不歸一，令出多門，未見其便’。”
“朕有意梳理一下遼東官職，爭取權責相符，令行禁止。”
“先從督師開始，遼東督師王之臣，能勝任這個職務嗎？”
這個話題有點大，群臣沒有人敢給王之臣打包票。
見此，朱由檢心中已經有了答案，說道：
“遼東督師王之臣，以詞頌定為第八等，削去一切官階。”
“念在以往功勞，起復長城護軍使，令其好生做事。”
王之臣被罷官不出眾人預料，他在遼東先是和袁崇煥不合，又和袁崇煥舉薦的趙率教不合，還和督師遼東太監劉應坤不合，群臣都有些無語了：
堂堂遼東督師，在遼東職位最高的官員，結果文臣、武將、太監都搞不定，誰敢對他寄予厚望？
如今他在撤職后轉任長城護軍使，也算平安落地了。至少閹黨的事情，以后不會牽連他。
朱由檢把王之臣轉任長城護軍使，并不是隨意安排，是因為王之臣擔任過薊遼總督，他才這樣任命。
在確定護軍使和提督都是督師的副手后，朱由檢完善長城督師設置，并且劃定防區：
“長城護軍使駐永平，直接管轄永平兵備，負責永平府北面長城，尤其是山海關以西和薊鎮長城交界地帶。讓王之臣協調好遼東督師、長城督師防區，避免出現疏漏。”
“長城督師駐密云，總管長城沿線，注意草原動態。一旦有敵人自草原來襲，要做好防御準備。”
“長城提督駐宣大，準備領兵作戰。如果需要向草原出兵，由長城提督負責。”
“長城沿線各級官員，都受長城督師管轄。包括順天巡撫、宣府巡撫、大同巡撫、山西巡撫及下屬兵備。”
把各個職位防區劃定，朱由檢把京城北邊的長城沿線完全交給了長城督師，又設置了長城提督、長城護軍使，以及原本就有的幾個巡撫分權。
這些職位里面，長城督師王象乾、長城提督滿桂、長城護軍使王之臣已經確定。
宣府巡撫秦士文如今在署理太仆寺卿，還沒有推選繼任巡撫。
大同巡撫張翼明剛剛被朱由檢定為第五等撤職，正在等待廷推。
山西巡撫牟志夔，也有建祠情節，曾經和河東巡鹽李燦然、山西巡按劉宏光等人一起主持建祠。
朱由檢問明情況，將三人都定為建祠主犯，以第五等附逆情節，罰沒非法財產。
還有順天巡撫單明詡，此人一直在被彈劾，朱由檢先前沒有時間理會。這時問明情況，得知單明詡是萬歷四十七進士，天啟六年還是職方司主事、今年就成為順天巡撫。
這讓朱由檢眉頭緊皺，當即以諂附罪名，把他定在第六等，削去一切官階，罰沒非法收入。
如此一來，長城沿線督撫，可以說都要換一遍，沒有一個留任：
“宣大總督張曉、宣府巡撫秦士文、大同巡撫張翼明、山西巡撫牟志夔。”