不知道自己起復王永光刺激到了蘇茂相，朱由檢任命黃克纘擔任南京兵部尚書之后，又下令推選侍郎。
這個人選在朱由檢表示起復舊官后，終于被東林黨扳回一局，廷推前任兵部左侍郎張鳳翔擔任——
現在東林黨也不計較南京職位是不是沒有實權了，先把人起復了再說，不能讓朝堂上充斥著非東林官員。
朱由檢對張鳳翔這個名字沒有什么印象，不知道他后來被列入《貳臣傳》。看到張鳳翔年齡剛過五十，知道這是個年富力強的，能夠輔佐已經年邁的黃克纘。
所以他當即任命張鳳翔擔任南京兵部左侍郎，安撫一下東林黨。
南京刑部尚書潘浚、右侍郎杜士全沒有附逆行為，被朱由檢原職留任。
南京工部就比較亂了，現在的南京工部尚書，理論上是兩廣總督商周祚擔任。兩廣總督一職，則由南京工部右侍郎李逢節接任。
實際上呢，商周祚仍在擔任兩廣總督。李逢節這個人在哪，沒有人能說清。
對此實在無語，朱由檢想了一下，決定讓商周祚繼續留任兩廣總督，以安穩地方為先，下令道：
“商周祚改為加銜南京兵部尚書，繼續擔任兩廣總督。”
“李逢節從廣東調出，職位以后任命。”
“現在廷推南京工部尚書。”
這又是個尚書，在朱由檢先前明確表示要用中立派的情況下，大臣廷推前任戶部尚書李長庚為正推。
這個人是有能力的，而且非常實在。他在擔任山東巡撫的時候，遼東正好起了戰事，需要往遼南運輸物資。他最初反對登萊海運，發現可行之后，很快就改口了。后來還擔任天津巡撫為遼東督餉，曾親運海餉至遼。
朱由檢看著他的履歷，覺得比較滿意，當即任命了此人。
至于南京工部右侍郎，是張維樞擔任。此人也是晉江人，這讓朱由檢眉頭微皺，覺得朝中的晉江人實在太多了，說不定就形成晉江黨，值得自己警惕。
不過張維樞沒有附逆行為，尤其是拒絕建祠，讓朱由檢很是贊賞，仍舊把他留任。
至此，南京六部高級官員齊備。至于下屬官員，朱由檢沒打算設置那么多。畢竟南京朝廷只是備份，有個架子能迅速補充即可，平時沒必要耗費錢糧養很多官員。朱由檢道：
“南京六部事務不多，以后不必要的下屬機構就撤了，現在的官員轉任后，不用任命官員接任。”
“六部各設司務廳，以正六品主事管轄，負責日常事務。”
“司務廳由尚書直管，根據需要設處。例如吏部的文選司、驗封司、稽勛司，在南京事務不多，就在司務廳設文選處、驗封處、稽勛處，以正七品知事管轄。”
“唯有考功司，負責考察南京官員，仍舊設司，以正五品郎中管轄。”
“其它各部，同樣照此辦理。”
這是對南京屬官大裁撤、或者說降低級別。群臣要說不心疼是不可能的，畢竟官位少了，官員的競爭壓力就更大。
但是要為這個反對皇帝的決定，似乎也犯不著。畢竟南京官員很清閑，事情沒有多少。年輕的官員不愿去南京當屬官，年長的官員大多位高權重，更不可能去當屬官。
所以朱由檢這個決定，在群臣的默認下，算是就此通過。
朱由檢隨即命令北京吏部同樣設司務廳，下設編制處，專門負責編制調整事宜。南京吏部司務廳同樣設編制處，負責南京衙門編制。
同時，因為北京朝廷被他增設了幾個寺，吏部尚書房壯麗詢問南京朝廷是否需要增設。
朱由檢考慮之后，決定道：
“南京太仆寺，實際作為南方行太仆寺。”
“南京衛尉寺，由南京錦衣衛兼任。”
“南京少府寺，負責南京文思院和龍江提舉司、清江提舉司等機構，主要負責造船。”