『再過幾年，祖大壽等人升任總兵，事情就不好辦了——』
『即使我有尚方劍，也不能隨意處置。』
尚方劍的職權是總兵以下不用命者軍法從事。
總兵這一級的將領，在沒有朝廷命令時，孫承宗是不能隨意處置的。
副總兵距離總兵雖然只差一級，卻可以用尚方劍處置。
所以孫承宗把祖大壽革職時毫不猶豫，祖大壽也不敢反抗——
真敢對抗的話，孫承宗就可以請出尚方劍，當場把他斬殺。
所以祖大壽只能束手，接受錦衣衛審問。
如果祖大壽升任總兵，那就不一樣了。尚方劍無權處置總兵，孫承宗必須把有關他的事情上報給朝廷，由朝廷決定如何處置。那樣就會有很多變數，孫承宗在面對祖大壽時會有重重顧忌。
可以說，現在這個時候，就是祖家蛻變的臨界點——
一旦祖大壽按功勞升任總兵官，收拾祖家的難度，就會完全不同。
不過朱由檢登極后，因為對祖大壽一直懷著疑慮，祖大壽晉升總兵的命令，自然被他被壓下。
作為副總兵的祖大壽，可以被孫承宗直接拿下。然后以祖大壽為突破口，從容收拾祖家。
在拿下祖大壽后，孫承宗明顯察覺到，遼東本土將士有些軍心浮動。所以他很快把自己帶來的欠餉，向將士發放下去。
這個行為，很快收伏了他們的心。祖大壽被捕的風波，慢慢平息下來。
至此，孫承宗終于松了一口氣，又讓張道浚施展手段，逼迫祖大壽同意遷移的事情。向他許諾只要答應遷徙，通虜的事情就不會被追究，會交給朝廷處置。
此時，祖大壽已經回過味來，知道自己是撞在了朝廷整頓遼東將門的槍口上，所以才被追究通虜之事。其中目的，無外乎是逼祖家遷居關內，不再留在寧遠。
如此一來，祖家在寧遠的影響力，自然會慢慢消退。他這個副總兵以后即使留在遼東，也只是普通的副總兵。不會像以前那樣，隱隱是遼東將門第一人。
這讓他的心中，自然非常不甘。知道祖家遷移后就是失去根基，喪失如今地位。
但是通虜的罪名壓下來，他又能怎么辦？
如果朝廷追著這件事不放，他本人可能被問罪不說，整個祖家都有可能受牽連。
所以思來想去，祖大壽同意了遷移之事，告誡探監的祖家族人，配合朝廷命令。
祖家屈服之后，依附他們的吳家等家族，同樣開始屈服。遷移遼東將門之事，自此再無阻力。
對于遼東軍中的議和派，孫承宗也按皇帝的要求，對他們加以打擊。在軍中宣揚“驅除韃虜，恢復遼土”等口號，從思想上根除議和派。
不過因為議和的事情，主導者是袁崇煥。如今袁崇煥不在，這些人無法定罪。再加上孫承宗不想把事情做絕，所以他把沈棨等人和祖大壽一樣，交給朝廷處置。
十二月二十五日，這些消息便被送到京城，朱由檢終于知道了遼東發生的事情。
收到孫承宗和錦衣衛的奏報，朱由檢十分喜悅。祖大壽被輕易拿下，祖家也按朝廷要求遷移關內，說明遼東的局勢和他預想的一樣，沒有到不可收拾的境地。
如今的遼東兵馬，仍舊被朝廷掌握。以這支兵馬的戰斗力，即使其它地方全亂了，也能把天下重新打下來。
歷史上，崇禎皇帝數次打敗農民軍，很大程度上依靠了遼東兵馬。
再加上曹文詔、周遇吉、黃得功等人出身遼東的事情，讓朱由檢認識到當今天下的精兵強將，大多聚集在遼東。所以，他決定加強對遼東兵馬的掌控，對配合朝廷政策的祖大壽等人，同樣施加恩典：
“通虜議和之事，既是袁崇煥主謀，祖大壽就稱不上主犯。”