“九江古稱江州，武昌古稱江城。”
“可以說這兩個地方，是長江航運的關鍵。”
“再加上要從湖廣、江西運糧，長江大臣的衙署，就設在九江、武漢。”
“往下游到了南京，可以在南京工部辦公。”
“其它地方若有需要，也可在長江大臣上任后，設立相應分署。”
對長江大臣的設置，朱由檢沒想讓他待在一個地方，而是在長江沿岸流動辦公。
所以這個職位，朱由檢稱為巡閱使：
“長江大臣可稱為巡閱使，地位等同巡撫，代朕巡視長江。”
“另設巡閱副使兩員，輔佐處理事務，地位等同按察使。”
“長江沿岸各省，還要有專門的按察副使巡視長江事務。”
“未來各省設立工商廳后，要在工商廳下面設立專門的水利處，專門負責治水、航運事務。”
“這些水利處和沿岸州府的同知、通判，有河渠、水利職責的，都要聽從長江巡閱使命令。”
這樣一番設置，增加的官員并不多。主要的具體事務，還是由地方官員負責。
只是上面多了個長江巡閱使，以后再搞以鄰為壑的事情，那就不好辦了。
在皇帝和群臣的商討下，長江巡閱使的衙署和下屬官員逐漸確定，職責也定了下來：
“長江巡閱使，首先要負責長江防汛，對長江沿岸的水旱災害預警和防御。”
“例如上游多地暴雨，江水順流而下，可能帶來災害。長江巡閱府的官吏在得知后，要及時派人通知下游。”
“同時，要整修好各地的堤壩，并且劃定泄洪區。在洪水要漫過堤壩時，讓泄洪區的人撤離，及時開閘泄洪。”
說到這個地方，朱由檢想起了一件事，警告道：
“長江沿岸的湖泊和沼澤，多有泄洪職能。”
“但是現在江南各地圍湖造田，已經有許多湖泊消失了。”
“就是洞庭湖、鄱陽湖這樣的大湖，也在不斷縮小。”
“以后一定要注意，嚴查圍湖造田。”
“沒有長江巡閱府的批準，不得擅自占用湖泊。”
“在泄洪區域開墾居住的，后果自己承擔。”
對于圍湖造田的危害，這時的人大多不清楚。
聽到皇帝這么說，一些人覺得危言聳聽。鴻臚寺少卿劉鴻訓，不以為然地道：
“陛下，民間小民多艱，在湖濱造田是為了生計。”
“他們冒著風險種地，朝廷應該鼓勵，還要免其升科。”
認為應該以免稅的政策，鼓勵圍湖造田。
聽到劉鴻訓公然違背自己的政策，還有些針鋒相對的意思，朱由檢眉頭大皺。
工部尚書薛鳳翔見此，急忙大聲斥責道：
“陛下說圍湖造田不好，難道你覺得這樣對？”
“湖泊都被圍了，洪水往哪里泄？”
專督河道侍郎李從心，也認為圍湖造田要慎重。并且從自己的治河經驗，說明圍湖造田的危害：