但是百家補儒那就不一樣了，任何一家的學問融入后，都無法和作為主體的儒學相比。
西學也不再特殊，只是百家之一。
所以他心里對百家補儒的科學很矛盾：
既欣喜于能用這種方法壯大，又擔心西學喪失如今的地位。
畢竟科學的創立者是張溥，而非他徐光啟。
他的學問仍舊是西學，抱著以西補儒的想法，主張由數達理。
和科學一脈相承，卻又并非一體。
所以，他對皇帝設立的科技學堂，并不怎么熱心。
他心里更希望的，是要壯大西學。
雖然知道皇帝對西學的態度是用，打算化入科學，他仍舊提議道：
“如今科學院有農業科學院、海洋科學院等分院，研究專門學問。”
“臣以為泰西之學博大精深，可專設泰西科學院，研究泰西學問。”
這個想法，他早就有了，而且和很多傳教士探討過。
他們都支持徐光啟創立泰西科學院，還承諾帶來更多的學術典籍。
朱由檢聽著徐光啟的想法，感覺有些道理。
不過單研究泰西還是太狹隘了，他在思考之后決定道：
“泰西學問，可作為外國學問之一，設立機構研究。”
“這個科學院分院，就稱為外國科學院，下設歐洲、西洲等地的科技研究所，研究那些地方的科技和學問，以及國際問題。”
“如果有外籍學者提供幫助，還可以授予外籍院士，享有和元士同等的地位。”
讓徐光啟報上名字，為那些不愿入籍、卻又為大明提供幫助的傳教士學者，授予外籍院士身份。
這個身份和元士地位相當，但是和外籍公士一樣，只能擔任部分職位。
徐光啟聞言喜出望外，連忙稱贊皇帝。
雖然外國科學院不單是研究泰西，但是以大明現在的狀況，來到大明的學者，大多是泰西傳教士。
他可以把教友推薦上去，幫他們獲得外籍院士身份。
這樣西學就能在科學院壯大了，不至于完全淪為普普通通的百家之一。
——
朱由檢雖然不知他的想法，但他知道科學院不能被傳教士控制。
想著農科院、海科院、軍科院這三個分院，他在琢磨之后說道：
“科學可用于醫藥，精確藥方劑量。故而科學院可與太醫院合作，成立生命和醫藥科學院。”
“還可以和欽天監合作，成立天文科學院。”
“和戶部、工部、樞密院合作，成立地理科學院。”
“和文思院合作，成立格物科學院。”
“本部則成立數學科學院，表明科學以數學為本，追究以數達理，用數學認識天地奧秘。”
一口氣成立五個分院，沖擊原本科學院的格局。
尤其是內廷和外廷的相關機構，能通過業務聯系滲入科學院。
外國科學院也變得不再顯眼，只是普通的一個分院。
現在這些分院有強有弱，但是將來必然會達成一個平衡，不會讓某個分院獨大。
為了盡快達到這一點，朱由檢還特意道：
“皇家科學院可設立皇家院士，等同元士地位。”
“除了不能直接做官外，院士和元士一樣享有國士待遇。”
“按他們的功績，授予散官和勛級，甚至世襲爵位。”