三月中，大明陸軍正式編入了大明軍隊序列，劃歸兵部管理，名義上脫離了皇帝私兵的屬性。但指揮權歸總參謀部，并明確了大明所有軍事機構最高統帥為皇帝陛下，稱為大元帥。
大元帥之下取消了原本的品階，改為職官，比如左右都督、都指揮使等。不再具備品階和薪俸功能，僅作為職權表達。原本的勛官，像忠武校尉、金吾將軍、榮祿大夫，則保留了品階和薪俸功能。
比如孫承宗，原本有正三品都指揮同知、昭勇將軍、陸軍副總督、兼兵部左侍郎、領中軍都督府事這一大串職務和頭銜，現在簡化成了正三品邵武將軍、陸軍右都督。
正三品邵武將軍是他的品階和薪俸等級，陸軍右都督是他的職務。在新的軍制中取消了文官領兵的權力，所以不能再兼任兵部的官職，而五軍都督府已經被裁撤。
這樣做的目的只有一個，更方便專人專用確定權責。誰該做什么、誰能指揮誰、拿多少俸祿、有多少榮譽、一清二楚，既不能互相推諉，也別想越權。
像歷史上袁崇煥斬毛文龍的現象，在新軍制下就不可能發生。兩個人都有明確的職務，誰是正職聽誰的，不存在一個工作崗位有兩個正職的可能。
即便遇到特殊情況，比如說隊伍打散了臨時合并，軍官互不統屬無法再以職務區分，那就可以比一比品階，誰大聽誰的，當然了，也得由誰來負責。
陸軍左都督為陸軍最高指揮官，海軍左都督為海軍最高指揮官，各自的屬官有都督同知、都督僉事各兩人，都督參謀長和都督參謀共30人，協理本軍事宜。
都指揮使司為軍隊最大常設編制，下轄5個衛，由都指揮使掌印。屬官有都指揮同知、都指揮僉事各兩人，都指揮參謀長和都指揮參謀共20人，分管作戰、訓練、后勤、軍械、情報、通訊、賬目等。
每個衛下轄5個千戶，由指揮使掌印，屬官有指揮同知、指揮僉事各一人，指揮參謀長和指揮參謀共10人，分管作戰、訓練、后勤、軍械、情報、通訊、賬目等。
每個千戶下轄10個百戶，由千戶掌印，屬官有同知、僉事各一人，千戶參謀長和千戶參謀共5人，分管作戰、訓練、后勤、軍械、情報、通訊、賬目等。
每個百戶下轄2個隊，每隊下轄5個什，由百戶掌印，百戶參謀2人，分管作戰、訓練、后勤、軍械、情報、通訊、賬目等。
每個什下轄2個伍，共10名士卒，由什長掌印，屬官有伍長兩名，分管作戰、訓練、后勤、軍械、通訊等事，不配備參謀職務。
從都督參謀長到百戶參謀的品階勛官與軍官相同，但采用雙重領導，其任免、獎懲權在總參謀部和海陸兩軍參謀部，任何部門不得越權干涉。
常規狀態下各級參謀要聽從本級掌印軍官指揮，如遇特殊情況，比如與主官發生了嚴重分歧，可經全體參謀通過，暫時剝奪主官指揮權，并按照官職選擇遞補臨時指揮官，事后再由總參謀部決斷。