武藏在充滿神秘色彩的阿羅拉地區展開了她精彩刺激的冒險之旅，而在這里，她所收服的第一只寶可夢，竟是一只周身散發著邪惡氣息、充斥著強烈怨念的奇特存在。這只寶可夢對于皮卡丘懷有特別深的怨恨，每次一見到皮卡丘就如同點燃了火藥桶一般，立刻變得暴躁異常，毫不留情地向皮卡丘發起猛烈攻擊，非要分出個勝負不可。這種場景不禁讓人回想起當年武藏那只兇猛無比的飯匙蛇與貓鼬斬狹路相逢時的激烈戰況，二者如出一轍。
這只名為謎擬丘的寶可夢實力不容小覷，它擁有一項獨特的特性——畫皮，正是靠著這個神奇的特性，它竟然能夠兩次成功抵御住原本對它有著極大克制作用的鐵尾攻擊！不僅如此，謎擬丘的絕招嬉鬧更是威力驚人，僅僅一擊便足以讓皮卡丘瞬間喪失繼續戰斗下去的能力。
然而，想要收服這樣強大又難纏的寶可夢可不是一件容易的事情。武藏一開始接連拋出了許多個普普通通的精靈球，但無一例外都以失敗告終。不過，功夫不負有心人，在嘗試多次之后，武藏終于找到了突破口，她靈機一動，決定使用小次郎手中那個奢華無比的豪華球來一試身手。沒想到這次幸運女神眷顧了她，豪華球成功地將謎擬丘收入囊中，至此，武藏才算是如愿以償地收服了這只令人畏懼的寶可夢。
與此同時，在遙遠的地方還有一個令人震驚的事件正在悄然發生。秋葉原博士精心創造出來的一種新型寶可夢，被可惡的火箭隊給盯上了。他們趁人不備，偷偷摸摸地將這只珍貴的寶可夢盜走，并借助它順利地進入到了一個神秘莫測的電腦世界之中。進入電腦世界后的火箭隊并沒有就此罷休，反而愈發貪婪起來，他們妄圖利用這個機會大肆偷竊寶可夢傳送裝置系統中的各種珍稀寶可夢。
在這個虛擬的電腦世界里，一切規則仿佛都被顛覆了。那只被盜走的寶可夢，也就是所謂的零號機，展現出了超乎想象的能力——它居然可以隨心所欲地改變自身的形狀！當火箭隊乘坐著變形后的零號機四處游蕩作案之時，不巧與小智一行人駕駛的初號機撞了個正著。一場驚心動魄的激戰隨即爆發開來，雙方你來我往，互不相讓。但最終，火箭隊還是不敵小智等人，他們所依賴的零號機也在這場激烈對抗中敗下陣來。
在火箭隊逃離喬伊的殺毒程序的追捕時，零號機被殺毒程序的大炮擊中，和火箭隊一起掉進了程序的漏洞中，但被小智一行人以及初號機救出了電腦世界。最后初號機和零號機一起回到了秋葉原博士身邊。
武藏假借娃娃節的關系，故意買了很多吃的東西，結果全被一只野生的大舌頭給吞了，在武藏憤怒之下，把它給收服起來。它的舌頭能像變色龍一樣伸長，對手被它舔到會有刺痛和麻痹的感覺（但對小霞的可達鴨不好使）。后來在與阿德的果然翁交換，因此失去了它。
在度假的海邊，火箭隊在坂木的別墅打工。在尋找食物的時候從沙灘里面挖出來的大舌貝。被小次郎的雙彈瓦斯打敗，但由武藏搶到收服的。但在最后意外咬住西野森教授的呆呆獸而一起進化成呆殼獸，從此便離開了武藏。
被鯉魚王大叔偽裝成丑丑魚賣給武藏。
前旅伴小智動畫主角，目標是成為寶可夢大師，在橘子群島一起旅行小霞目標是成為水屬性寶可夢大師，在橘子群島一起旅行角色經歷播報編輯小建首次登場于拯救拉普拉斯，在小智即將同其他三位訓練家進行對戰之時撞見了小智。他被小智的皮卡丘所吸引并決定進行速寫。