千年前，山本元柳齋重國以其卓越的領導才能和強大的實力，統領著各路強者，共同創立了一支神秘而強大的殺手集團。這個集團以“持護廷之名，行殺伐之實”為宗旨，專門執行各種危險的任務。
在執行任務的過程中，他們不擇手段，為了達到目的甚至不惜犧牲自己的部下。這些部下在他們眼中，不過是可以隨意舍棄的炮火罷了。
然而，在成功殲滅了滅卻師之后，這個集團的行事風格卻發生了巨大的轉變。他們開始變得溫和起來，對守護之物多了一份慈悲之心。他們不再僅僅是為了殺戮而存在，而是為了正義和榮耀而守護。
隨著時間的推移，這個集團逐漸演變為守護瀞靈廷安全、維護尸魂界與現世秩序的護廷十三隊。而集團的成員，也成為了初代護廷十三隊的隊長們。他們以其無與倫比的實力和高尚的品德，被人們稱作“史上最強護廷十三隊”。
在初代護廷十三隊的組織經歷中，最為著名的事件當屬討伐滅卻師。大約在1000年前，友哈巴赫率領的滅卻師戰隊與山本元柳齋重國率領的護廷十三隊展開了一場驚心動魄的激戰。
在這場戰斗中，雙方都展現出了極其強大的實力。然而，最終山本元柳齋重國憑借著其過人的智慧和強大的力量，成功擊敗了友哈巴赫。
盡管山本元柳齋重國在戰斗中取得了最終的勝利，但令人意想不到的是，他竟然沒有選擇殺掉友哈巴赫。這個決定無疑是出人意料的，而這也為后續的故事發展埋下了深深的伏筆。
在那場激烈的戰斗之后，流離失所的滅卻師們并沒有就此罷休。他們心懷憤恨，決心重新崛起。于是，這些滅卻師們暗中組織起來，成立了一個名為無形帝國的組織。這個組織的存在，對于整個世界來說都是一個巨大的威脅。
而在另一方面，110年前，一場驚天陰謀正在醞釀之中。藍染惣右介，這個充滿野心和陰謀的人，將他邪惡的目光投向了護廷十三隊的部分隊長和副隊長們。他將這些人作為虛化實驗的對象，試圖通過這種方式來實現他不可告人的目的。
然而，就在藍染的計劃即將得逞之際，浦原喜助和鬼道眾大鬼道長握菱鐵齋及時趕到，打斷了他的實驗。盡管如此，這些不幸成為實驗對象的人們卻因此遭受了巨大的痛苦和折磨。
更糟糕的是，中央四十六室得知了這一事件后，竟然下令將這些實驗對象全體處決。這一決定無疑是殘忍而不公的，但在當時的情況下，似乎沒有人能夠阻止這一切的發生。
幸運的是，當時的二番隊隊長四楓院夜一挺身而出，冒著巨大的風險將這些人從死亡邊緣拯救出來。這些被救下的人們，與浦原喜助、四楓院夜一以及握菱鐵齋一同逃離了尸魂界，來到了現世并選擇隱居起來。
這些曾經的實驗對象們，在經歷了如此多的磨難后，并沒有被打倒。相反，他們展現出了驚人的堅韌和勇氣，組成了一個名為假面軍勢的組織，決心用自己的方式來對抗藍染的陰謀以及其他可能出現的威脅。
百余年前的護廷十三隊，空座町大戰爆發，代理死神黑崎一護闖入瀞靈廷，與護廷十三隊部分成員展開了激烈的戰斗。在這場驚心動魄的對決中，黑崎一護展現出了強大的實力和無畏的精神，最終成功營救了朽木露琪亞。
然而，就在此時，當時的五番隊隊長藍染惣右介卻趁機從朽木露琪亞體內取出了“崩玉”，這一關鍵物品成為了他實現野心的重要工具。隨后，藍染偕同當時的三番隊隊長市丸銀和九番隊隊長東仙要一同叛逃尸魂界，前往虛圈，展開了他們的罪惡計劃。