在這場慘烈的戰爭之后，護廷十三隊并沒有停下腳步。他們繼續消滅了滅卻師的殘余力量，徹底鏟除了這一威脅。同時，總隊長京樂春水與虛圈之王蒂雅·赫麗貝爾達成了停戰協議，為尸魂界和虛圈之間的和平奠定了基礎。
護廷十三隊作為尸魂界的守護者，他們的組織結構嚴密，成員們都是經過嚴格選拔和訓練的死神。他們肩負著維護尸魂界秩序和安寧的重任，是這個世界不可或缺的存在。
每個隊伍都設有一名隊長和一名副隊長（不過，一番隊比較特殊，有兩名副隊長），此外還有多個等級的席官。席官的席次通常是根據實力來排列的，實力越強，席次就越高。其中，第三席官還需要同時輔佐副隊長，以此類推。最后才是兩百多名基層隊員。
位階越高的成員，所承擔的任務往往就越艱巨困難。而且，在一些番隊中，可能會出現十幾人甚至二十人共同擔任同一席官的情況。還有些番隊人數眾多，以至于必須分成好幾個班，并且在每個班中都要指派一名班長來管理班級事務。
具體來說，隊長是京樂春水，他是一番隊的隊長，同時也是護廷十三隊的總隊長。他的全名是“京樂次郎總藏佐春水”，是山本元柳齋重國的弟子。原本他是八番隊的隊長，在千年血戰中，由于山本戰死，他接替了總隊長的職位。
副隊長則是伊勢七緒，她是一番隊的副隊長。她之前是八番隊的副隊長，與京樂春水有著親屬關系，是他的侄女。在千年血戰中，她被京樂春水提拔為副隊長。
沖牙源志郎，他是一番隊的副隊長，原本是一番隊的第三席。在千年血戰中，他因為表現出色，被京樂春水提拔為副隊長。
二番隊，也就是隱密機動隊，隊長是碎蜂。她的原名是“蜂梢綾”，不僅是隱密機動隊的總司令官，還是隱密機動第一分隊“刑軍”的總括軍團長。
同時也因為護廷十三隊被管理瀞靈廷的四十六室認作高尚的組織，因此不允許“已合格的成員中出現不適任者”的情形發生。
隊員因個人因素不得不離隊的情形叫做“休隊”，而經過長時間仍無法復隊的情況下就會被除籍。
另外在一些特殊情況下，護廷十三隊的成員將有機會晉升至王族特務零番隊，比如前十二番隊隊長曳舟桐生，或者是收到邀請卻拒絕的刳屋敷劍八。
離隊準則護廷十三隊內部并沒有退隊制度，事實上，隊員因為自己的意志想要退隊是不被認可的（前六番隊副隊長例外）。
至于“退隊”則代表“特別檻理化”，某些在思想或行為被認定有危險性、或是被宣告退隊的成員，都會被強制收容在特別檻理棟（通稱“蛆蟲巢”）。
一旦成員因為叛變、死亡、隱退或遭受驅逐等理由離開護廷十三隊或晉升更高階的職位，就會另外找其他成員替補該職缺。也會出現先前因為逃亡被除籍的成員，被招回尸魂界并重回崗位的特殊情況。
二番隊的副隊長是大前田希千代，他的全名是“大前田日光太郎右衛門美菖蒲介希千代”，同時也是隱密機動第二分隊“警邏隊”的隊長。