在藍染事件終于告一段落之后，仙太郎和清音陪伴著浮竹隊長，靜靜地站在門外，聆聽著總隊長對三位隊長的嚴厲訓斥。
盡管總隊長的訓斥聲如雷霆般響亮，但仙太郎卻不禁感慨總隊長的精神依然如此矍鑠。
在死神代行消失篇中，露琪亞擔任了副隊長一職。對于這個突如其來的轉變，仙太郎心中雖然有些許不滿，但他還是選擇相信浮竹隊長的決定，并與清音一起全力輔助露琪亞。
然而，對于不習慣成為副隊長的露琪亞，仙太郎并沒有像清音那樣改口稱呼她為"副隊長"，而是依然直接以"朽木"的姓氏來稱呼她。
在黑崎一護與銀城空吾激烈戰斗之后，終于迎來了勝利的曙光。一護雖然身負重傷，但他堅強地挺了過來。而清音則一直守候在一護身旁，見證了他的勇敢和堅韌。
當一護逐漸恢復意識時，清音松了一口氣，并決定與一護一同前往浮竹那里，向他報告一護平安無事的消息。
在前往浮竹的路上，他們注意到了一股巨大的青色火焰正在熊熊燃燒。這股火焰顯然是由無形帝國的入侵所引發的，它的規模之大令人震驚。
朽木露琪亞看到這一幕后，立刻意識到敵軍干部級的人物很可能就在這火柱之下。她毫不猶豫地決定立刻趕往火柱處，一探究竟。
在露琪亞離開后，仙太郎與清音對視了一眼，他們都感受到了局勢的緊迫。于是，兩人也緊跟著露琪亞，一同奔向那巨大的青色火焰。
在無形帝國的第二次進攻中，仙太郎與清音親眼目睹了瀞靈廷的劇變。整個靈廷都被火焰和硝煙所籠罩，建筑崩塌，街道混亂不堪。
他們迅速向浮竹通報了襲擊的情況，浮竹得知后，決定立刻采取行動。
次日，仙太郎與清音跟隨浮竹來到了浦原喜助的實驗室。在這里，浮竹開始治療受傷的隊員們，而仙太郎則在一旁吹噓拍馬，試圖讓氣氛輕松一些。
然而，就在這時，一個驚人的消息傳來——靈王身死，尸魂界即將崩潰！這個消息如同晴天霹靂，讓所有人都震驚不已。
在這關鍵時刻，仙太郎目睹了浮竹發動神卦，以自己的生命為代價，試圖挽救尸魂界。浮竹的身體在光芒中漸漸消散，最終倒在了地上。
仙太郎和清音見狀，心急如焚，他們擔心地沖向浮竹，希望能做點什么來拯救他。
與其他幸存的死神們一同射殺滅卻師的那些散兵游勇們，他們在這場激烈的戰斗中各自為戰，沒有明確的組織和指揮。然而，盡管如此，他們依然勇敢地與強大的滅卻師展開殊死搏斗。
在朽木露琪亞任職十三番隊隊長的儀式上，這位神秘的死神并未露面。這引起了許多人的猜測和議論，但具體原因不得而知。不過，根據作者在jet訪談中的透露，他雖然沒有出席儀式，但仍然會繼承海燕與浮竹的遺志，全心全意地輔佐露琪亞，成為她的得力助手。