江戶川柯南在東京特快列車上已經發現了在波洛咖啡館的安室透就是傳聞中的「波本」。原本以為他在列車處理完「宮野志保」的事情,就不會再繼續留在米花町打探。
結果，沒有想到安室透又再次回到了咖啡館，依舊擺著人畜無害的表情在咖啡館工作著。
柯南自認綾小路還是個聰明謹慎的人,但也是著了安室透的道，認為他是一個好人。到底是綾小路性格單純,少有把人當做壞人看，還跟著安室透去溫泉旅行。不過有江戶川亂步在的話，那么安室透的行動也只能束手束腳。
這是唯一值得慶幸的事情。
安室透從小長假回來又去橫濱渡過一些時日，這就和柯南猜測的一些事情有關。比如說橫濱女警拋尸案就跟安室透所在的黑衣組織有關。在拋尸案里面,拋出來的第二嫌疑人——路過的殺手聽說就是黑衣組織的底層人員,前些年被吸納成為成員。這是在江戶川亂步回到武裝偵探社的時候，跟柯南說過。
雖然不清楚黑衣組織到底為什么要針對武裝偵探社，但是把握到這個信息線索之后，再對應到江戶川亂步來米花町查案的事，柯南注意到安室透真的是需要萬分小心，他可能在背后布著所有人都不知道的局。
怕綾小路又對著安室透過分信任,柯南小心地跟綾小路提過「綾小路哥哥,小心安室透。他是壞人」。然而綾小路聽進去多少，讓柯南覺得有些擔心。畢竟,柯南根本沒有辦法向綾小路提黑衣組織的存在。
而安室透從橫濱回來之后,就依舊是做著毛利小五郎的徒弟，同時也繼續扮演著波洛咖啡館的服務員。不僅如此,他甚至開始懷疑fbi赤井秀一死亡的真相,順著線索一直找到了當初赤井秀一和水無憐奈（黑衣組織代號「基爾」的臥底）所在的杯戶中央醫院。
若是赤井秀一被查出沒有死亡，那么當初負責開槍崩死赤井秀一的水無憐奈也一定會被認為是組織臥底,這樣就會牽連到不少正在被保護著的人。
所以在與安室透正面對決的時候，柯南必須要做的事情就是「保住赤井秀一未死的秘密」。而這個赤井秀一正是住在工藤家的沖矢昴。在鈴木特快列車事件發生前,工藤有希子每個周末都會固定來幫助沖矢昴維持人皮面具和教他掌握易容的化妝技術。但列車事件結束之后，沖矢昴已經不再需要柯南媽媽的幫助了。
可這次安室透的動作過于明顯，也危害到那些正潛伏在黑衣組織的臥底。柯南不得不再次請動自己父母的幫忙。不過這次因為工藤優作得了國際性劇本獎，所以工藤優作必須要去領獎。
于是在與安室透正面交鋒之前，柯南聯合赤井秀一做出了這樣的計劃——
考慮到安室透懷疑「沖矢昴」就是「赤井秀一」，那么為了逼沖矢昴就范，那么安室透必然會安排人去暗中抓住fbi同伴。在和赤井秀一剖白整個犯案過程的時候，用「fbi同伴」為人質，逼赤井秀一和他坦白。
根據這些制定對策，就更加清晰明朗了。
第一，保護fbi的同伴。
第二，讓沖矢昴和赤井秀一同時出現。
這也就是今天柯南的行動計劃。在這里面，他們還需要非常信得過的人——那就是推理能力數一數二的工藤優作。
要領獎的「工藤優作」由工藤有希子負責。
而工藤優作則負責扮演沖矢昴的角色。
沖矢昴，即赤井秀一，負責去救自己的fbi同伴。
這樣就達成柯南的目的。
但這次工藤優作的任務里面，必須要有柯南輔助。為了避免安室透會檢查工藤優作其實是由其他人扮演的，用了變聲器，所以柯南必須要躲在房間里面監控他們的行動，同時在父親需要的情況，暗地里用自己的變聲器配合。
比如說，會出現的情況如下。
父親用的變聲器是口罩型變聲器。
如果安室透要求他拿下口罩的話，或者比較粗暴地毀了那個變聲器的話，那工藤優作就不能用變聲器，也就是說不能繼續用沖矢昴的聲音。