一天后
nerv總部地表
飛行器緩緩降落，機門打開，在等待的碇源堂和冬月耕造兩人踏上放下來的階梯。
他們這次行動是要前往俄羅斯伯大尼nerv分部基地。
其實碇源堂和selle的意念早就不合，雙方彼此之間都在維持在一個微妙平衡點。
seele組織的計劃是“人類補完計劃”。其目的是利用莉莉絲的力量，讓人類擺脫肉體的束縛，升華成為一種新的存在形式，以另一種形態繼續存在。
seele認為人類存在著許多無法改變的問題，如戰爭等，而通過該計劃，所有人類的靈魂將融合為一個整體，不再有孤獨、不安等情感，也不再有個體之間的隔閡，以此實現人類的進化。
但碇源堂卻在selle的計劃基礎上另外做出自己的計劃。
和selle想要完成的目標背道而馳。
碇源堂的計劃目的是自己成神并復活碇唯。
碇源堂深愛著碇唯，碇唯在初號機試驗中消失后，他為了達成自己的目的，主動向seele的基爾議長提議，全力執行人類補完計劃。他的計劃是打敗一切使徒，引發第三次沖擊，開啟人類補完。在這個過程中，他試圖通過特定的方式進入只有靈魂共存的世界，找到碇唯。然后使用朗基努斯槍等手段“弒神”，讓自己和碇唯一起成為神，從而實現永遠在一起以及或許能帶著碇唯回到過去生活的愿望。
可碇源堂萬萬沒想到，碇唯從始至終都沒有想和他見面。
在《新世紀福音戰士：終》里，碇源堂進入負宇宙的假想空間里尋找碇唯的身影，卻找來找去都是綾波零的復制體身影。
這讓他很是絕望，但最后在碇源堂直面自己的兒子碇真嗣后，才恍然大悟。
碇唯一直就在自己身邊，留給他的正是兒子。
現在碇源堂要做的就是和冬月耕造在伯大尼基地里做好應對后面突發準備。
冬月耕造在伯大尼基地里的所有研發項目全部完善落實。
四把鑰匙和其他復制使徒的量產都要一套完整工業流水線制造。
其中一把鑰匙現在還放在nerv總部那里，以總部現在的防御線一點都沒法應對后面到來的使徒。
這是碇源堂計劃的一部分，一把鑰匙被拿走后，后面還是自己上門拿的。
只不過以初號機作為動力源的希望號，還是先暫時分離，太容易被得到反而太容易被察覺。
畢竟加持還在，以加持老辣眼光不難發現這其中的貓膩。
nerv總部司令辦公室
渚薰穿著司令服，坐在碇源堂平時坐的位置上。
加持則是站在落地窗面前，看著外面破敗不堪的戰場。
渚薰背靠在椅子，微笑道：“接下來我們要做的事情很多了。”
加持：“從哪一步開始？”
渚薰：“等封印下面中央教條區域的時候。不過很不幸，它來了。”
話音剛落，正式應上渚薰的話。
滴滴滴——嗡！！！
整個nerv總部警鈴大響
黃哲田推門進來，對兩人說：“使徒又來了，我們該前往地下中央教條區域，外面的聯合國防御線根本抵擋不了！”
渚薰緊急起身道：“不好，我的mark.06機體還在外面！那我們趕緊走，加持你來坐鎮指揮室，我和天啟過去就行。”
初號機在昨天就被封印帶走離開日本，碇源堂的離開就注定初號機不會就在日本。
nerv總部指揮室
美里下令眾人把第十二使徒坐標顯示出屏幕，卻發現第十二使徒在總部的機庫內，由藍色圖標變成橘色圖標！