無數的人因為這部系列電影瘋狂再瘋狂，他們身陷在這個虛構的故事中，并固執的認為這就是世界本來的真實，他們費盡心機的研究這部系列電影，為其中的某個發現而驚奇不已。
觀眾們也崇拜兩個像瘋子一般的兄弟導演，因為在他們的“黑客帝國”中混合了當今世界上所有的流行元素:例如哲學，漫畫，中國功夫，東方的神秘主義---他們僅僅用四年的時間就創造了一個虛幻卻又近乎真實的世界。
而西方科幻這個性色彩極濃的表現手法，在三部曲與其他的電影表現元素也被揉和的天衣無縫，營造出影片在娛樂之外的“黑客”文化風格。
只不過有些可惜的是，沃卓斯基兄弟變成了姐妹，在黑客帝國之后似乎失去了靈氣，再也沒有讓人能眼前一亮的電影！
假如生活欺騙了你，假如整個世界都欺騙了你，假如你有機會在真實和虛幻間重新選擇，你是否有勇氣，讓一切在瞬間改變？
《黑客帝國》三部曲為觀眾們設置了一個極端虛擬的背景，那就是整個未來世界就是一個由機器維護的數字帝國，人類被機器和營養液所眷養，不時被邪惡的勢力所差遣。
第一部的故事比較好懂，只要智商在線并且認真觀看的人都能明白，在人類的科技文明發展到某一天時，機器的人工智能已經開始超越了人類所能控制的范圍。
于是，機器便開始挑起了人類的戰爭，最終機器勝利了！
地球上的人類分成了兩個部分，一部分被驅逐到地心深處一個名叫錫安的溶洞中，他們繼續跟機器進行著戰斗，想要摧毀機器世界，重新獲得地球的主宰權。
而另外一部分則是變成了機器的戰利品，他們從一生下來就被養在機器制造的試管里面，雖然也會生長發育，但是卻活在極其創造的一個虛擬世界中，這個虛擬世界就是矩陣。這部分人的作用就是給機器提供生物電，讓機器能夠擁有必須的能源。
錫安的人類不斷地想法設法解救矩陣之中的人們，告訴他們真相，加入到反抗機器的隊伍里面去，這部分人以墨菲斯為代表！
因為墨菲斯這些人來自矩陣，他們腦袋上保留有插頭，可以重新接入矩陣，當墨菲斯遇見先知后，先知告訴他想要戰勝機器，就必須找到一個人，他才是真正的救世主。
在這樣的背景下，電影的真正主角，也就是救世主尼奧出現了！
這名叫做尼奧的黑客從電腦上接到一系列訊息，循著信息他和一名叫做崔妮提的女子接頭。崔妮提告訴尼奧，他正處在危險之中，母體正在找他。
第二天，傳說中的黑客墨菲斯給尼奧打來了一通電話，同樣的信息也是有人要來抓他！說話間，一幫不懷好意的黑衣人氣勢洶洶的沖了進來，雖然有墨菲斯的精確引導，但尼奧卻依然被黑衣人給逮捕了。
黑色西裝、墨鏡外加耳麥，這副打扮活脫脫的跟保鏢有些類似，黑衣人滿不在乎的強迫尼奧幫他們找到恐怖分子墨菲斯，甚至用一只機械昆蟲放入尼奧的肚臍眼里面。
在一連串恐怖體驗之后，尼奧從噩夢中驚醒，這時墨菲斯打來電話，約尼奧出來見面。墨菲斯對尼奧說，想必你也已經察覺到，這個世界有些不對勁，冰之島他心中的一個疑問：母體是什么？
墨菲斯給尼奧一個機會，讓他見識一下母體的真面目，拿出了兩粒藥丸，紅色的藥丸會帶來真相，藍色藥丸則是讓他可以回到日常生活，忘記現在發生的一切。