這部小說里面確實說了相當多的內容，林翰用矩陣解釋了宿命論、因果論、人性論、相對論、機械唯物主義、辯證唯物主義等。換句話說人類哲學世界的幾大體系，都被林翰用小說給解釋完整了。
林翰無非是想問三個問題：我是誰，我從哪里來，我要到哪里去！
從頭到尾，這部小說的核心思想就是在說因果關系，世上萬物皆有因才有果，小說背后透露出來的深層信息讓人迷醉。
這些深層內涵并非單一的，而是多樣化的，幾乎每個人都可以根據自己不同的知識結構、宗教信仰、文化偏好做出完全不同的詮釋，而這些詮釋在各自的話語圈內又往往能自圓其說。
很少有一部科幻小說能像《黑客帝國》這樣激發如此多類型、長時期的思考。這些思考不僅讀者們樂此不疲在做，專家學者也參與進來了，我把這叫做黑客文化浪潮。
科學家們論證《黑客帝國》里面人機接駁、虛擬現實科技的可能性，科幻小說家們探討《黑客帝國》對于經典科幻意識的借鑒與發展，哲學家們爭辯小說中體現的認知學與本體論，不同宗教背景的人對小說進行大解剖以期找到自己偏愛的宗教寓意，倫理學家們則是探討虛幻與現實的選擇困境。
我有幾名學術界的好友他們正在撰寫關于黑客帝國的文集，等發布之后大家就能看到這部小說帶給學術界的討論……”
西方哲學家們正在做中國哲學家同樣的事情，他們都在研究這部小說里面折射出來的現實意義，只不過卻比中國哲學家們起步晚了很久。
雖然中英文的實體書都是同一天發行的，可中國這邊卻很早就有了免費網絡版，雖然閱讀起來有些不方便，但做研究嘛，就是克服種種困難的！
有了紐約時報當了先鋒之后，其余的書評家也開始解析起來，只不過他們都不敢說大話。
明明是小說，但小說的劇情卻沒有多少人關心了，也沒人關注小說本身的技巧與文筆，這些人都在關注小說衍生出來的思想領域。
黑客浪潮逐漸演變為黑客文化，很多人都對黑客這個神秘的領域充滿好奇！
一提起黑客，大概人們腦海中就浮現出一些頭發蓬亂，神色萎靡的電腦高手。
最早的時候，他們努力地向人們澄清：“黑客”不是貶義詞，不是指那些入侵電腦網絡的罪犯。
當人們明白過來之后，他們開始告訴人們如何成為一個黑客，并且把黑客與畫家相提并論。
當人們受到鼓舞，決心成為黑客之后，他們開始向這些人灌輸黑客的“行為守則”，“提問的藝術”等等。
不過這并不是黑客文化的全部，得益于這部熱門的小說，以網絡為載體的“黑客社區”大量出現！
根據不完全統計，目前互聯網上跟《黑客帝國》直接關鍵的網站或者虛擬社區就有上萬個，間接相關的更是多達幾十萬！
沉迷其中的網友將自己稱為“黑迷”，他們就像小說開頭里面尼奧跟墨菲斯的交流那樣，在電子網絡上互相交流有關“黑學”的心得體會，甚至發起有關小說某些細節的大討論，分享起小說、電影的拍攝消息等。
由于這部分大多數對電腦跟網絡比較精通擅長，其中不少更是骨灰級的人物，甚至還有真正的黑客隱藏其中。