在三千年前的古埃及，三幻神是法老王的守護神，只有法老王才能召喚。分別是大地之神巨神兵、天空之神天空龍、太陽之神翼神龍。
大地之神巨神兵是震撼大地的藍色巨神，代表著天與地；天空之神天空龍是轟動天空的紅色神龍，代表著善與惡；太陽之神翼神龍是閃耀太陽光芒的金色神鳥，代表著光與暗。
三千年前，黑暗大邪神佐克·內洛法原本沉睡在冥界，阿古納帝鑄造七神器后，佐克被喚醒了，就在此時大邪神佐克把一部分靈魂寄宿在千年輪上的形成邪念，但是阿克納帝沒有把七神器嵌入石板讓它復活，后來因為阿克納帝背叛法老王使得七神器被嵌入石板內而復活了。
在出現的這段短短的時間里，大邪神佐克擊敗西蒙的艾克佐迪亞，其后法老王阿圖姆召喚三幻神與大邪神佐克展開激戰，但由于佐克的力量過于強大，瞬間秒殺三幻神并將其打成石像，最后法老王決定用自己名字將黑暗大邪神佐克封印在冥界，同時也把自己靈魂封印在千年積木里面。
雖然黑暗大邪神佐克最主要的靈魂是被封印在冥界內，但之前阿克那帝制造千年神器的時候，黑暗大邪神佐克把自己一部份靈魂附到千年輪之上。
三千年之后，表貘良得到了的千年輪，住在千年智慧輪里面的黑暗人格（黑暗大邪神分身）趁機侵占了貘良了的身體成為了暗貘良，想要收集七件千年神器復活自己本體（大邪神佐克）
在三千年后的世界，三幻神與七件千年神器都是引領法老王尋找失落記憶的關鍵鑰匙。「決斗怪獸卡之父」帕伽索斯在制作決斗怪獸卡時，參考了古埃及流傳下來的石板遺跡，根據上面所描述的怪獸模型，終于制作出三張君臨決斗怪獸卡頂峰的怪獸，這就是三幻神。
這些卡誕生后不久，帕伽索斯有感神之卡的力量太過強大，所以將其交托給埃及文物局負責人伊西絲·伊修達爾保管。
在「決斗都市」大賽開始前，伊西絲找到了海馬瀨人，并將其中1張神之卡「歐貝利斯克之巨神兵」交托給他。剩下的「奧西里斯之天空龍」與「太陽神之翼神龍」則被伊西絲的弟弟馬利克·伊修達爾據有。游戲為了尋找自己失去記憶踏上了通往決斗者的道路。
武藤游戲與被表馬利克操控的默劇演員進行的決斗中，處于劣勢的武藤游戲用奇特的combo將對方的卡組全部清空而奪得勝利。
得到了「奧西里斯之天空龍」。其后馬利克的黑暗人格蘇醒了，黑暗馬利克所使用的「太陽神之翼神龍」擁有強大的力量，能夠得到全部祭品怪獸的攻擊力，即使沉睡在墓地之中，一旦蘇醒就會變成無敵的不死鳥。使用這種力量的黑暗馬利克接連擊敗了孔雀舞、貘良了以及城之內克也。
最終，在「決斗都市」的最后兩場比賽中，武藤游戲首先擊敗海馬瀨人而取得「歐貝利斯克之巨神兵」，其后的決賽中也擊敗了黑暗馬利克，得到了「太陽神之翼神龍」，齊集了三幻神并成為初代的決斗王。
在王之記憶篇里面，暗游戲為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實姓名與記憶，用三張神之卡打開了記憶世界的大門，在記憶石板的背后，解開了無名法老王的過去記憶，暗貘良也趁此時蠢蠢欲動，利用了自身的黑暗力量，在記憶石板內進行了一場終極黑暗rpg。
這場黑暗rpg游戲中，直接以無名法老王的記憶當作背景，以暗貘良（千年輪上的靈魂）與暗游戲（千年積木的靈魂）作為rpg游戲的玩家，其后暗貘良成功讓黑暗大邪神佐克·內洛法（自己的本體）在記憶世界復活，并且進入大邪神佐克身體里面進行靈魂融合成為完全的邪神，法老王僅憑三幻神的力量，也無法擊敗最后的敵人——大邪神佐克。
在同伴的幫助下，法老王奪回了自己的「真實之名」，將三幻神合體成為「光之創造神哈拉克提」，最終將黑暗大邪神佐克內洛法徹底消滅。
【三幻神·奧斯里斯之天空龍】
奧西里斯的天空龍的原型來自古埃及神話中的奧西里斯。奧西里斯是埃及神話中的冥王九柱神之一，是古埃及最重要的神祗之一，他是一位反復重生的神，他最終被埋在阿比多斯城，是那里的守護神。