眼見鳳山門被攻破，劉之源瞬間明白了情況的嚴重性，他顧不得附近的這支明軍，決定冒險留下部分兵馬攔截這支明軍，自己率領主力冒險馳援鳳山門，意圖趁明軍只有少量入城之時將其反推回去。
于是，劉之源留下了部分人馬繼續堵住街角，自己帶著大部分朝著鳳山門跑去，說是大部隊，其實他能夠帶走的也只有一千多人而已。
鳳山門，在城門被攻破，大明軍旗插在城頭上之后，蘇辭便下令全軍入城，隨后兵分兩路，一路繼續向城內推進，一路支援侯潮門，配合魯王軍攻占城門迎接友軍入城。
可就在大軍還沒完全入城之時，城內的先頭部隊與劉之源率領的清軍遭遇，雙方隨即爆發激戰，雙方的鳥銃手、弓手隔著幾十米的街道相互對射，彈丸、箭簇在半空擦身而過，隨后落入人群之中，一方射擊另外一方都會慘叫著倒下數十人。
雙方對射了一陣，還是清軍先受不了，丟下了陣前的數十具尸體撤了回去，由手持刀盾和長矛的步卒頂了上去，吶喊著發起沖鋒，明軍鳥銃手又打出一輪齊射射殺數人后連忙撤下來，將戰場留給雙方的近戰步兵。
另一邊，被劉之源堵在街道上的陳新友等人也發現了清軍分兵的事情，兩人便決定主動出擊斷絕清軍后路，明軍隨即沖出街角，向大道上列陣的清軍發起進攻，那清軍只來得及打出一輪齊射，就被舉盾沖鋒的陳新友部沖到了臉上，雙方鏖戰在一起。
而在同時，高凡也率領神機營向鳳山門方向跑去，意圖從清軍的后背發起進攻，與前面的友軍夾擊清軍，一時間，鳳山門外喊殺聲震天，槍聲連天，居住在這一片的百姓聽著外面的動靜只能躲在床鋪底下，瑟瑟發抖，祈禱外面激戰的官兵不會沖進他們家。
鳳山門被突破的消息很快就被傳到了離鳳山門并不算遠的侯潮門，但令人遺憾的是，與鳳山門淪陷的消息一同到來的還有身著紅色戰袍的明軍——這些明軍突然出現在侯潮門守軍的側翼，等后者反應過來的時候已經為時已晚，明軍只殺死了數十人，這里的清軍就直接丟盔棄甲，轉身逃進了城內，將城門的控制權留給了出現在城內的明軍。
隨后，這伙明軍從內部打開侯潮門，迎接城外的魯王軍入城，即便是身為文官，張煌言仍然身先士卒，與張名振一同率先沖入城內，兩軍合兵一處，朝著城中殺去。
鳳山門這里，即便有固山額真劉之源親自坐鎮，清軍在腹背受敵的情況下還是節節敗退，看著己方不斷倒下的士兵，劉之源的腸子都快悔青了，他怎么也想不到鳳山門的守軍潰敗的速度這么快，完全撐不到援軍抵達一塊將明軍趕出去。
劉之源看著身前身后不斷推進的明軍，心中被悔恨與絕望的情緒充斥著，絕望之下，他趁著親兵不注意的時候舉刀自刎，鋒利的刀刃直接劃開了脆弱的咽喉，鮮血噴涌而出，等親兵反應過來時他的身體已經搖晃了一下從馬背上栽倒了下去。
劉之源的自刎直接導致這伙原本還可以負隅頑抗的清軍軍心徹底潰散，失去了主心骨的清軍面對身前身后殺氣騰騰的明軍，最終只能絕望地放下武器，跪地投降，成為明軍的俘虜。
城南明軍自此全面入城，蘇辭命人將那些投降的清軍帶到城外的營地看守后，又與神機營和陳新友匯合，與張名振部兵分兩路繼續朝城內推進，不過蘇辭的目標和張名振不同，他要去與蘇言匯合，最起碼也要確認蘇言的安全。
與此同時，蘇言還在總督部院外與李率泰的八旗軍對峙著，后者在幾次進攻皆受挫后，不得不改變戰術，意圖從另一條街口發起進攻，但從這邊進攻的八旗軍再次遭到了線列步兵的齊射，丟下數十具尸體狼狽撤退。
幾次進攻都受挫，李率泰只能停止進攻，繼續與明軍對峙，在進攻的同時他就已經派出多名使者前往城東的幾個沒有爆發戰斗的城門往城內調兵，并命令使者前去城南城北兩處戰場希望能夠得到最新的軍情，錢塘門和武林門兩處明軍的攻勢并不猛烈，清軍還是能夠游刃有余地應對。
但陳泰并不認為事情有這么簡單，雖然他還不知道清波門和鳳山門的戰況，但他敏銳地推測錢塘門與武林門外的明軍很有可能只是佯攻而已，明軍真正的主攻戰場是在鳳山門或者城東幾門之中，但城東幾門都沒有動靜，因此他認為明軍的主力在鳳山門外。
不過陳泰還是猜錯了，在他見到李率泰的使者，并從后者口中得知明軍從清波門入城后，他就知道杭州城守不下去了，杭州城如此之大，清軍哪怕有一萬六千余人也要分兵到各個城門把守，眼下明軍從清波門入城，想要調集重兵前去鎮壓完全是癡人說夢。
等城內清軍集結起來前去鎮壓入城明軍的時候，明軍速度快點早就拿下了臨近的城門，甚至都讓主力進城了。
陳泰雖然明白這件事，但他并不能直接說出來，現在說出來就是擾亂軍心，他只能提前做好應對措施，讓自己的親兵備好馬匹和干糧——他準備再上演一次狼狽出逃了。
正如陳泰料想的一般，在鳳山門與侯潮門被拿下后，明軍大舉入城，奉李率泰之命離開城門入城抵抗明軍的清軍在與明軍接觸后，自發依托街巷抵抗明軍攻勢，與其展開巷戰。
在與張名振二人率領的魯王軍交戰時，清軍還能和他們打得有來有回，甚至隱隱占據了上風，可在與蘇言麾下的兵馬交戰后，清軍非但占不到任何便宜，還被打得節節敗退，兩軍差異由此可見一斑。
向蘇言靠攏的蘇辭部在擊潰了一支不知道從哪冒出來的清軍后，終于被李率泰發現，李率泰生怕這支新的明軍的戰斗力和眼前對峙的明軍一樣高昂，也不敢留下戀戰，連忙率領部下撤往滿城，意圖依靠滿城的城墻固守。
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