云貴等地的改土歸流過程并不算順利。
監國元年十月下旬，傅鼎銓正式宣布在云貴兩省推行改土歸流政策，他從到貴陽任職到現在一直都在收集兩省土司中所犯有不法之事的罪證，其中包括但不限于崇禎年到迄今為止的各類罪證以及秦楚之戰中騎墻、攻擊過楚軍的敵對行動等等。
這些不法土司便是傅鼎銓拿來開刀的第一個對象，他以云貴總督的名義要求這些不法土司主動獻出領地，表示只要他們自愿獻土，不僅之前的一切既往不咎，還能保留他們世代積累下來的錢財。
可若是在朝廷大軍殺至以后再投降，可就沒那么好了，不僅土司保不住，家族世代積累的財富也會被朝廷充公。
傅鼎銓的通告一經發布，頓時在云貴兩省引發了一場軒然大波，各地土司紛紛騷動起來，他們中的大部分人都不愿意將家族世代繼承的土地讓給朝廷，但同時也恐懼武力強大的楚軍。
傅鼎銓只給他們不到半個月的決定時間，在這期間，他開始以總督的名義調動兵馬進行備戰。
眼見楚軍開始備戰，許多實力弱小或是已經在戰爭中元氣大傷的土司雖然仍然不愿意獻出土地，但也是心生膽怯。
十月底，一些弱小的土司率先做出決定，他們主動向傅鼎銓交出世襲領地及土司印信，歸政朝廷，傅鼎銓隨即在這些地方設立州縣村。
對于那些主動獻土的土司，傅鼎銓也在規定范圍內對其酌加賞賜，或予世職，或給現任武職，他們就像是起到了表率的作用，其余一些實力不強的土司見狀，也都紛紛效仿。
不過有人獻土就必然有人選擇反抗，許多土司不愿意將自己世襲的土地和官職拱手相讓，決定孤注一擲，以武力進行抵抗。
十月三十，貴州長寨土司率先掀起叛亂，土司大軍攻陷了附近的縣城，生擒當地知縣，那知縣被綁在樹上，對著反叛土司高聲辱罵，那土司惱怒之下直接點火將知縣活活燒死。
隨后，土司兵洗劫了縣城內外，殺死大量漢民，在撤離時縱火焚城，長寨土司的反叛震動全貴州，消息傳開后，還沒等楚軍開始調動，其他等地不愿俯首的土司也紛紛起兵叛亂，貴州各地硝煙四起。
云貴總督傅鼎銓聽聞長寨土司的暴行，大為憤怒，但他還是強壓下心中的怒火，沉著冷靜的調兵遣將，鎮壓各地土司叛亂。
他命貴州總兵賴洵率領本部兵馬攻打長寨土司，命副總兵陳世泰與盧山伯劉鎮國、郭李愛跟隨自己親征黎平府古州跟隨叛變的苗、黎土司。
由于改土歸流主要在貴州境內推行，云南的土司反應并沒有貴州土司那么激烈，在貴州土司多處叛亂之時，云南除了偏遠邊陲爆發了小規模叛亂外，其余各地都還相安無事。
這或是是因為蘇定遠的大軍此時還在云南境內，土司們沒有頭鐵到敢在楚軍主力眼皮子底下起事。
言歸正傳，貴州楚軍在傅鼎銓的命令下早已做好了平叛準備，因此根本無需動員，大軍直接開拔，殺向叛亂的土司屬地，大軍所到之處，原本還在兩者間觀望的土司紛紛倒向楚軍，“自愿”獻出了家族世代承襲下來的領土，得到了比開戰前主動獻土的土司們更低的嘉獎。
貴州土司雖然“被迫”為了保衛自己的屬地而反叛，但他們的實力其實并不高，在先前的秦楚之戰中他們這些土司就為了秦楚雙方流了一波血，還沒來得及恢復，就又被卷入了戰爭之中。