當然，因為日本的體制國情的限制，幕府雖然能夠集結數量龐大的軍隊，但大軍的戰斗力和士氣不容樂觀，可以說幕府的軍力擺在紙面上看是挺強大的，可要是看實際上的表現，就有些拉垮了。
北九州各藩主動員起來的這五萬大軍自然也是如此，其中僅有兩千余騎兵和三千余武士部隊，其余基本是從民間征召而來的只接受過簡單軍事訓練的足輕。
至于重武器就更不用想了，各地藩主、大名軍中的火炮與鐵炮在元和偃武中都遭到了削減，整整五萬大軍居然只能湊出不到二十門火炮，不過雖然火炮是少了點，日軍還是另辟蹊徑，制造了數十架投石機來補充重武器的火力。
武安十一年三月初，日軍將五萬大軍分為兩路，分別前去攻打福岡城與名護屋城，兩路分別以肥前國島原藩藩主高力隆長與小倉藩藩主小笠原忠真擔任主將。
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果說日軍以五萬大軍集中攻打其中一城，那么夏軍可能還會忌憚，并苦戰一番，但日軍將兵力分散，這反而讓夏軍的壓力減輕了許多。
此時的福岡地區存在的夏軍已不止有第二旅九千多名士兵，這段時間內又有許多軍隊從朝鮮運往日本，增加夏軍的作戰兵力。
第二旅旅長馬度麾下除了本部九千余人外，另有第三旅的兩個標與第四鎮直屬騎兵旅的一標騎兵，攏共一萬四千余名步兵、一千四百余騎兵與32門12磅步兵炮。
雖然兵力只有日軍一半，但馬度仍然信心十足，他在得到潛伏在內陸的錦衣衛提供的日軍動向后，決定主動進攻，與日軍展開會戰，爭取一戰擊潰日軍，為夏軍進軍內陸掃清障礙。
在做出決定后，馬度將攻克名島城的步兵標撤回，只留下少量兵馬守衛福岡與那之津，隨即于三月初五日率領大軍向巖屋城挺進。
巖屋城位于福岡東南，與有智山城一同阻擋在福岡通往秋月城的道路上，夏軍兵貴神速，在日軍抵達之前先突襲攻克巖屋城，隨即以巖屋城作為前沿據點，等待日軍到來。
小笠原忠真得知巖屋城被夏軍攻克的消息后，頓時意識到接下來的戰事將會是一場苦戰，他只能先命黑田光之率領前鋒入駐有智山城，與夏軍遙相對峙，等待大軍抵達。
三月初八，日軍主力抵達有智山城外，夏軍主動迎擊。
在馬度的部署下，夏軍傾巢而出，背靠巖屋城列陣迎敵，為了方便炮兵作戰，他將炮兵陣地部署在戰場附近的一座最高的山坡上，并將一千騎兵部署在山坡背后埋伏。
至于步兵，馬度將一萬四千名步兵分為兩道戰線，第一道戰線部署一萬名士兵，第二道四千名士兵作為預備隊。
反觀日軍一方，小笠原忠真身為幕府重臣，作戰經驗豐富，其麾下還有著名劍圣宮本武藏養子宮本伊織為其輔助，他將大軍分為左中右三個部分，其親自坐鎮中軍，又以柳河藩藩主立花忠茂坐鎮右軍，中津藩藩主小笠原長次坐鎮左軍。
中軍以長槍足輕為第一道戰線，弓足輕部署其后，中軍兵力最多，用以承擔主攻任務，小笠原忠真又將軍中鐵炮隊皆集中部署于右軍，命立花忠茂率領鐵炮隊打擊夏軍左翼，盡可能以優勢兵力在左側打開局面。