在那一地的尸體中，還不時能夠看見沒有徹底死去的傷兵，夏軍傷兵都被一同帶走，因而還躺在尸堆里的就只有受傷的日本人，他們痛苦地發出微弱的呻吟聲，還有人用盡全力將手舉起，想要讓別人發現并救治自己。
但夏軍的仁慈不會留給這些敵人，在得到長官的允準后，部分士兵離開隊伍，走到這些還未徹底死去的日本人身前，在后者哀求、悲涼、絕望的目光中，將刺刀高高舉起，隨后毫不猶豫刺入了對方的要害部位，解決對方的痛苦，
夏軍戰線重組后，馬度隨即下令吹響進攻號角，向被他們擊退的日軍發起反攻，隨著激昂
的號角聲響起，同時也打破了小笠原忠真的遲疑，他眼見夏軍主動推進，終于下定決心，鳴金收兵。
得到撤退的命令后，日軍如蒙大赦，也顧不上那些難以搬運的投石機了，直接將投石機暴力拆除，關鍵零件摘除，隨后逃也似的撤離戰場，馬度見日軍撤退，本來還想派出騎兵追殺襲擾，但一見騎兵只有千人，還是沒有冒這個險。
日軍雖然撤退，但也并沒有忘記他們的使命，在小笠原忠真的率領下撤入最近的有智山城，并以山城為核心，在有智山周圍設下營帳，意圖以此阻擋住夏軍繼續向內陸進軍的路線。
雖然夏軍能夠直接繞過有智山城，繼續深入九州島內陸，但有智山城的位置著實很尷尬，能夠直接切斷夏軍的補給線，而且山城一帶的日軍還保存了一定的戰斗力。
若是不拔除這座山城，一旦夏軍繼續深入，日軍就可以直接沖出來將他們的補給線切斷，如果運氣更不好一點，碰上了幕府的援軍，那可就陷入重圍之中了。
因此，馬度只能下令全軍在有智山城周邊設置營帳，與山城周圍部署的日軍大營陷入對峙。
有智山城城如其名，坐落于一座名為有智山的小山山頂，和大部分日本城堡一樣易守難攻。
更可氣的是，夏軍的火炮因為角度和高度問題，無法直接從山腳下向山城展開炮擊，夏軍因此空有重火力卻無法用于實戰，只能派遣步兵強攻山城，以火藥將城門炸開，再沖入城內肉搏。
考慮到不僅在靠近山城的時候會遭到夏軍的密集火力阻截，就算攻入城內，也無法與日軍那戰技嫻熟的武士肉搏取勝，馬度頓時放棄了這個速戰速決的方法，他寄希望于長時間圍困山城，讓城中日軍陷入彈盡糧絕的困境，最終將其困死。
在那之前，夏軍要先擊敗在山城周圍部署的日軍，日軍雖然經過巖屋之戰折損了數千人，但還保持著一定的規模和戰斗力——雖然日軍的士氣的確出現了不穩定，尤其是武士大量陣亡，足輕缺少足夠的彈壓的情況下，不少足輕開始生出逃跑的念頭。
馬度雖然不清楚這一點，但作戰經驗豐富的他已經能夠推斷出來日軍經過如此之重的傷亡，其士氣定然會飽受打擊，因而只要夏軍趁勢追擊，日軍頃刻間就會被擊敗。
三月初十，經過一天的修整，夏軍再次向日軍發起挑戰。
為了能夠一舉擊敗日軍在有智山山腳的部隊，馬度率軍傾巢而出，從多個方向向日軍營帳發起進攻，戰斗隨著12磅步兵炮的炮擊而被拉開序幕。