當消息傳回九州島的時候，已經是一個多月以后了。
在夏軍的猛烈攻勢下，南九州的日軍敗局已定，薩摩藩的島津家在前線奮力抵抗，可是在后方，北洋水師的十余艘戰艦直接沿海南下，強勢突入鹿兒島灣，對著薩摩藩的主城鹿兒島城及其核心地帶展開猛烈炮擊。
薩摩藩從未遭到來自海面上的炮擊，因而其陸地上并未建有炮臺，其水軍也早在之前的幾次抽調中被派了出去，又在與夏、朝聯軍的海戰中遭到全殲。
因此，在面對來自海上的炮擊時，薩摩藩只能坐以待斃，絕望地承受著那可怕的炮擊。
當消息傳到前線時，薩摩藩藩主島津光久頓時氣血上涌，喉頭一甜，當場吐了血，他也顧不上前線膠著的戰事，匆忙返回鹿兒島城。
他沒有意識到后方遭到炮擊的消息并未遭到封鎖，迅速傳遍全軍，來自薩摩藩的軍隊頓時軍心動搖起來，在夏軍的猛烈攻勢下終于出現了潰敗。
等島津光久返回鹿兒島城，看見那滿目瘡痍的廢墟，幾乎絕望得快要暈眩過去，隨后又得知了前線大軍被擊潰的消息后，就好似遭到了迎頭棒擊一般，當即昏了過去。
當島津光久再次醒過來的時候，夏軍已經順利突破日軍防線，攻克肥后全境，其兵鋒已經深入薩摩藩領地。
南九州聯軍的慘敗讓日軍敗局已定，經過長達一個多月的交戰，南九州的各個藩主、大名要么戰死，要么被迫請降，戰事一直持續到七月初，整個九州島上就只剩下薩摩藩還在戰斗。
島津光久不愿投降，但他也不愿看著自己的家族就此覆滅，在鹿兒島城陷入了夏軍的重圍后，島津光久在天守內揮刀破腹自盡，在他死后，他的兒子率領城中守軍主動開城投降，九州遂定。
而在夏軍覆滅薩摩藩攻入鹿兒島城后，他們這時才得知，一直為天朝屬國的琉球王國居然也被迫向薩摩藩稱臣納貢，一直躲在鹿兒島城內的琉球使者見夏軍入城，連忙跑到他們面前，用漢語高呼自己是琉球使者，請求天朝上國為琉球撐腰。
隨后，那使者就被帶到了益國公郝搖旗面前，郝搖旗不過一個粗人，對這些事情并不上心，他只是胡亂打發了幾句，便命人將他送往福岡。
南九州平定，另一邊，夏、朝聯軍與日本水軍在關門海峽也爆發了數場激戰，日本水軍為了打通中國地區軍隊進入九州島的道路，將大部分戰船都集中于此，夏、朝聯軍也不甘示弱。
雙方為了爭奪這一海域的制海權，幾乎每天都會發生戰斗，關門海峽上銃炮聲、喊殺聲震天，日本戰船前仆后繼地向敵船發起沖鋒，不時有戰船遭到重創、擊沉，關門海峽的海面上隨處可見漂浮在海面上的尸體。
戰事不僅在關門海峽進行著，在那九州島與四國島相隔的豐后水道上，兩方戰船也在激烈戰斗，四國地區歷來有培養長弓手的傳統，這些長弓手在海戰中也為日軍提供了很大的幫助。
他們以火矢向朝鮮戰船射出密集箭雨，那箭雨射入朝鮮戰船后，當即將其點燃，日軍戰船則趁著船上水手慌忙滅火之時趁勢靠近，以鐵炮、焙烙玉近距離攻擊，重創、擊沉朝鮮戰船。
依靠這種方法，日軍取得了一時的勝利，并且趁機將兵船護送到豐后沿岸，然而他們的兵船即便是靠岸了也無法對戰局造成改變。
在日軍援軍靠岸并登陸后，夏軍迅速趕去，向登陸日軍以猛烈火力打擊，四國日軍哪里遭遇過如此可怕的火力，只堅持了沒多久便被擊潰了。
在接連損失了眾多士兵后，四國方面的日軍便停止了這毫無意義的犧牲，并向幕府方面匯報，告訴幕府將軍不是他們不努力，奈何夏軍實在是太強了。
夏、朝聯軍雖然沒能徹底掌握制海權，