公元1578年，二十歲的日海受以天下布武之雄心而聞名的大名織田信長之邀，與他下了一局讓五子的讓子棋。即使相讓五子，日海仍然一戰而勝，信長嘆服于日海的棋藝，敬稱他為“名人”。
自此之后，“名人”成為了日本棋界第一人的稱號，這也是如今日本棋壇七大頭銜戰中與“本因坊戰”齊名的“名人戰”的由來。
織田信長在四年之后遭到心腹家臣明智光秀的背叛，死于本能寺之變中。這是日本史上最著名也是最多謎團的政變。傳說當日信長在行軍途中邀請日海與另一位圍棋高手鹿鹽利玄于本能寺對弈，兩人下出了極其罕見的三劫循環，劫爭不斷，難分勝負，最后只能以和局作結。
是夜，在本能寺的熊熊烈火之中，織田信長這位自號“第六天魔王”的戰國英杰飲恨而終，一統日本的宏圖霸業也半途夭折。三劫循環因此染上了最兇最險的不祥之名。
信長死后，他的部將豐臣秀吉完成了一統日本的大業，自號太閣，獨攬政權。秀吉也是愛棋之人，他對日海敬重有加，不但拜日海為師學習棋藝，還令他受朝廷俸祿，統領全國棋士。真正的職業圍棋自此開始萌芽。
豐臣秀吉病逝之后，德川家康一舉奪取政權，建立了日后統治日本二百六十余年的德川幕府。德川家康也好圍棋，在他主政日本之后，給予了棋手更多的優待，制定了棋士俸祿授予、棋力認定等制度，并創立象征圍棋第一人的“名人碁所”這一官職。
同時，日海改名本因坊算砂，建立了日本棋界第一世家本因坊家，與安井家、井上家、林家并稱為四大圍棋世家。這四大世家其實是四大圍棋門派，每年由四家中最強的棋手在將軍或者天皇面前進行御城棋戰，賭上一家一派之興衰，血戰于棋盤之上，爭奪“名人碁所”的歸屬。這樣的御城棋，或稱天覽棋，不再只是游戲而已，而是被認為猶如武士決斗般莊嚴且光榮。
棋士們受到朝廷供養得以心無旁騖地鉆研圍棋，而為了爭奪“名人碁所”這一棋壇的武林盟主之位，各家各派的棋手們更是發奮鉆研，向著棋道的更高境界不斷沖擊。職業圍棋由此誕生。
本因坊算砂棋藝高超，更兼長袖善舞，游走于日本戰國時代三大英杰身旁，一力促成了職業圍棋的誕生，除此之外，他還廢除了座子制，使得下棋之前不必先在星位上放置兩黑兩白四個座子，而是可以在棋盤三百六十一個點上任意落子，圍棋的天地由此一闊。算砂當之無愧地成就了圍棋史上的第一次重大變革。
算砂之后，本因坊家始終雄踞棋壇巔峰，先后涌現出道策、丈和、秀和、秀策、秀榮等天才人物，不斷推動圍棋的發展。其中尤以號稱歷代最強的本因坊秀策最為光芒萬丈，他于御城棋戰中一生不敗，成就當之無愧的棋圣之名，而他三十多歲英年早逝的悲劇更令無數棋手至今仍然扼腕嘆息。日本著名圍棋漫畫《棋魂》中的佐為就是以秀策為原型，這亦是后人對于這位天才的哀思所寄。
明治維新之后，德川幕府淹沒于歷史的塵埃之中，御城棋戰由此終止，對于職業棋手的供奉也不再繼續。在那之后，圍棋界進入了新聞棋戰的時代。
現在社會，大眾的注意力都被少數政客、商人和藝人所占據，觸目所及盡是所謂的流量明星。而在那個年代，棋手們才是當之無愧的頂級流量。新聞報社揮擲巨資促成新聞棋戰，然后在報紙上連載棋戰棋譜、觀棋記錄、棋手逸聞……以此來大大提振銷量。圍棋的第二次重大變革亦在那個時代中逐漸孕育。