隨著拜耳公國徹底退出這場戰爭，聯軍也隨即撤出了公國的星域.
另一邊，失去盟友的尼普頓聯盟內部也發生了分歧，停戰派和主戰派吵得不可開交，發展到最后甚至成了兵戎相向.
但終究還是深知利害關系的停戰派占據了主動，無論是尼普頓的老牌艦隊還是本土的居民，都對這場失利的戰爭感到厭倦.
他們把矛頭指向了這場戰爭的推動者-尤斯圖中將，他在戰前的許諾全都變成了謊言.
他的一切秘密行動都被曝光于眾，無論是他作為牝鹿的首領，還是克律薩的合作者.
而且尼普頓人發現在這場戰爭中，尤斯圖中將一直在用聯盟的資源暗中培育自己的武裝力量，這更加讓尼普頓人怒不可遏，讓他辭去指揮官職務的呼聲越來越高.
不過軍權在握的尤斯圖仍不肯放棄，他公然拒絕聯盟的取締，還帶著自己的部隊脫離了聯盟，成為了尼普頓名副其實的叛軍.
就這樣尼普頓人陷入了內戰亂潮，和朱諾聯邦之間的戰爭不得不以和談與賠付結束.
聯邦境內似乎恢復了平靜，準備走上重建的正規，但戰爭的陰影并沒有消除，反而還籠罩在了全星際的每個人頭上.
一直處于優勢的尼普頓軍隊在追擊叛軍時，被未知勢力的武裝所擊退而損失慘重，震驚了聯盟上下的同時也讓其他國家心生警惕.
因為人們一直擔心的機械神教終于公開露出了它的爪牙，擊敗尼普頓人的正是他們的改造人軍團，而他們的首領也正是叛逃的尤斯圖中將.
另外尼普頓人還發現了一個驚人的內幕，這些改造人的原本身份全部是他們以為已經死去的戰友，和不知從哪個星球被俘獲的居民.
出于對聯邦的合約，他們公布了這一發現.
得知后的朱諾聯邦便要求介入這場內亂，他們一直在尋找在戰爭中失蹤的人口，現在終于得知了去向怎么會袖手旁觀，機械神教的威脅也必須要徹底根除.
尼普頓聯盟沒有拒絕的權力，他們已經被接連的損失壓得喘不過氣，他們只能加入聯邦和卡西奧佩婭的聯軍，和曾經的敵人并肩作戰.
而為了一舉剿滅機械神教，這三個國家組建了一支史無前例的龐大艦隊，浩浩蕩蕩的前往了尼普頓聯盟和安菲特里忒共和國的邊界-弧矢星.
這顆行星是兩國爭議已久的一顆礦星，安菲特里忒曾在尼普頓和聯邦之間戰爭進行時試圖收復過這里.
但他們的企圖被一支作風強悍的部隊徹底擊潰，他們以為那是尼普頓人預留的守軍，隨即驚慌失措退了出去，也沒有聲張這次行動.
其實弧矢星早已經被尤斯圖控制，上面的守軍盡是機械神教的人，所以安菲特里忒也算是第一個接觸機械神教部隊的國家，只是他們不知道實情罷了.
至于聯軍從何得知的這一情報，還要歸功于'植物人'克律薩，這個被聯邦封存的改造人突然毫無征兆的蘇醒，他主動透露出了機械神教的最終據點，然后徹底失去了生理特征.
看管他的專家們信誓旦旦的表示克律薩不可能接收到外來遙控信號，但顯然他們的保證并不靠譜，尤斯圖還是找到辦法激活了這個傀儡.
不過聯軍并不在乎他是如何辦到的，因為他們很快就驗證了這則情報的真實性，他們只是詫異尤斯圖為什么會主動把它說出來.
但不管怎樣，征討弧矢星勢在必行，聯軍將尤斯圖的'傳信'當做了挑釁，三國的聯合艦隊就是對這一挑釁的回應.</p>