另外在四司之外，還設有鑄印局，掌鑄造皇帝寶印及內外官員印信。會同四譯館，掌接待外國貢使及翻譯等事。類似后世的教育部、文化部、外交部等部門。
兵部尚書由李靖擔任。兵部執掌全國士兵的征召和兵籍的管理，武職官員的除授、封蔭之典，敘功、核過、撫恤，乘載、郵傳之制，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。管理掌全國馬政及驛傳等事。戰時，也可以根據皇帝的旨意，擔任兵馬大元帥。
工部尚書由一直負責鹽場武器裝備生產基地的錢正闊擔任，兩名侍郎分別是格物研究院的院長，墨門的門主兼任，另外一名便是錢正闊的副手董康。
工部為管理全國工程事務的機關，和以前六部中的工部有著很大的不同。職掌土木興建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寢供億之典。凡全國之土木、水利工程，機器制造工程，礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，并主管一部分金融貨幣和統一度量衡。設四司﹕營繕清吏司，掌宮室官衙營造修繕；虞衡清吏司，掌制造、收發各種官用器物，主管度量衡及鑄錢；都水清吏司，掌估銷工程費用，主管制造詔冊、官書等事；屯田清吏司，掌陵寢修繕及核銷費用，支領物料及部分稅收。
農部尚書是劉子明和杜如晦共同推薦的一人，名叫王灰兒，也是范陽學院第一批畢業的高材生，專攻農學，這幾年遠東軍治下百姓種植各種新品種，年年增收，這個王灰兒功不可沒。農部掌管全國種植業、畜牧業、水產業、農墾等事，在中國封建王朝時代從未單獨設這一部，大安國設農部是王君臨特意堅持所設。
另外，王君臨又設了軍機府，軍機府的主官由秦瓊擔任，正二品大員，軍機府副職為單雄信。軍機府之下直屬機構有軍情府、特戰大隊、鹽城武器裝備生產基地，以及執法隊。
但立國之后的軍情府已經不是沈果兒的軍情府，只是從后者分裂出去的一部分，由瓦崗營的謝映登擔任軍情府統領。
特戰大隊依然是張天岡統領。執法隊統領是聶小雨培養出來的陳小狗。
另外，兵部統領地方的郡兵和縣兵，而軍機府直接統領遠東軍各個野戰部隊。
不過，隨著人馬增加，王君臨準備將各營的規格提升為軍團，所屬人馬編制不變，主將人選只作略微的調整。
比如，老虎軍團主將依然是尉遲敬德，瓦崗軍團的主將依然是徐世績。
不過，王君臨另增設幽州軍團、天衛軍團，幽州軍團主將自然是羅藝，主要負責防務東北，盯著高句麗，以及東北的契丹和北方的突厥等異族。
而天衛軍團專司皇宮和天子防衛之事，編制五萬人，主將是程咬金。
讓程咬金擔任天衛軍團的主將，是王君臨親點的人選，包括程咬金本人在內，這事可是出乎了不少人的預料。
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